| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-14页 |
| 第1章 绪论 | 第14-34页 |
| ·课题背景和意义 | 第14-16页 |
| ·研究背景 | 第14页 |
| ·研究的目的和意义 | 第14-16页 |
| ·基因表达调控的生物学背景 | 第16-19页 |
| ·真核生物的基因表达调控 | 第16-17页 |
| ·转录因子及其结合位点 | 第17-18页 |
| ·miRNA | 第18页 |
| ·高通量分子生物学数据 | 第18-19页 |
| ·研究现状 | 第19-31页 |
| ·转录因子结合位点表示模型 | 第19-22页 |
| ·转录因子结合位点的计算识别 | 第22-27页 |
| ·miRNA研究的生物信息学方法 | 第27-31页 |
| ·所存在的主要问题 | 第31-32页 |
| ·本文的内容安排 | 第32-34页 |
| 第2章 基于基因表达数据的转录因子与miRNA结合位点预测 | 第34-52页 |
| ·引言 | 第34-35页 |
| ·基于基因表达芯片的模体识别算法 | 第35-38页 |
| ·REDUCE算法 | 第35-37页 |
| ·MOTIF REGRESSOR算法 | 第37-38页 |
| ·基于表达谱数据的转录因子与miRNA结合位点识别 | 第38-44页 |
| ·基因调控序列与候选结合位点构建 | 第39-40页 |
| ·转录因子与miRNA调控基因表达模型 | 第40-42页 |
| ·基于随机候选子集的结合位点识别算法 | 第42-44页 |
| ·实验及结果分析 | 第44-51页 |
| ·生物模型系统与调控序列构建 | 第44-45页 |
| ·转录因子与miRNA结合位点选择 | 第45-48页 |
| ·预测的结合位点与已知结合位点的比较 | 第48-50页 |
| ·实验结果分析 | 第50-51页 |
| ·本章小结 | 第51-52页 |
| 第3章 基于结合位点信息的转录因子与miRNA调控功能分析 | 第52-69页 |
| ·引言 | 第52页 |
| ·转录因子结合位点的定位 | 第52-56页 |
| ·TRANSFAC数据库及其处理 | 第53-54页 |
| ·基于PWM的转录因子结合位点定位 | 第54-56页 |
| ·miRNA靶基因预测与结合位点定位 | 第56-57页 |
| ·转录因子与miRNA调控功能预测模型 | 第57-59页 |
| ·实验及结果分析 | 第59-68页 |
| ·生物系统与数据集描 | 第59页 |
| ·功能转录因子和miRNA的识别 | 第59-62页 |
| ·相关生物数据库验证 | 第62-64页 |
| ·组合调控 | 第64-66页 |
| ·实验结果分析 | 第66-68页 |
| ·本章小结 | 第68-69页 |
| 第4章 基于CHIP-SEQ数据的miRNA启动子计算识别 | 第69-88页 |
| ·引言 | 第69-71页 |
| ·CHIP-SEQ数据为启动子预测提供新的数据支持 | 第71-72页 |
| ·基于CHIP-SEQ数据的miRNA启动子预测模型 | 第72-78页 |
| ·CHIP-SEQ数据的预处理 | 第72-74页 |
| ·启动子区域的模式表示 | 第74-76页 |
| ·基于粒子群算法的模式参数优化 | 第76-77页 |
| ·miRNA的启动子搜索算法 | 第77-78页 |
| ·实验及结果分析 | 第78-85页 |
| ·生物系统与数据描述 | 第78-79页 |
| ·参数优化及交叉验证 | 第79-81页 |
| ·miRNA启动子计算识别 | 第81-83页 |
| ·miRNA启动子基因组特征分析 | 第83-85页 |
| ·算法分析 | 第85-86页 |
| ·本章小结 | 第86-88页 |
| 第5章 多数据融合的转录因子与miRNA调控功能分析 | 第88-103页 |
| ·引言 | 第88页 |
| ·生物系统与数据集描述 | 第88-90页 |
| ·生物系统 | 第88-89页 |
| ·芯片数据描述 | 第89-90页 |
| ·基于CHIP-CHIP实验的转录因子结合位点分析 | 第90-95页 |
| ·ERa结合位点位置分析 | 第90-91页 |
| ·ERa结合位点保守性分析 | 第91-92页 |
| ·基于CHIP-CHIP数据的转录因子相互作用分析及位点识别 | 第92-95页 |
| ·ERa调控基因表达分析 | 第95-99页 |
| ·基因表达数据标准化 | 第95-97页 |
| ·基因表达差异的显著性分析 | 第97-98页 |
| ·ERa调控基因分析 | 第98-99页 |
| ·ERa调控miRNA与miRNA调控基因分析 | 第99-102页 |
| ·差异表达miRNA分析 | 第99-101页 |
| ·ERa调控miRNA分析 | 第101页 |
| ·miRNA调控基因表达 | 第101-102页 |
| ·本章小结 | 第102-103页 |
| 结论 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-117页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第117-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 个人简历 | 第121页 |
