| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第8-9页 |
| 1.2 抗HIV-1 融合抑制剂的研究意义及进展 | 第9-14页 |
| 1.2.1 HIV-1 的结构及其生活周期 | 第9-11页 |
| 1.2.2 gp41的结构与功能 | 第11-13页 |
| 1.2.3 HIV融合抑制剂的研究进展及意义 | 第13-14页 |
| 1.3 本文主要的研究内容及意义 | 第14-16页 |
| 第2章 研究方法 | 第16-34页 |
| 2.1 分子动力学模拟 | 第16-28页 |
| 2.1.1 基本原理 | 第17-24页 |
| 2.1.2 MD模拟的实验步骤 | 第24-26页 |
| 2.1.3 常用的MD模拟软件的简介 | 第26-28页 |
| 2.2 结合自由能计算 | 第28-31页 |
| 2.3 本章小结 | 第31-34页 |
| 第3章 M-T钩状结构提高HIV融合抑制剂活性的机制 | 第34-48页 |
| 3.1 研究背景 | 第34-35页 |
| 3.2 材料和方法 | 第35-37页 |
| 3.2.1 蛋白质体系的构建 | 第35页 |
| 3.2.2 复合物的分子动力学模拟 | 第35-36页 |
| 3.2.3 结合自由能计算与自由能分解 | 第36-37页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第37-46页 |
| 3.3.1 模拟体系稳定性的分析 | 第37-38页 |
| 3.3.2 结合自由能计算 | 第38-40页 |
| 3.3.3 残基水平的结合自由能计算 | 第40-43页 |
| 3.3.4 残基水平的范德华能贡献 | 第43页 |
| 3.3.5 接触残基分析 | 第43-45页 |
| 3.3.6 氢键分析 | 第45-46页 |
| 3.4 本章小结 | 第46-48页 |
| 第4章 总结与展望 | 第48-50页 |
| 4.1 论文工作总结 | 第48页 |
| 4.2 展望 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 附录 | 第56-58页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第58-60页 |
| 攻读硕士学位期间所获得的科研成果 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |