| 本研究主要创新点 | 第5-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abastract | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-25页 |
| 1.1 蛋白质组学简介 | 第12-15页 |
| 1.1.1 蛋白质组学概述及其发展 | 第12-13页 |
| 1.1.2 蛋白质组学研究技术的简介 | 第13-15页 |
| 1.2 基于质谱的定量蛋白质组学简介 | 第15-22页 |
| 1.2.1 细胞培养条件下的稳定同位素标记技术(SILAC) | 第16-17页 |
| 1.2.2 等质量标签标记定量技术(iTRAQ和TMT) | 第17-19页 |
| 1.2.3 蛋白质的绝对定量技术(AQUA) | 第19-20页 |
| 1.2.4 无标记定量技术(Label free) | 第20-22页 |
| 1.2.5 选择性质谱反应监控定量技术(SRM) | 第22页 |
| 1.3 稳定同位素标记的双甲基化定量技术 | 第22-25页 |
| 第二章 基于双甲基化定量的红莲杂交水稻线粒体蛋白质组学研究 | 第25-46页 |
| 2.1 前言 | 第25-26页 |
| 2.2 材料与方法 | 第26-33页 |
| 2.2.1 材料 | 第26页 |
| 2.2.2 水稻线粒体的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.3 BN-PAGE分离线粒体蛋白复合体 | 第27-28页 |
| 2.2.4 BN-PAGE分离的线粒体蛋白复合体的胶内酶解 | 第28页 |
| 2.2.5 水稻线粒体总蛋白的溶液内酶解 | 第28-29页 |
| 2.2.6 水稻线粒体总蛋白溶液内酶解后肽段的脱盐 | 第29页 |
| 2.2.7 双甲基化标记线粒体肽段 | 第29-30页 |
| 2.2.8 强阳离子交换色谱(SCX)分离 | 第30页 |
| 2.2.9 QSTAR Elite质谱分析 | 第30-31页 |
| 2.2.10 质谱数据的搜库及分析 | 第31页 |
| 2.2.11 线粒体蛋白复合体的Western blots分析 | 第31页 |
| 2.2.12 水稻线粒体呼吸链复合体的酶活检测 | 第31-32页 |
| 2.2.13 水稻线粒体形态学的电镜检测 | 第32页 |
| 2.2.14 茉莉酸及其生物合成前体的定量检测 | 第32-33页 |
| 2.3 实验结果 | 第33-44页 |
| 2.3.1 红莲杂交水稻线粒体的全蛋白质组学和复合体组学实验流程 | 第33-35页 |
| 2.3.2 红莲杂交水稻不育系和可育系的线粒体比较蛋白质组学分析 | 第35-38页 |
| 2.3.3 线粒体中复合体蛋白含量的分析 | 第38-40页 |
| 2.3.4 线粒体中呼吸链复合体蛋白的酶活检测 | 第40页 |
| 2.3.5 不育系YtA和可育系YtB线粒体的形态学检测 | 第40-41页 |
| 2.3.6 不育系YtA和可育系YtB水稻中茉莉酸合成通路的检测 | 第41-44页 |
| 2.3.7 ROS相关的线粒体蛋白显著上调 | 第44页 |
| 2.4 讨论与展望 | 第44-46页 |
| 第三章 基于双甲基化定量的视网膜I/R损伤机制的蛋白质组学研究 | 第46-76页 |
| 3.1 前言 | 第46-47页 |
| 3.2 材料与方法 | 第47-54页 |
| 3.2.1 材料 | 第47页 |
| 3.2.2 大鼠视网膜I/R损伤模型的建立 | 第47-48页 |
| 3.2.3 体外细胞(SH-SY5Y)I/R损伤模型的建立 | 第48页 |
| 3.2.4 大鼠视网膜蛋白和SH-SY5Y细胞蛋白的提取 | 第48页 |
| 3.2.5 正常组和I/R处理组的大鼠视网膜蛋白的溶液内酶解 | 第48-49页 |
| 3.2.6 正常组和I/R处理组的大鼠视网膜蛋白溶液内酶解后的脱盐 | 第49-50页 |
| 3.2.7 正常组和I/R处理组的大鼠视网膜蛋白的双甲基化标记 | 第50页 |
| 3.2.8 强阳离子交换色谱(SCX)分离双甲基化标记的大鼠视网膜I/R样品 | 第50-51页 |
| 3.2.9 双甲基化标记的大鼠视网膜I/R处理的样品的质谱分析 | 第51页 |
| 3.2.10 质谱数据的搜库及定量 | 第51页 |
| 3.2.11 生物信息学分析 | 第51-52页 |
| 3.2.12 Western Blots分析 | 第52-53页 |
| 3.2.13 视网膜的形态学检测和免疫荧光染色 | 第53-54页 |
| 3.3 实验结果 | 第54-73页 |
| 3.3.1 大鼠视网膜I/R损伤前后的比较蛋白质组学分析 | 第54-62页 |
| 3.3.2 大鼠视网膜I/R损伤前后蛋白质的生物学过程(biological process)分析 | 第62-65页 |
| 3.3.3 大鼠视网膜I/R损伤前后显著变化蛋白的作用网络分析 | 第65-68页 |
| 3.3.4 大鼠视网膜I/R损伤模型的定量蛋白质组学结果的Western blots验证 | 第68-70页 |
| 3.3.5 大鼠视网膜I/R损伤诱导突触相关蛋白的减少 | 第70-71页 |
| 3.3.6 大鼠视网膜I/R损伤诱导核糖体蛋白的累积和mTOR通路的抑制 | 第71-73页 |
| 3.4 讨论与展望 | 第73-76页 |
| 第四章 基于双甲基化定量的gp78基因敲除小鼠的蛋白质组学研究 | 第76-96页 |
| 4.1 前言 | 第76-79页 |
| 4.2 材料与方法 | 第79-83页 |
| 4.2.1 材料 | 第79页 |
| 4.2.2 正常小鼠和gp78基因敲除小鼠肝脏蛋白的提取 | 第79-80页 |
| 4.2.3 正常小鼠和gp78基因敲除小鼠肝脏蛋白的溶液内酶解 | 第80页 |
| 4.2.4 正常组和gp78基因敲除小鼠肝脏蛋白溶液内酶解后的脱盐 | 第80-81页 |
| 4.2.5 正常组和gp78基因敲除小鼠肝脏蛋白的双甲基化标记 | 第81页 |
| 4.2.6 正常组和gp78基因敲除小鼠混合肽段的强阳离子交换色谱分离 | 第81-82页 |
| 4.2.7 正常组和gp78基因敲除小鼠双甲基化标记的混合样品的质谱分析 | 第82页 |
| 4.2.8 质谱数据的搜库及定量 | 第82-83页 |
| 4.2.9 生物信息学分析 | 第83页 |
| 4.3 实验结果 | 第83-94页 |
| 4.3.1 小鼠泛素连接酶gp78基因敲除效果的检测 | 第83-84页 |
| 4.3.2 gp78基因敲除小鼠肝脏的比较蛋白质组学实验流程 | 第84-86页 |
| 4.3.3 gp78基因敲除小鼠肝脏的比较蛋白质组学结果 | 第86-90页 |
| 4.3.4 gp78基因敲除小鼠肝脏蛋白组学的基因归类分析 | 第90-92页 |
| 4.3.5 gp78基因敲除小鼠肝脏蛋白组学的STRING分析 | 第92-94页 |
| 4.4 讨论与展望 | 第94-96页 |
| 第五章 总结及展望 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-105页 |
| 博士期间已发表和待发表的学术论文 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106页 |
