| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-26页 |
| 一、毒力岛的概念及特征 | 第13页 |
| 二、耶尔森氏菌的毒力岛及毒力相关因子 | 第13-21页 |
| 1.HPI及其编码的毒力相关因子 | 第15-16页 |
| 2.YOP区及其编码的毒力相关因子 | 第16-17页 |
| 3.其他毒力相关因子 | 第17-21页 |
| 三、Ⅲ型分泌系统 | 第21-26页 |
| 1.Ⅲ型分泌系统的主要特征 | 第22页 |
| 2.TTSS的组成成分 | 第22-23页 |
| 3.三型分泌系统分泌机制假说 | 第23-26页 |
| 第二章 91001株全基因组测序、注释及比较基因组学分析 | 第26-54页 |
| ·材料与方法 | 第26-31页 |
| ·测序 | 第26页 |
| ·拼接 | 第26-27页 |
| ·基因组注释 | 第27-29页 |
| ·提交NCBI | 第29-30页 |
| ·比较基因组学分析 | 第30页 |
| ·C092及K蝴株特有基因的分析 | 第30-31页 |
| ·结果与讨论 | 第31-54页 |
| ·91001全基因组测序及注释 | 第31页 |
| ·91001株全基因组比较基因组学研究 | 第31-47页 |
| ·一般特征的比较 | 第31页 |
| ·染色体的比较基因组学 | 第31-42页 |
| ·质粒的比较基因组学分析 | 第42-47页 |
| ·91001株新毒力基因的预测与分析： | 第47-54页 |
| 第三章 Ⅲ型分泌系统分子伴侣保守性研究 | 第54-97页 |
| ·材料与方法： | 第54-55页 |
| ·建立完备的TTSC数据库 | 第54页 |
| ·鉴定TTSC蛋白的同源和直系同源 | 第54页 |
| ·寻找TTSC的已知模体 | 第54页 |
| ·分析TTSC的保守模体及其分布图 | 第54-55页 |
| ·模体profile的比对 | 第55页 |
| ·保守位点的识别 | 第55页 |
| ·保守位点对功能或结构的贡献的分析 | 第55页 |
| ·已知晶体结构的比较 | 第55页 |
| ·TTSC结构折叠类型的预测及分析 | 第55页 |
| ·结果与讨论 | 第55-97页 |
| ·35个TTSC的同源分析 | 第55-58页 |
| ·35个TTSC的模体分析 | 第58-63页 |
| ·搜索TTSC的已知模体及已知模体与TTSC模体的比较 | 第63页 |
| ·全局变异局部保守位点的分析 | 第63-66页 |
| ·基于模体的TTSC分类方法 | 第66页 |
| ·新的TTSC的预测 | 第66-74页 |
| ·TTSC空间结构比较与预测 | 第74-96页 |
| ·基于结构保守的Ⅲ型分泌系统TTSC分泌机制的探索 | 第96-97页 |
| 第四章 总结 | 第97-104页 |
| 参考文献 | 第99-104页 |
| 第五章 综述 | 第104-117页 |
