| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 缩略语表（Abbreviation） | 第10-14页 |
| 1 前言 | 第14-22页 |
| 1.1 菊花黑斑病的研究进展 | 第14-19页 |
| 1.1.1 菊花黑斑病的病原菌及其危害性 | 第14-16页 |
| 1.1.2 菊花黑斑病的发病症状及发病规律 | 第16-17页 |
| 1.1.3 菊花黑斑病的预防和控制 | 第17-18页 |
| 1.1.4 菊花黑斑病抗病研究 | 第18-19页 |
| 1.2 转录组测序技术 | 第19-20页 |
| 1.2.1 RNA-seq技术概述 | 第19页 |
| 1.2.2 RNA-seq技术在植物抗病方面的应用 | 第19-20页 |
| 1.3 本研究的目的、内容与意义 | 第20-22页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第20页 |
| 1.3.2 研究内容 | 第20-21页 |
| 1.3.3 研究意义 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-30页 |
| 2.1 材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1 材料来源 | 第22页 |
| 2.1.2 怀黄菊及病原菌的培养 | 第22页 |
| 2.1.3 接菌处理及取样 | 第22-23页 |
| 2.2 方法 | 第23-30页 |
| 2.2.1 样品总RNA的提取和质检 | 第23页 |
| 2.2.2 文库构建、库检及上机测序 | 第23页 |
| 2.2.3 无参转录组测序数据的处理 | 第23-27页 |
| 2.2.4 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第27-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-56页 |
| 3.1 测序样品总RNA提取质量分析 | 第30-31页 |
| 3.2 cDNA文库的库检结果分析 | 第31页 |
| 3.3 数据的质量评估及序列拼接组装结果分析 | 第31-34页 |
| 3.4 基因的功能注释 | 第34-39页 |
| 3.5 基因的结构预测 | 第39-41页 |
| 3.5.1 CDS预测 | 第39-40页 |
| 3.5.2 SSR预测 | 第40-41页 |
| 3.6 基因的表达水平分析 | 第41-43页 |
| 3.6.1 Unigene表达水平的定量分析结果统计 | 第41页 |
| 3.6.2 样品间基因整体表达水平对比分析 | 第41-43页 |
| 3.6.3 样品间的相关性分析 | 第43页 |
| 3.7 基因差异表达分析 | 第43-56页 |
| 3.7.1 差异表达基因的筛选 | 第43-45页 |
| 3.7.2 接菌后不同时间点差异表达基因的富集分析 | 第45-49页 |
| 3.7.3 接菌后连续性表达的差异基因分析 | 第49-50页 |
| 3.7.4 差异表达基因的聚类分析 | 第50-55页 |
| 3.7.5 qRT-PCR验证转录组测序结果 | 第55-56页 |
| 4 讨论 | 第56-66页 |
| 4.1 转录组测序技术已成为植物与病原菌互作研究的有效手段 | 第56页 |
| 4.2 抗病途径及相关差异表达基因 | 第56-66页 |
| 4.2.1 植物病原菌识别受体相关基因 | 第56-57页 |
| 4.2.2 与ROS作用相关的差异表达基因 | 第57页 |
| 4.2.3 抗病相关酶类基因 | 第57-58页 |
| 4.2.4 Ca~(2+)、SA、JA/Eth及MAPK介导的防御反应途径 | 第58-60页 |
| 4.2.5 抗性相关转录因子 | 第60-66页 |
| 5 结论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-76页 |
| 致谢 | 第76-78页 |
| 攻读学位期间科研成果 | 第78-79页 |
