| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-20页 |
| §1.1 生物信息学概论 | 第11-13页 |
| §1.2 国内外研究现状 | 第13-18页 |
| ·序列比对算法研究现状 | 第13-16页 |
| ·序列比对并行算法研究现状 | 第16-18页 |
| §1.3 主要研究内容 | 第18-19页 |
| §1.4 论文结构 | 第19-20页 |
| 第二章 渐进式多序列比对算法研究 | 第20-35页 |
| §2.1 序列比对的基本概念 | 第20-23页 |
| ·替换矩阵 | 第20-21页 |
| ·空位罚分 | 第21-22页 |
| ·目标函数 | 第22-23页 |
| §2.2 双序列比对算法 | 第23-25页 |
| §2.3 渐进式多序列比对算法Clustal W | 第25-32页 |
| ·多序列比对问题的数学描述 | 第25-26页 |
| ·渐进式比对算法Clutal W | 第26-30页 |
| ·ClustalW存在的问题 | 第30-32页 |
| §2.4 ClustalW与其他算法的比较 | 第32-34页 |
| ·与PRRN/PRRP、MUSCLE的比较 | 第32页 |
| ·与T-Coffee的比较 | 第32-34页 |
| §2.5 本章小结 | 第34-35页 |
| 第三章 基于迭代策略的ClustalW优化算法 | 第35-49页 |
| §3.1 基于"中心"序列的迭代优化算法 | 第35-43页 |
| ·选择中心序列 | 第35-36页 |
| ·基于中心序列的迭代算法设计过程 | 第36-41页 |
| ·算法复杂度分析 | 第41-43页 |
| §3.2 测试结果 | 第43-48页 |
| ·标准测试数据库 | 第43-45页 |
| ·评价标准 | 第45-46页 |
| ·实验结果 | 第46-48页 |
| §3.3 本章小结 | 第48-49页 |
| 第四章 基于任务划分的IS-ClustalW算法的并行化研究 | 第49-61页 |
| §4.1 共享存储并行 | 第49-51页 |
| ·共享存储体系结构 | 第49-50页 |
| ·共享存储并行的特点 | 第50-51页 |
| §4.2 任务级并行的方法 | 第51-54页 |
| ·任务划分方法 | 第51-52页 |
| ·负载平衡策略 | 第52-53页 |
| ·pthreads编程模型介绍 | 第53-54页 |
| §4.3 IS-ClustalW任务级并行实现 | 第54-59页 |
| ·并行性分析 | 第55-56页 |
| ·算法实现 | 第56-59页 |
| §4.4 性能评测 | 第59-60页 |
| ·测试环境与数据 | 第59-60页 |
| ·结果分析 | 第60页 |
| §4.5 本章小结 | 第60-61页 |
| 第五章 结论与展望 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-66页 |
| 附录:攻读硕士期间发表的论文 | 第66页 |