| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 缩写符号说明 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-45页 |
| 1.1 DNA磷硫酰化修饰的研究进展 | 第15-28页 |
| 1.1.1 Dnd表型的发现 | 第15页 |
| 1.1.2 dnd基因簇的发现及特征 | 第15-17页 |
| 1.1.3 硫修饰DNA的结构鉴定 | 第17页 |
| 1.1.4 DNA磷硫酰化修饰的分布 | 第17-20页 |
| 1.1.5 DNA磷硫酰化修饰的序列特异性 | 第20-22页 |
| 1.1.6 Dnd蛋白功能 | 第22-23页 |
| 1.1.7 DNA磷硫酰化修饰相关的限制-修饰系统 | 第23-26页 |
| 1.1.8 DNA甲基化修饰与DNA磷硫酰化修饰的相互影响 | 第26页 |
| 1.1.9 DNA磷硫酰化修饰的抗氧化功能 | 第26-28页 |
| 1.2 DNA甲基化修饰的生理功能 | 第28-34页 |
| 1.2.1 DNA甲基化修饰维持遗传物质的稳定性 | 第28-33页 |
| 1.2.1.1 DNA甲基化修饰与DNA复制相关 | 第29-30页 |
| 1.2.1.2 DNA甲基化修饰与碱基的错配修复 | 第30-32页 |
| 1.2.1.3 DNA甲基化修饰与细菌的限制修饰系统 | 第32-33页 |
| 1.2.2 DNA甲基化修饰调控基因表达的机制研究 | 第33-34页 |
| 1.3 氧化压力的研究进展 | 第34-43页 |
| 1.3.1 细菌受到的氧化压力来源 | 第34-35页 |
| 1.3.2 细菌氧化损伤机制的研究进展 | 第35-37页 |
| 1.3.3 大肠杆菌抗氧化机制的研究进展 | 第37-43页 |
| 1.3.3.1 大肠杆菌的超氧化物岐化酶 | 第37-38页 |
| 1.3.3.2 大肠杆菌的过氧化物酶 | 第38-40页 |
| 1.3.3.3 大肠杆菌抗氧化应激的调控蛋白OxyR | 第40-41页 |
| 1.3.3.4 大肠杆菌抗氧化应激的调控蛋白SoxR | 第41-43页 |
| 1.4 本研究的内容与意义 | 第43-45页 |
| 1.4.1 本研究的基础 | 第43-44页 |
| 1.4.2 本研究的内容和目的 | 第44-45页 |
| 第二章 材料与方法 | 第45-55页 |
| 2.1 实验材料 | 第45-48页 |
| 2.1.1 菌株 | 第45-46页 |
| 2.1.2 质粒 | 第46页 |
| 2.1.3 培养基及化学试剂 | 第46-47页 |
| 2.1.4 引物 | 第47-48页 |
| 2.2 实验方法 | 第48-55页 |
| 2.2.1 细菌的有氧培养和无氧培养 | 第48页 |
| 2.2.2 酶标仪测定菌体的生长曲线 | 第48页 |
| 2.2.3 过氧化氢处理后的菌体存活率检测 | 第48-49页 |
| 2.2.4 菌体thyA突变率测定 | 第49页 |
| 2.2.5 EPR检测羟基自由基 | 第49-51页 |
| 2.2.6 菌体DNA的损伤检测 | 第51页 |
| 2.2.7 硫修饰DNA对质粒的保护作用检测 | 第51页 |
| 2.2.8 过氧化氢清除率测定 | 第51-52页 |
| 2.2.9 苏氨酸脱氢酶酶活性测定 | 第52-53页 |
| 2.2.10 Dnd表型鉴定 | 第53页 |
| 2.2.11 高效液相色谱-质谱联用鉴定反应产物 | 第53页 |
| 2.2.12 UV辐照菌体存活率的检测 | 第53页 |
| 2.2.13 X-ray辐照菌体存活率的检测 | 第53-54页 |
| 2.2.14 qRT-PCR | 第54-55页 |
| 第三章 硫修饰系统增强宿主对多种逆境的耐受能力 | 第55-76页 |
| 3.1 背景介绍 | 第55-58页 |
| 3.2 结果和讨论 | 第58-75页 |
| 3.2.1 硫修饰系统自身具有抗氧化功能 | 第58-61页 |
| 3.2.1.1 硫修饰赋予E.coli DH5α菌株更强的过氧化氢耐受能力 | 第58-59页 |
