| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 引言 | 第10-12页 |
| 第1章 研究背景 | 第12-26页 |
| 1.1 核小体 | 第12-19页 |
| 1.1.1 核小体核心颗粒的基本结构 | 第12-13页 |
| 1.1.2 组蛋白折叠异二聚体 | 第13-14页 |
| 1.1.3 组蛋白八聚体及其与DNA的结合 | 第14-16页 |
| 1.1.4 核小体拓扑 | 第16-17页 |
| 1.1.5 核小体DNA的序列 | 第17-18页 |
| 1.1.6 染色体和30纳米纤维的结构 | 第18页 |
| 1.1.7 NCP结构的可变性 | 第18-19页 |
| 1.2 组蛋白变体H2A.B | 第19-26页 |
| 1.2.1 H2A.B的分子进化 | 第19-20页 |
| 1.2.2 H2A.B的一级结构 | 第20-21页 |
| 1.2.3 H2A.B对组蛋白八聚体的影响 | 第21-22页 |
| 1.2.4 H2A.B对核小体DNA的影响 | 第22-23页 |
| 1.2.5 H2A.B和ATP依赖性核小体重塑 | 第23页 |
| 1.2.6 H2A.B和基因表达 | 第23-26页 |
| 第2章 研究方法 | 第26-34页 |
| 2.1 全原子分子动力学模拟 | 第26-30页 |
| 2.1.1 全原子分子动力学模拟的原理 | 第28-29页 |
| 2.1.2 分子动力学模拟的发展 | 第29-30页 |
| 2.2 粗粒化模拟 | 第30-31页 |
| 2.2.1 粗粒化模型构建的原则 | 第30-31页 |
| 2.2.2 常见的粗粒化模型 | 第31页 |
| 2.3 反响映射模拟 | 第31-34页 |
| 第3章 研究内容 | 第34-42页 |
| 3.1 核小体初始结构的构建 | 第34-36页 |
| 3.2 全原子分子动力学模拟 | 第36-37页 |
| 3.3 粗粒化模拟 | 第37-40页 |
| 3.3.1 native粗粒化模拟 | 第37-38页 |
| 3.3.2 粗粒化组装模拟 | 第38-40页 |
| 3.4 数据分析 | 第40-42页 |
| 第4章 结果与讨论 | 第42-58页 |
| 4.1 H2A.B核小体DNA的高动态性 | 第42-47页 |
| 4.2 H2A.B对组蛋白二聚体及八聚体稳定性的影响 | 第47-49页 |
| 4.3 核小体组蛋白与DNA之间的相互作用 | 第49-55页 |
| 4.3.1 组蛋白H3与核小体DNA之间的相互作用 | 第50-53页 |
| 4.3.2 组蛋白H2A/H2A.B与DNA之间的相互作用 | 第53-55页 |
| 4.4 突变体系的粗粒化模拟 | 第55-58页 |
| 第5章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 致谢 | 第68-70页 |
| 在读期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第70页 |
