| 中文摘要 | 第5-7页 |
| 英文摘要 | 第7-8页 |
| 第一章 背景介绍 | 第9-17页 |
| 1.1 MicroRNA的发现与命名 | 第9页 |
| 1.2. MicroRNA的功能和作用机理 | 第9-11页 |
| 1.2.1. MicroRNA的生物合成 | 第9-10页 |
| 1.2.2. MicroRNA的作用机制 | 第10-11页 |
| 1.3. 高通量测序简介 | 第11-14页 |
| 1.3.1. Illumina/Solexa测序技术 | 第11-13页 |
| 1.3.2. RNA-seq技术 | 第13-14页 |
| 1.4 MicroRNA靶点的预测 | 第14页 |
| 1.5 Trans-acting RNA的功能和作用机制 | 第14-16页 |
| 1.5.1 Ta-siRNA在植物细胞内的合成 | 第14-16页 |
| 1.5.2. Ta-siRNA在细胞内的功能 | 第16页 |
| 1.5.3. Ta-siRNA的预测与分析 | 第16页 |
| 1.6. 本文的任务 | 第16-17页 |
| 第二章 mirMiner：从高通量测序数据中预测microRNA的工具 | 第17-31页 |
| 2.1 高通量测序数据选择 | 第17页 |
| 2.2 预测方法的设计 | 第17-28页 |
| 2.2.1 高通量测序数据的预处理 | 第18-19页 |
| 2.2.2 将高通量测序结果定位到基因组或者转录组上 | 第19页 |
| 2.2.3 定位信息的处理 | 第19-20页 |
| 2.2.4 MicroRNA-loop-microRNA~*形状判定条件 | 第20-21页 |
| 2.2.5 Pre-microRNA预测 | 第21-22页 |
| 2.2.6 MicroRNA成熟体预测 | 第22-23页 |
| 2.2.7 使用贝叶斯公式进行打分 | 第23-28页 |
| 2.3 MirMiner预测准确度分析 | 第28-30页 |
| 2.4 工具的开发 | 第30-31页 |
| 第三章 MicroRNA靶点预测工具及跨界microRNA作用数据库构建 | 第31-36页 |
| 3.1 现有microRNA靶点预测算法简介 | 第31-32页 |
| 3.2 多用途的microRNA靶点预测算法设计 | 第32-33页 |
| 3.3 跨界microRNA靶点数据库构建 | 第33-36页 |
| 3.3.1 病毒microRNA及植物microRNA在人基因组上的靶点 | 第33-34页 |
| 3.3.2 人的microRNA对病毒基因调控关系的预测 | 第34页 |
| 3.3.3 数据库的构建 | 第34-36页 |
| 第四章 TasiAyser：预测和分析trans-acting siRNA的工具 | 第36-45页 |
| 4.1 Trans-acting siRNA生物信息学分析的研究现状 | 第36-37页 |
| 4.2 Ta-siRNA基因预测与分析的方法 | 第37-39页 |
| 4.2.1 小RNA文件处理 | 第37页 |
| 4.2.2 TAS基因的预测 | 第37-38页 |
| 4.2.3 识别相位起始子 | 第38-39页 |
| 4.2.4 Ta-siRNA靶点的识别 | 第39页 |
| 4.2.5 建立ta-siRNA参与的调控网络 | 第39页 |
| 4.3 预测精确度的讨论和比较 | 第39-45页 |
| 4.3.1 使用拟南芥高通量结果对TasiAyser进行测试 | 第39-41页 |
| 4.3.2 预测并分析苜蓿中的TAS基因 | 第41-42页 |
| 4.3.3 TasiAyser可以通过网络访问 | 第42-45页 |
| 第五章 总结、讨论与展望 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-50页 |
| 读研期间发表的文章 | 第50-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
