| 中文摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-27页 |
| 1.1 生物质抗降解屏障及组成 | 第13-17页 |
| 1.1.1 纤维素 | 第15页 |
| 1.1.2 半纤维素 | 第15-16页 |
| 1.1.3 木质素 | 第16-17页 |
| 1.2 高效降解木质纤维素的微生物来源 | 第17-18页 |
| 1.3 生物信息学研究木质纤维素降解酶 | 第18-24页 |
| 1.3.1 生物研究进入大数据时代 | 第18-21页 |
| 1.3.2 CAZy数据库——碳水化合物活性酶数据库 | 第21-22页 |
| 1.3.3 木质纤维素降解酶的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.3.4 活性架构分析与功能位点预测 | 第23-24页 |
| 1.4 功能组学研究进展 | 第24-26页 |
| 1.4.1 基因组研究进展 | 第24-25页 |
| 1.4.2 蛋白质组研究进展 | 第25-26页 |
| 1.5 立题依据 | 第26-27页 |
| 第二章 糖苷水解酶家族活性架构是酶分子高效降解的结构基础 | 第27-45页 |
| 2.1 材料和方法 | 第27-30页 |
| 2.1.1 生物信息学分析软件与网站 | 第27-28页 |
| 2.1.2 数据选取及筛选 | 第28页 |
| 2.1.3 多序列比对 | 第28页 |
| 2.1.4 活性架构位点的选取 | 第28-29页 |
| 2.1.5 氨基酸频率统计 | 第29页 |
| 2.1.6 活性架构序列谱的构建 | 第29页 |
| 2.1.7 活性中心序列谱准确性检验 | 第29-30页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第30-44页 |
| 2.2.1 目标家族的选取及其特征 | 第30-33页 |
| 2.2.2 活性架构区域中氨基酸频率与偏好性分析 | 第33-35页 |
| 2.2.3 潜在亚位点上氨基酸残基数目的统计分析 | 第35-38页 |
| 2.2.4 重要结合亚位点的序列谱特征 | 第38-41页 |
| 2.2.5 不同家族结合底物的特异性和混杂性 | 第41-44页 |
| 2.3 小结 | 第44-45页 |
| 第三章 木质纤维素辅助降解酶类氧化机制的生物信息学探究 | 第45-57页 |
| 3.1 材料与方法 | 第45-46页 |
| 3.1.1 生物信息学分析软件与网站 | 第45页 |
| 3.1.2 目标数据的选取 | 第45页 |
| 3.1.3 基于结构分析可能影响电子传递的氨基酸 | 第45-46页 |
| 3.1.4 序列比对和氨基酸频率的统计 | 第46页 |
| 3.1.5 活性架构序列谱的构建及准确性检验 | 第46页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第46-56页 |
| 3.2.1 目标酶类的选取 | 第46-48页 |
| 3.2.2 影响电子转移区域的氨基酸频率及其偏好性 | 第48-49页 |
| 3.2.3 影响电子转移区域的序列谱特征 | 第49-52页 |
| 3.2.4 电子传递途径的结构特征 | 第52-55页 |
| 3.2.5 不同AA酶类之间的协同和竞争模式 | 第55-56页 |
| 3.3 小结 | 第56-57页 |
| 第四章 基因组分析Thermobifida fusca降解潜能 | 第57-67页 |
| 4.1 材料与方法 | 第57-58页 |
| 4.1.1 主要数据库 | 第57页 |
| 4.1.2 构建进化树 | 第57-58页 |
| 4.1.3 CAZy酶种类和数量的统计 | 第58页 |
| 4.1.4 CAZy酶多结构域组成的统计 | 第58页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第58-66页 |
| 4.2.1 T.fusca的系统进化关系 | 第58-59页 |
| 4.2.2 T.fusca与T.lanuginosus的基因种类及数目比较 | 第59-61页 |
| 4.2.3 T.fusca彻底降解不同底物的潜能 | 第61-63页 |
| 4.2.4 降解酶多结构域的组成情况 | 第63-66页 |
| 4.3 小结 | 第66-67页 |
| 第五章 底物对Thermobifida fusca胞外蛋白质组的影响 | 第67-89页 |
| 5.1 材料与方法 | 第67-72页 |
| 5.1.1 菌株 | 第67页 |
| 5.1.2 培养基 | 第67页 |
| 5.1.3 主要仪器和试剂 | 第67-68页 |
| 5.1.4 菌株鉴定 | 第68页 |
| 5.1.5 胞外粗酶液制备 | 第68-69页 |
| 5.1.6 胞外还原糖含量、蛋白含量与主要糖苷水解酶酶活测定 | 第69-70页 |
| 5.1.7 荧光辅助糖电泳(FACE)检测胞外还原糖种类及含量变化 | 第70页 |
| 5.1.8 NATIVE-PAGE分析动态酶谱 | 第70-71页 |
| 5.1.9 SEM扫描T.fusca与微晶纤维素底物的相互作用 | 第71页 |
| 5.1.10 LC-MS/MS分析胞外分泌组 | 第71-72页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第72-88页 |
| 5.2.1 T.fusca形态学表征与鉴定 | 第72-73页 |
| 5.2.2 T.fusca生长最适温度及合适生长碳源的初探 | 第73-75页 |
| 5.2.3 T.fusca主要胞外糖苷水解酶性质分析 | 第75-76页 |
| 5.2.4 不同碳源培养条件下理化性质的分析 | 第76-78页 |
| 5.2.5 FACE电泳表征还原糖种类及含量变化 | 第78-80页 |
| 5.2.6 动态酶谱展示内切纤维素酶和木聚糖酶变化 | 第80-82页 |
| 5.2.7 SEM扫描T.fusca在微晶纤维素底物上的生长状态 | 第82-85页 |
| 5.2.8 LC-MS/MS检测不同碳源下胞外蛋白质组的动态变化 | 第85-87页 |
| 5.2.9 胞内代谢通路的预测 | 第87-88页 |
| 5.3 小结 | 第88-89页 |
| 全文总结与展望 | 第89-91页 |
| 附录 | 第91-99页 |
| 参考文献 | 第99-105页 |
| 致谢 | 第105-107页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第107-108页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第108页 |