| 3.2.1.2 硫修饰赋予E.coli Hpx~-菌株更强的过氧化氢耐受能力 | 第59-61页 |
| 3.2.2 硫修饰菌株对不同逆境的抵抗能力 | 第61-75页 |
| 3.2.2.1 双氧水刺激下菌体的存活率 | 第61-65页 |
| 3.2.2.2 X-ray辐照条件下菌体的存活率 | 第65-67页 |
| 3.2.2.3 UV辐照条件下菌体的存活率 | 第67-68页 |
| 3.2.2.4 pH值对菌体生长的影响 | 第68-69页 |
| 3.2.2.5 EDTA对菌体生长的影响 | 第69-70页 |
| 3.2.2.6 抗生素对菌体生长的影响 | 第70-71页 |
| 3.2.2.7 金属离子对菌体生长的影响 | 第71-75页 |
| 3.3 本章小结 | 第75-76页 |
| 第四章 硫修饰系统促进了活性氧的清除 | 第76-97页 |
| 4.1 背景介绍 | 第76-77页 |
| 4.2 结果和讨论 | 第77-96页 |
| 4.2.1 硫修饰系统可以保护菌体DNA免受氧化损伤 | 第77-89页 |
| 4.2.1.1 硫修饰系统可以降低菌体的突变率 | 第77-79页 |
| 4.2.1.2 硫修饰系统保护基因组DNA免受氧化损伤 | 第79-84页 |
| 4.2.1.3 硫修饰系统保护质粒免受氧化损伤 | 第84-87页 |
| 4.2.1.4 硫修饰二核苷保护鸟嘌呤免受氧化损伤 | 第87-89页 |
| 4.2.2 硫修饰二核苷保护鸟嘌呤免受氧化损伤 | 第89-91页 |
| 4.2.3 硫修饰系统可以清除活性氧 | 第91-96页 |
| 4.2.3.1 硫修饰菌株能够快速清除环境中的H_2O_2 | 第91-92页 |
| 4.2.3.2 硫修饰DNA可以清除羟基自由基 | 第92-94页 |
| 4.2.3.3 硫修饰系统可以清除菌体体内的羟基自由基 | 第94-96页 |
| 4.3 本章小结 | 第96-97页 |
| 第五章 硫修饰系统的抗氧化作用机理初探 | 第97-131页 |
| 5.1 背景介绍 | 第97页 |
| 5.2 结果和讨论 | 第97-129页 |
| 5.2.1 硫修饰DNA与活性氧的反应产物 | 第97-121页 |
| 5.2.1.1 dGSA和芬顿试剂的反应产物 | 第98-102页 |
| 5.2.1.2 缓冲液对dGSA和芬顿试剂反应的影响 | 第102-105页 |
| 5.2.1.3 金属离子螯合剂对dGSA和芬顿试剂反应的影响 | 第105-109页 |
| 5.2.1.4 其他金属离子催化dGSA和 H_2O_2的反应 | 第109-111页 |
| 5.2.1.5 UV和 X-ray辐照dGSA的反应 | 第111-112页 |
| 5.2.1.6 自由基清除剂可以竞争dGSA和活性氧的反应 | 第112-118页 |
| 5.2.1.7 dGSA与自由基的反应模型 | 第118-121页 |
| 5.2.2 DptB蛋白催化PAA切割硫修饰质粒 | 第121-129页 |
| 5.2.2.1 建立稳定切割硫修饰质粒的体系 | 第122-124页 |
| 5.2.2.2 DptB蛋白催化PAA对硫修饰质粒的切割 | 第124-129页 |
| 5.3 本章小结 | 第129-131页 |
| 第六章 硫修饰菌体抵抗EDTA的机理初探 | 第131-139页 |
| 6.1 背景介绍 | 第131页 |
| 6.2 结果和讨论 | 第131-138页 |
| 6.2.1 硫修饰菌株具有EDTA耐受性 | 第131-133页 |
| 6.2.2 EDTA对硫修饰基因转录的影响 | 第133-135页 |
| 6.2.3 EDTA对肠杆菌素基因转录的影响 | 第135-137页 |
| 6.2.4 铁载体分泌量检测 | 第137-138页 |
| 6.3 本章小结 | 第138-139页 |
| 第七章 总结与展望 | 第139-141页 |
| 7.1 工作总结 | 第139-140页 |
| 7.2 工作的创新点 | 第140页 |
| 7.3 展望 | 第140-141页 |
| 参考文献 | 第141-160页 |
| 致谢 | 第160-162页 |
| 攻读博士期间的研究成果 | 第162-164页 |
