| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 前言 | 第10-29页 |
| 1.1 南繁概况 | 第10页 |
| 1.2 水稻病毒研究进展 | 第10-15页 |
| 1.2.1 我国发生的主要水稻病毒 | 第10-14页 |
| 1.2.2 海南水稻病毒病发生 | 第14-15页 |
| 1.3 植物病毒检测技术研究进展 | 第15-27页 |
| 1.3.1 生物学检测法 | 第15页 |
| 1.3.2 电子显微镜检测法 | 第15-17页 |
| 1.3.3 血清学检测法 | 第17-18页 |
| 1.3.4 分子生物学检测法 | 第18-20页 |
| 1.3.5 高通量测序(high-throughput sequencing)检测法 | 第20-23页 |
| 1.3.6 第二代测序技术的应用 | 第23-25页 |
| 1.3.7 第二代测序技术在病毒检测中的应用 | 第25-27页 |
| 1.4 本研究的目的、意义和技术路线 | 第27-29页 |
| 2 南繁区水稻病毒病调查与鉴定 | 第29-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第29-35页 |
| 2.1.1 田间调查与取样 | 第29-30页 |
| 2.1.2 主要试剂与仪器 | 第30页 |
| 2.1.3 引物设计 | 第30-31页 |
| 2.1.4 水稻RNA提取 | 第31-32页 |
| 2.1.5 反转录cDNA | 第32页 |
| 2.1.6 PCR扩增 | 第32-33页 |
| 2.1.7 PCR产物回收 | 第33页 |
| 2.1.8 连接反应 | 第33-34页 |
| 2.1.9 转化 | 第34页 |
| 2.1.10 菌液PCR | 第34页 |
| 2.1.11 核酸序列测定与同源性比较 | 第34-35页 |
| 2.2 结果与分析 | 第35-40页 |
| 2.2.1 南繁区常见水稻病毒病症状田间调查 | 第35页 |
| 2.2.2 南繁区水稻病毒病分子检测结果 | 第35-38页 |
| 2.2.3 南繁区水稻病毒病发生情况分析 | 第38-40页 |
| 2.3 讨论 | 第40-43页 |
| 3 水稻病毒SMALL RNA深度测序检测 | 第43-52页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-45页 |
| 3.1.1 样品采集 | 第43页 |
| 3.1.2 总RNA提取 | 第43页 |
| 3.1.3 小RNA文库构建与测序 | 第43-44页 |
| 3.1.4 数据处理 | 第44-45页 |
| 3.1.5 RT-PCR验证病毒基因组序列 | 第45页 |
| 3.2 结果与分析 | 第45-50页 |
| 3.2.1 序列比对结果 | 第45-47页 |
| 3.2.2 病毒基因组组装 | 第47-48页 |
| 3.2.3 RT-PCR验证水稻病毒全基因组 | 第48-50页 |
| 3.3 讨论 | 第50-52页 |
| 4 水稻病毒转录组高通量测序检测 | 第52-61页 |
| 4.1 材料与方法 | 第52-53页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第52页 |
| 4.1.2 水稻总RNA提取 | 第52页 |
| 4.1.3 转录组测序 | 第52页 |
| 4.1.4 转录组数据组装 | 第52-53页 |
| 4.2 结果与分析 | 第53-58页 |
| 4.2.1 转录组测序数据统计 | 第53页 |
| 4.2.2 序列比对 | 第53-54页 |
| 4.2.3 序列组装 | 第54-55页 |
| 4.2.4 功能注释 | 第55-58页 |
| 4.3 讨论 | 第58-61页 |
| 结论 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 致谢 | 第68页 |