| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-27页 |
| ·产甲烷菌 | 第10-18页 |
| ·产甲烷菌的系统分类 | 第10-11页 |
| ·产甲烷菌的形态 | 第11页 |
| ·产甲烷菌的生理学特性 | 第11-13页 |
| ·产甲烷高温菌的生态 | 第13-14页 |
| ·产甲烷高温菌的研究 | 第14页 |
| ·产甲烷菌的甲烷生成途径 | 第14-16页 |
| ·研究对象 | 第16-18页 |
| ·微生物耐热性的研究方法 | 第18-21页 |
| ·基因工程 | 第18-19页 |
| ·生物信息学 | 第19-20页 |
| ·分子模拟技术 | 第20页 |
| ·分子进化 | 第20-21页 |
| ·蛋白质工程 | 第21页 |
| ·产甲烷菌代谢网络耐热性研究意义 | 第21-22页 |
| ·复杂网络理论 | 第22-26页 |
| ·代谢网络理论 | 第23-24页 |
| ·代谢网络拓扑结构的研究 | 第24页 |
| ·代谢网络社团结构的研究 | 第24-26页 |
| ·本文主要工作及结构安排 | 第26-27页 |
| 第二章 产甲烷菌代谢网络的重构 | 第27-39页 |
| ·引言 | 第27页 |
| ·代谢网络数据库 | 第27-33页 |
| ·KEGG数据库 | 第27-29页 |
| ·BioCyc数据库 | 第29-32页 |
| ·PUMA2数据库 | 第32页 |
| ·BiGG数据库 | 第32页 |
| ·UM-BBD数据库 | 第32页 |
| ·Pathguide数据库 | 第32-33页 |
| ·通过KEGG的注释基因功能分析代谢途径 | 第33页 |
| ·代谢网络的表示 | 第33-35页 |
| ·产甲烷菌代谢网络的重构 | 第35-37页 |
| ·本章小结 | 第37-39页 |
| 第三章 产甲烷菌代谢网络的拓扑特征与其耐热性关系 | 第39-56页 |
| ·引言 | 第39页 |
| ·拓扑参数计算 | 第39-41页 |
| ·度 | 第39页 |
| ·度分布 | 第39-40页 |
| ·度的中心性 | 第40页 |
| ·聚集系数 | 第40页 |
| ·平均路径长度 | 第40页 |
| ·网络直径 | 第40-41页 |
| ·网络凝聚密度 | 第41页 |
| ·节点介数 | 第41页 |
| ·介数中心性 | 第41页 |
| ·紧密度中心性 | 第41页 |
| ·结果与讨论 | 第41-53页 |
| ·以途径为节点的代谢网络的拓扑特征分析 | 第42-48页 |
| ·以酶为节点的代谢网络的拓扑特征分析 | 第48-53页 |
| ·本章小结 | 第53-56页 |
| 第四章 产甲烷菌代谢网络的高度紧密的子网络 | 第56-62页 |
| ·引言 | 第56页 |
| ·方法 | 第56-57页 |
| ·NetDraw软件 | 第56-57页 |
| ·高度紧密的子网络k-核心网络 | 第57页 |
| ·结果与分析 | 第57-61页 |
| ·本章小结 | 第61-62页 |
| 第五章 产甲烷菌的代谢网络的模块化算法应用与分析 | 第62-71页 |
| ·引言 | 第62页 |
| ·代谢网络模块化识别算法 | 第62-64页 |
| ·Girvan-Newman算法 | 第63页 |
| ·模拟退火算法 | 第63-64页 |
| ·实验结果与分析 | 第64-69页 |
| ·基于Girvan-Newman算法的产甲烷菌代谢网络的模块化 | 第64-69页 |
| ·基于模拟退火算法的产甲烷菌代谢网络的模块化 | 第69页 |
| ·本章小结 | 第69-71页 |
| 第六章 产甲烷菌的代谢网络的hub模块的比较研究 | 第71-84页 |
| ·引言 | 第71页 |
| ·基于Girvan-Newman算法的hub模块分析 | 第71-75页 |
| ·Hub模块之间 | 第71-74页 |
| ·Hub模块与非hub模块之间 | 第74-75页 |
| ·基于模拟退火算法的hub模块分析 | 第75-82页 |
| ·Hub模块之间的连接分析 | 第75-81页 |
| ·Hub模块之间酶分析 | 第81-82页 |
| ·本章小结 | 第82-84页 |
| 第七章 产甲烷菌的代谢网络的网络比对研究 | 第84-91页 |
| ·引言 | 第84-85页 |
| ·方法 | 第85页 |
| ·结果与讨论 | 第85-89页 |
| ·网络的全局比对 | 第85-87页 |
| ·Hub模块网络的比对 | 第87-89页 |
| ·本章小结 | 第89-91页 |
| 结束语 | 第91-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-101页 |
| 附录1：作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第101-102页 |
| 附录2：产甲烷菌代谢网络的基因功能注释 | 第102-106页 |
| 附录3：常温产甲烷菌M.acetivorans和嗜热产甲烷菌M.kandleri的代谢网络的拓扑特征值 | 第106-117页 |
| 附录4：酶所催化的完整的反应以及KEGG中的所属类别 | 第117-122页 |
