基于计算机的微生物代谢通路重构与在线平台建设
| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 概述 | 第10-16页 |
| ·研究背景与意义 | 第10-11页 |
| ·研究背景 | 第10-11页 |
| ·研究意义 | 第11页 |
| ·代谢通路重构的发展历史与研究现状 | 第11-14页 |
| ·本文主要工作 | 第14-15页 |
| ·论文结构安排 | 第15-16页 |
| 第二章 底层数据整理 | 第16-26页 |
| ·通用化合物与小分子化合物 | 第16-17页 |
| ·生物相关资讯 | 第17-20页 |
| ·催化反应 | 第17-18页 |
| ·催化酶 | 第18页 |
| ·KEGG | 第18-19页 |
| ·NCBI | 第19-20页 |
| ·反应式获取 | 第20-23页 |
| ·反应可逆性 | 第23页 |
| ·获取反应对 | 第23-24页 |
| ·构建反应矩阵 | 第24-25页 |
| ·本章小结 | 第25-26页 |
| 第三章 代谢通路搜索 | 第26-37页 |
| ·搜索算法 | 第26-32页 |
| ·搜索算法比较 | 第26-29页 |
| ·搜索算法设计 | 第29-32页 |
| ·加权函数 | 第32-34页 |
| ·反应对计量系数 | 第32-33页 |
| ·化合物连通度 | 第33页 |
| ·反应可逆性系数 | 第33-34页 |
| ·加权函数验证 | 第34-36页 |
| ·本章小结 | 第36-37页 |
| 第四章 蛋白质相互作用 | 第37-44页 |
| ·蛋白质相互作用介绍 | 第37页 |
| ·蛋白质相互作用预测 | 第37-43页 |
| ·蛋白质相互作用预测方法的比较 | 第37-40页 |
| ·蛋白质相互作用预测数据整理 | 第40-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第五章 数据库搭建 | 第44-51页 |
| ·数据获取 | 第44-46页 |
| ·化合物 | 第44页 |
| ·反应 | 第44-45页 |
| ·酶 | 第45-46页 |
| ·物种 | 第46页 |
| ·数据库结构设计 | 第46-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第六章 微生物代谢通路在线预测平台 | 第51-65页 |
| ·平台搭建 | 第51-60页 |
| ·单物种搜索模块 | 第52-54页 |
| ·物种比较搜索模块 | 第54-55页 |
| ·虚拟物种搜索模块 | 第55-56页 |
| ·约束条件搜索模块 | 第56-57页 |
| ·化合物结构相似性搜索模块 | 第57-59页 |
| ·蛋白质相互作用预测模块 | 第59-60页 |
| ·平台应用 | 第60-64页 |
| ·重构乙醇合成通路 | 第61-62页 |
| ·构建石油烃降解通路 | 第62-63页 |
| ·重构莽草酸合成通路 | 第63-64页 |
| ·本章小结 | 第64-65页 |
| 第七章 总结与展望 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 攻读硕士期间发表的文章 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
