| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 中国红壤地区概述 | 第12页 |
| 1.2 土壤生态系统微生物多样性概况 | 第12-14页 |
| 1.3 土壤微生物参与生物地球化学循环 | 第14-15页 |
| 1.3.1 土壤碳循环 | 第14页 |
| 1.3.2 土壤氮循环 | 第14-15页 |
| 1.4 土壤微生物多样性指标 | 第15-16页 |
| 1.5 土壤微生物多样性的影响因素 | 第16-17页 |
| 1.6 土壤微生物多样性研究方法 | 第17-21页 |
| 1.6.1 微生物纯培养技术 | 第18-19页 |
| 1.6.2 变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术 | 第19-20页 |
| 1.6.3 高通量测序(High-throughput sequencing technology)技术 | 第20-21页 |
| 1.6.4 实时定量PCR技术 | 第21页 |
| 1.7 古菌研究概况 | 第21-27页 |
| 1.7.1 产甲烷菌研究概况 | 第22-26页 |
| 1.7.2 氨氧化古菌(AOA)研究概况 | 第26-27页 |
| 1.8 本研究的目的、思路和意义 | 第27-28页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第28-35页 |
| 2.1 材料 | 第28-30页 |
| 2.1.1 供试土样 | 第28页 |
| 2.1.2 试剂与仪器 | 第28-30页 |
| 2.2 方法 | 第30-35页 |
| 2.2.1 土壤宏基因组DNA的提取 | 第30页 |
| 2.2.2 土壤含水率的检测 | 第30页 |
| 2.2.3 红壤稻田古菌PCR扩增条件 | 第30-31页 |
| 2.2.4 DGGE实验条件 | 第31页 |
| 2.2.5 DGGE条带回收、鉴定 | 第31-32页 |
| 2.2.6 古菌16S rRNA基因V3-V6 可变区高通量测序及优质序列的获取 | 第32-33页 |
| 2.2.7 古菌OTU聚类及注释 | 第33页 |
| 2.2.8 三类产甲烷古菌定量PCR实验条件 | 第33-34页 |
| 2.2.9 定量PCR标准曲线的制备 | 第34页 |
| 2.2.10 统计分析 | 第34-35页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第35-54页 |
| 3.1 实验结果 | 第35-51页 |
| 3.1.1 古菌16S rRNA V4~V5 可变区DNA扩增结果 | 第35-36页 |
| 3.1.2 Gel Red等不同核酸染料DGGE凝胶染色比较 | 第36-37页 |
| 3.1.3 红壤稻田古菌DGGE多样性分析及条带回收 | 第37-41页 |
| 3.1.4 高通量测序获得序列数统计 | 第41-43页 |
| 3.1.5 红壤古菌各分类水平注释结果 | 第43-45页 |
| 3.1.6 红壤古菌多样性变化分析 | 第45-47页 |
| 3.1.7 定量PCR标准曲线制备 | 第47-48页 |
| 3.1.8 红壤稻田产甲烷菌在不同水稻种植期定量PCR研究 | 第48-51页 |
| 3.2 结论 | 第51-54页 |
| 第四章 结束语 | 第54-56页 |
| 4.1 主要工作与创新点 | 第54-55页 |
| 4.2 后续研究工作 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-65页 |
| 致谢 | 第65-67页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第67-69页 |
