耗散粒子动力学的平衡并行算法及实现
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-18页 |
| ·前言 | 第12页 |
| ·研究背景 | 第12-15页 |
| ·耗散粒子动力学研究背景 | 第12-14页 |
| ·并行计算研究背景 | 第14-15页 |
| ·课题的研究意义 | 第15-16页 |
| ·课题主要的研究内容及工作 | 第16页 |
| ·本文的章节安排 | 第16-17页 |
| ·本章小结 | 第17-18页 |
| 第二章 耗散粒子动力学 | 第18-28页 |
| ·背景资料 | 第18-19页 |
| ·DPD模拟的基本原理 | 第19-22页 |
| ·周期性边界条件和最近映像法 | 第22-24页 |
| ·传统DPD串行程序分析 | 第24-26页 |
| ·本章小结 | 第26-28页 |
| 第三章 耗散粒子动力学的平衡并行化 | 第28-50页 |
| ·并行化的可行性及并行化思路 | 第28-29页 |
| ·MPI编程与消息传递机制 | 第29-34页 |
| ·MPI消息传递模式及通信数据类型 | 第29-30页 |
| ·MPI的基本函数 | 第30-32页 |
| ·MPI的编程模式 | 第32-34页 |
| ·并行DPD算法的基本设计 | 第34-39页 |
| ·空间划分和假想层 | 第34-36页 |
| ·键力和键角力的处理 | 第36-38页 |
| ·并行程序实际的编程模式 | 第38-39页 |
| ·计算子区域的平衡划分算法 | 第39-43页 |
| ·问题的提出 | 第39-40页 |
| ·问题的分析 | 第40页 |
| ·问题的解决 | 第40-43页 |
| ·数据重建机制 | 第43-44页 |
| ·任务的分发和结果的收集 | 第44-48页 |
| ·本章小结 | 第48-50页 |
| 第四章 并行算法的实验分析 | 第50-58页 |
| ·实验内容介绍 | 第50-52页 |
| ·锚定蛋白质的聚集 | 第50-51页 |
| ·实验的初始状态及预期的实验结果 | 第51-52页 |
| ·实验环境介绍 | 第52页 |
| ·串行DPD程序的模拟结果 | 第52-53页 |
| ·普通并行DPD程序的模拟结果 | 第53-54页 |
| ·平衡并行DPD程序的模拟结果 | 第54页 |
| ·平衡并行DPD算法的扩展性分析 | 第54-56页 |
| ·本章小结 | 第56-58页 |
| 第五章 结论和展望 | 第58-60页 |
| ·本文的结论 | 第58页 |
| ·展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 研究成果及发表的学术论文 | 第64-66页 |
| 作者和导师介绍 | 第66-67页 |
| 硕士研究生学位论文答辩委员会决议书 | 第67-68页 |
