| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-21页 |
| ·神创论 | 第8-9页 |
| ·活力论 | 第9页 |
| ·机械论生命观 | 第9-12页 |
| ·古典机械论生命观 | 第9-10页 |
| ·近现代机械论生命观 | 第10-11页 |
| ·基因生命观 | 第11-12页 |
| ·整体有机论生命观 | 第12-15页 |
| ·进化论中生命认识的进展 | 第15-17页 |
| ·进化理论的认识 | 第15-16页 |
| ·进化的概念及模型 | 第16-17页 |
| ·现存的问题及本文的思路 | 第17-21页 |
| 第二章 生命演化的新理论模型的建立 | 第21-32页 |
| ·信息论意义下世界新图景（模式） | 第22-23页 |
| ·生命系统是世界模式之一 | 第23-24页 |
| ·生命是涌现模式的信息过程 | 第24-25页 |
| ·信息论科学框架下生命系统演化模型 | 第25-30页 |
| ·生物信息熵 | 第25-26页 |
| ·生命系统演化法则—最大流原理（MFP） | 第26-28页 |
| ·生命系统的势函数 | 第28-29页 |
| ·生命系统的演化的动力学方程 | 第29-30页 |
| ·生命系统中的ξ场及信息力的本质 | 第30-31页 |
| ·本章总结 | 第31-32页 |
| 第三章 生命系统进化新理论的量化过程 | 第32-44页 |
| ·基于新的生命实在的生命系统进化的实质 | 第32-33页 |
| ·生物进化模型的量化分析 | 第33-35页 |
| ·蛋白质分形维数和ξ的重构过程 | 第35-41页 |
| ·新进化理论与达尔文进化论的比较 | 第41-43页 |
| ·本章结语 | 第43-44页 |
| 第四章 系统生物学的新模型及其具体运用 | 第44-55页 |
| ·系统生物学新模型及其模拟方法 | 第44-45页 |
| ·应用案例1：微生物生态系统案例的模拟 | 第45-49页 |
| ·应用案例2：太湖秀丽白虾不同生长阶段的消化酶活性的研究 | 第49-53页 |
| ·案例运用的意义 | 第53-54页 |
| ·结语 | 第54-55页 |
| 第五章 生命相关问题的探索 | 第55-75页 |
| ·时空观的变革 | 第55-64页 |
| ·近代科学时空观的回顾 | 第55-59页 |
| ·近现代科学时空观困境的实质 | 第59-60页 |
| ·基于MFP 框架的新时空的变革及特点 | 第60-61页 |
| ·新时空的本质 | 第61-62页 |
| ·新时空与文明史的变革 | 第62-63页 |
| ·时空的全息性、普遍性、非独立性、灵活性和多样性 | 第63-64页 |
| ·宇宙演化新图景及新时空观下的科学范式的转变 | 第64-65页 |
| ·宇宙、物质、意识的起源问题 | 第65-70页 |
| ·宇宙的起源 | 第65-68页 |
| ·物质、意识的起源 | 第68-70页 |
| ·整个科学的统一 | 第70-72页 |
| ·新时空的启示 | 第72-73页 |
| ·本章结语 | 第73-75页 |
| 第六章 理论的学术意义及应用方法 | 第75-84页 |
| ·理论的学术意义讨论 | 第75-77页 |
| ·在描述世界万象方面的具体应用 | 第77-79页 |
| ·应用的一般方法 | 第79-81页 |
| ·本章结语 | 第81-84页 |
| 第七章 结论与展望 | 第84-87页 |
| ·本文的主要结论 | 第84-85页 |
| ·展望：螺旋的宇宙 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-93页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第93-94页 |
| 致谢 | 第94页 |