| 摘要 | 第9-14页 |
| ABSTRACT | 第14-18页 |
| 第一章 绪论 | 第19-29页 |
| 1.1 酶介绍 | 第19-27页 |
| 1.1.1 酶的定义 | 第19页 |
| 1.1.2 酶的特性 | 第19-20页 |
| 1.1.3 酶的结构 | 第20-22页 |
| 1.1.4 酶的命名及分类 | 第22页 |
| 1.1.5 酶的专一性 | 第22-23页 |
| 1.1.6 酶与底物结合机制 | 第23-24页 |
| 1.1.7 酶高效催化活性的影响因素 | 第24-26页 |
| 1.1.8 酶反应速率及其影响因素 | 第26-27页 |
| 1.2 酶催化反应应用前景 | 第27页 |
| 1.3 本论文研究目的及内容 | 第27-28页 |
| 参考文献 | 第28-29页 |
| 第二章 理论基础及计算方法 | 第29-35页 |
| 2.1 分子动力学方法 | 第29-30页 |
| 2.2 分子对接方法 | 第30-31页 |
| 2.3 量子化学方法 | 第31-32页 |
| 2.4 量子力学和分子力学组合方法 | 第32-33页 |
| 参考文献 | 第33-35页 |
| 第三章 7-羧基-7-脱氮鸟嘌呤合成酶(QueE)催化机理研究 | 第35-59页 |
| 3.1 前言 | 第35-39页 |
| 3.2 研究方法 | 第39-41页 |
| 3.2.1 模型构建 | 第39页 |
| 3.2.2 QM/MM计算 | 第39-41页 |
| 3.3 结果及讨论 | 第41-54页 |
| 3.3.1 QueE结合Mg~(2+)和Na~+的结构 | 第41-42页 |
| 3.3.2 QueE-Mg~(2+)的催化反应机理 | 第42-48页 |
| 3.3.3 金属离子的影响和MM区的静电效应 | 第48-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 第四章 R-羟氰裂解酶(AtHNL)催化机理研究 | 第59-77页 |
| 4.1 前言 | 第59-61页 |
| 4.2 计算方法 | 第61-63页 |
| 4.2.1 计算模型 | 第61-63页 |
| 4.2.2 QM/MM计算 | 第63页 |
| 4.3 结果及讨论 | 第63-72页 |
| 4.3.1 路径A | 第64-70页 |
| 4.3.2 路径B | 第70-72页 |
| 4.4 本章小结 | 第72页 |
| 参考文献 | 第72-77页 |
| 第五章 甲基鸟氨酸合成酶(PylB)催化机理研究 | 第77-89页 |
| 5.1 前言 | 第77-79页 |
| 5.2 计算方法 | 第79-81页 |
| 5.2.1 计算模型 | 第79-80页 |
| 5.2.2 QM/MM计算 | 第80-81页 |
| 5.3 结果及讨论 | 第81-85页 |
| 5.3.1 PylB-赖氨酸复合体的结构 | 第81-82页 |
| 5.3.2 催化反应机理 | 第82-85页 |
| 5.4 本章小结 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-89页 |
| 第六章 1,2-环己二酮水解酶(CDH)催化机理研究 | 第89-103页 |
| 6.1 前言 | 第89-92页 |
| 6.2 计算方法 | 第92-94页 |
| 6.2.1 计算模型 | 第92-93页 |
| 6.2.2 QM/MM计算 | 第93-94页 |
| 6.3 结果及讨论 | 第94-98页 |
| 6.3.1 模型A和模型B的结构 | 第94-95页 |
| 6.3.2 反应路径 | 第95-98页 |
| 6.4 本章小结 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-103页 |
| 第七章 人类去泛素化酶(AMSH-LP)催化机理研究 | 第103-119页 |
| 7.1 前言 | 第103-105页 |
| 7.2 计算方法 | 第105-106页 |
| 7.2.1 计算模型 | 第105页 |
| 7.2.2 QM/MM计算 | 第105-106页 |
| 7.3 结果及讨论 | 第106-116页 |
| 7.3.1 AMSH-LP的结构 | 第106-108页 |
| 7.3.2 AMSH-LP的催化反应机理 | 第108-114页 |
| 7.3.3 Zn~(2+)和环境静电效应的影响 | 第114-116页 |
| 7.4 本章小结 | 第116页 |
| 参考文献 | 第116-119页 |
| 博士期间发表论文 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 基金 | 第121-122页 |
| 附件 | 第122-127页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第127页 |
