细菌界次级代谢产物生物合成基因簇的基因组学注释和比较研究
| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 符号说明与缩写词 | 第11-12页 |
| 第一章 研究背景与立题依据 | 第12-25页 |
| ·研究背景 | 第12-23页 |
| ·微生物次级代谢与次级代谢产物简介 | 第12-15页 |
| ·海洋假交替单胞菌属次级代谢产物研究概况 | 第15-19页 |
| ·关于次级代谢产物的生物信息学研究进展 | 第19-21页 |
| ·次级代谢产物分析工具antiSMASH简介 | 第21-23页 |
| ·立题依据与研究内容 | 第23-25页 |
| ·立题依据 | 第23-24页 |
| ·研究内容 | 第24-25页 |
| 第二章 次级代谢基因簇的注释 | 第25-44页 |
| ·引言 | 第25页 |
| ·材料和方法 | 第25-27页 |
| ·菌株及基因组 | 第25-26页 |
| ·数据库与分析软件 | 第26-27页 |
| ·数据分析与处理方法 | 第27页 |
| ·结果与分析 | 第27-43页 |
| ·基因组数据 | 第27-28页 |
| ·基因簇总长度与基因组大小之间的关系 | 第28-31页 |
| ·基因簇的种类、长度和数量 | 第31-42页 |
| ·质粒对基因组中次级代谢基因簇的贡献 | 第42-43页 |
| ·讨论 | 第43-44页 |
| 第三章 次级代谢基因簇的进化研究 | 第44-66页 |
| ·引言 | 第44页 |
| ·材料和方法 | 第44-45页 |
| ·菌株及基因组 | 第44页 |
| ·数据库与分析软件 | 第44页 |
| ·分析方法 | 第44-45页 |
| ·结果与分析 | 第45-65页 |
| ·细菌素 | 第46-48页 |
| ·萜烯类 | 第48-50页 |
| ·NRPS和T1PKS | 第50-53页 |
| ·芳香基多烯类化合物 | 第53-55页 |
| ·羊毛硫肽类化合物 | 第55-57页 |
| ·Lassopeptide | 第57-59页 |
| ·高丝氨酸内酯类 | 第59-61页 |
| ·铁载体 | 第61-63页 |
| ·T3PKS | 第63-65页 |
| ·讨论 | 第65-66页 |
| 第四章 海洋假交替单胞菌的次级代谢研究 | 第66-83页 |
| ·引言 | 第66页 |
| ·材料和方法 | 第66-68页 |
| ·菌株及基因组 | 第66-67页 |
| ·数据库与分析软件 | 第67页 |
| ·数据分析与处理方法 | 第67-68页 |
| ·结果与分析 | 第68-80页 |
| ·基因簇的总长度 | 第68-69页 |
| ·基因簇的数量和种类 | 第69-71页 |
| ·细菌素生物合成基因簇 | 第71-75页 |
| ·铁载体生物合成基因簇 | 第75-76页 |
| ·NRPS和PKS基因簇 | 第76页 |
| ·基因簇在基因组上的位置 | 第76-80页 |
| ·讨论 | 第80-83页 |
| 全文总结与展望 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-89页 |
| 附录 | 第89-106页 |
| 在读期间参与发表的论文及所获得奖励 | 第106-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第108页 |
