| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 湖泊微生物多样性研究进展 | 第12-30页 |
| 一、湖泊微生物多样性 | 第12-17页 |
| ·湖泊 | 第12页 |
| ·湖泊微生物多样性 | 第12-17页 |
| 二、微生物多样性研究方法 | 第17-24页 |
| ·传统方法(Traditional methods) | 第19页 |
| ·微生物分子生态学方法(Microbial molecular ecology methods) | 第19-24页 |
| 三、湖泊细菌多样性与湖泊环境非生物因子的相关性研究 | 第24-26页 |
| 四、程海湖及其微生物多样性的研究 | 第26-28页 |
| ·程海湖 | 第26-27页 |
| ·程海湖微生物多样性的研究 | 第27-28页 |
| 五、本研究的内容、意义和技术路线 | 第28-30页 |
| 第二章 DGGE指纹图谱技术研究程海湖沉积物中细菌多样性 | 第30-45页 |
| 一、材料与方法 | 第30-36页 |
| ·主要的试剂、仪器 | 第30-31页 |
| ·样品采集 | 第31-34页 |
| ·湖泊沉积物样品总DNA的提取 | 第34页 |
| ·16S rRNA基因V3高变区的PCR扩增 | 第34-35页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（DGGE) | 第35-36页 |
| 二、结果与分析 | 第36-41页 |
| ·14个沉积物样品特征 | 第36页 |
| ·14个沉积物样品基因组DNA提取效果 | 第36-38页 |
| ·16S rRNA基因V3高变区的PCR扩增效果 | 第38-39页 |
| ·细菌16S rRNA基因V3高变区DGGE指纹图谱分析 | 第39-40页 |
| ·DGGE指纹图谱聚类分析 | 第40-41页 |
| 三、讨论 | 第41-43页 |
| 四、小结 | 第43-45页 |
| 第三章 16S rDNA分析法研究程海沉积物细菌多样性 | 第45-81页 |
| 一、材料和方法 | 第45-51页 |
| ·6个程海沉积物样点理化性质的测定 | 第45页 |
| ·程海沉积物样品基因组DNA的提取 | 第45-46页 |
| ·程海沉积物中细菌16S rRNA基因的PCR扩增 | 第46-47页 |
| ·细菌16S rRNA基因克隆 | 第47-49页 |
| ·克隆序列多样性分析 | 第49-51页 |
| 二、结果与分析 | 第51-73页 |
| ·程海沉积物样品理化因子分析 | 第51-52页 |
| ·程海沉积物细菌16S rRNA基因PCR扩增结果 | 第52-53页 |
| ·程海沉积物16S rRNA基因的测序结果 | 第53页 |
| ·沉积物样品细菌克隆序列多样性分析 | 第53-57页 |
| ·克隆序列分类分析 | 第57-69页 |
| ·程海沉积物样品中细菌多样性的差异 | 第69-71页 |
| ·细菌群落与环境非生物因子的相关性分析 | 第71-73页 |
| 三、讨论 | 第73-80页 |
| ·程海湖与2个云南高原湖泊细菌多样性比较 | 第76-78页 |
| ·程海湖与两个螺旋藻生产基地(湖泊)细菌多样性比较 | 第78页 |
| ·程海湖与淡水湖泊沉积物细菌多样性比较分析 | 第78-79页 |
| ·细菌多样性与环境非生物因子关系 | 第79-80页 |
| 四、小结 | 第80-81页 |
| 第四章 454测序技术研究程海湖沉积物中的细菌多样性 | 第81-99页 |
| 一、材料与方法 | 第81-83页 |
| ·16S rRNA基因V1-V3高变区扩增 | 第81页 |
| ·测序与数据处理 | 第81-82页 |
| ·测序数据多样性分析 | 第82-83页 |
| ·细菌类群与理化因子相关性分析 | 第83页 |
| 二、结果与分析 | 第83-95页 |
| ·16S rRNA基因V1-V3高变区扩增结果 | 第83-84页 |
| ·454焦磷酸测序与数据处理 | 第84页 |
| ·各样点454焦磷酸测序序列多样性分析 | 第84-88页 |
| ·各样点细菌分类学分析 | 第88-90页 |
| ·各样点间细菌群落结构差异 | 第90-93页 |
| ·细菌群落与环境非生物因子的相关性分析 | 第93-95页 |
| 三、讨论 | 第95-97页 |
| 四、小结 | 第97-99页 |
| 第五章 程海湖沉积物中可培养细菌多样性研究 | 第99-129页 |
| 一、程海湖沉积物中可培养细菌多样性研究 | 第99-118页 |
| ·材料和方法 | 第99-103页 |
| ·结果与分析 | 第103-116页 |
| ·讨论 | 第116-118页 |
| 二、2株潜在新种的多项分类研究 | 第118-128页 |
| ·材料与方法 | 第118-120页 |
| ·结果与分析 | 第120-125页 |
| ·讨论 | 第125页 |
| ·新属和新种的描述 | 第125-128页 |
| 三、小结 | 第128-129页 |
| 第六章 总结与展望 | 第129-133页 |
| 一、总结 | 第129-131页 |
| 二、展望 | 第131-133页 |
| 参考文献 | 第133-144页 |
| 攻读博士学位期间的成果目录 | 第144-146页 |
| 致谢 | 第146页 |
