| 摘要 | 第8-13页 |
| Abstract | 第13-18页 |
| 第1章 文献综述 | 第19-41页 |
| 1.1 木质素简介 | 第19-27页 |
| 1.1.1 木质素测定方法 | 第20-21页 |
| 1.1.2 木质素合成 | 第21-24页 |
| 1.1.3 油菜中木质素基因研究进展 | 第24-25页 |
| 1.1.4 木质素和木质素单体近红外分析 | 第25-27页 |
| 1.1.5 木质素QTL定位 | 第27页 |
| 1.2 油菜菌核病概述 | 第27-31页 |
| 1.2.1 菌核病危害 | 第27-28页 |
| 1.2.2 菌核病的病原特征和发病症状 | 第28页 |
| 1.2.3 核盘菌的致病分子机理 | 第28-29页 |
| 1.2.4 甘蓝型油菜菌核病抗性鉴定 | 第29-30页 |
| 1.2.5 菌核病QTL及转录组学研究进展 | 第30-31页 |
| 1.3 甘蓝型油菜倒伏概述 | 第31-35页 |
| 1.3.1 倒伏现象 | 第31-32页 |
| 1.3.2 倒伏评价指标 | 第32-34页 |
| 1.3.3 抗倒伏QTL研究进展 | 第34-35页 |
| 1.4 关联分析 | 第35-40页 |
| 1.4.1 连锁不平衡影响因素 | 第36-37页 |
| 1.4.2 关联分析策略 | 第37页 |
| 1.4.3 SNP检测方法 | 第37-38页 |
| 1.4.4 关联分析在油菜中应用 | 第38页 |
| 1.4.5 关联分析在木质素中研究进展 | 第38-39页 |
| 1.4.6 关联分析在抗病和抗倒伏中研究进展 | 第39-40页 |
| 1.5 本研究目的和意义 | 第40-41页 |
| 第2章 木质素和木质素单体含量近红外模型的建立 | 第41-47页 |
| 2.1 引言 | 第41页 |
| 2.2 材料与方法 | 第41-43页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第41页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第41页 |
| 2.2.3 木质素含量测定 | 第41-42页 |
| 2.2.4 木质素单体测定 | 第42页 |
| 2.2.5 近红外光谱定标模型建立 | 第42-43页 |
| 2.3 结果与分析 | 第43-46页 |
| 2.3.1 ADL与木质素单体含量测定 | 第43页 |
| 2.3.2 模型的构建 | 第43-45页 |
| 2.3.3 近红外模型的内部验证 | 第45页 |
| 2.3.4 近红外模型的外部验证 | 第45-46页 |
| 2.4 讨论 | 第46-47页 |
| 第3章 甘蓝型油菜抗病、抗倒伏及木质素性状的关联分析 | 第47-81页 |
| 3.1 引言 | 第47-48页 |
| 3.2 材料与方法 | 第48-51页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第48页 |
| 3.2.2 性状调查 | 第48页 |
| 3.2.3 表型数据分析 | 第48-49页 |
| 3.2.4 甘蓝型油菜 60K SNP芯片杂交技术 | 第49页 |
| 3.2.5 SNP电子定位、基因型鉴定及最小等位基因频率计算 | 第49-50页 |
| 3.2.6 群体结构分析 | 第50页 |
| 3.2.7 Neighbor-join进化树构建及主成分分析 | 第50页 |
| 3.2.8 亲缘关系评估 | 第50页 |
| 3.2.9 连锁不平衡分析（LD） | 第50页 |
| 3.2.10 单倍型块特征分析 | 第50-51页 |
| 3.2.11 关联分析 | 第51页 |
| 3.2.12 候选基因鉴定 | 第51页 |
| 3.2.13 基因组选择 | 第51页 |
| 3.3 结果与分析 | 第51-76页 |
| 3.3.1 抗性相关性状表型数据统计分析 | 第51-54页 |
| 3.3.2 抗性相关性状方差和广义遗传力分析 | 第54-55页 |
| 3.3.3 抗性相关性状之间的遗传相关分析 | 第55-56页 |
| 3.3.4 SNP基因型分析 | 第56-59页 |
| 3.3.5 连锁不平衡 | 第59-60页 |
| 3.3.6 单倍型块分析 | 第60-61页 |
| 3.3.7 自交系遗传结构及类群划分 | 第61-64页 |
| 3.3.8 亲缘关系 | 第64页 |
| 3.3.9 关联分析模型选择 | 第64-65页 |
| 3.3.10 7个抗性相关性状的关联分析 | 第65-74页 |
| 3.3.11 基因组选择 | 第74-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-81页 |
| 3.4.1 甘蓝型油菜抗性相关性状的表型变异 | 第76页 |
| 3.4.2 全基因组关联分析 | 第76-77页 |
| 3.4.3 抗性性状与已知QTL比较分析 | 第77-78页 |
| 3.4.4 全基因组选择 | 第78-81页 |
| 第4章 甘蓝型油菜木质素差异表达基因分析 | 第81-91页 |
| 4.1 引言 | 第81页 |
| 4.2 材料与方法 | 第81-82页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第81页 |
| 4.2.2 主要仪器和设备 | 第81-82页 |
| 4.2.3 试剂盒及试剂 | 第82页 |
| 4.2.4 高通量测序 | 第82页 |
| 4.2.5 差异基因分析 | 第82页 |
| 4.2.6 GO功能及KEGG显著性富集分析 | 第82页 |
| 4.3 结果与分析 | 第82-88页 |
| 4.3.1 RNA提取 | 第82-83页 |
| 4.3.2 差异基因分析 | 第83-84页 |
| 4.3.3 差异表达基因GO富集分析 | 第84-87页 |
| 4.3.4 差异表达基因的KEGG代谢途径分析 | 第87-88页 |
| 4.3.5 GWAS与差异表达基因结合鉴定共有基因 | 第88页 |
| 4.4 讨论 | 第88-91页 |
| 第5章 甘蓝型油菜应答核盘菌侵染的转录组分析 | 第91-109页 |
| 5.1 引言 | 第91页 |
| 5.2 材料与方法 | 第91-92页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第91-92页 |
| 5.2.2 差异基因分析 | 第92页 |
| 5.2.3 定量PCR验证 | 第92页 |
| 5.3 结果 | 第92-104页 |
| 5.3.1 测序质量分析 | 第92-93页 |
| 5.3.2 差异基因分析 | 第93-95页 |
| 5.3.3 共同差异表达基因GO富集和KEGG分析 | 第95-97页 |
| 5.3.4 抗病和感病材料特异基因 | 第97-100页 |
| 5.3.5 木质素途径基因 | 第100-101页 |
| 5.3.6 GWAS与差异表达基因结合鉴定共有基因 | 第101-103页 |
| 5.3.7 定量PCR验证 | 第103-104页 |
| 5.4 讨论 | 第104-109页 |
| 5.4.1 甘蓝型油菜抗病途径及基因 | 第104-105页 |
| 5.4.2 抗病候选基因 | 第105-107页 |
| 5.4.3 木质素途径基因 | 第107-109页 |
| 第6章 创新点与后续实验 | 第109-111页 |
| 6.1 主要创新点 | 第109页 |
| 6.2 后续实验 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-127页 |
| 附录1 植物材料 | 第127-135页 |
| 附录2 抗病和感病材料差异表达转录因子基因数目 | 第135-137页 |
| 致谢 | 第137-139页 |
| 发表论文及参加课题一览表 | 第139-140页 |
