| 摘要 | 第4-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-56页 |
| 1.1 二代测序技术 | 第15-20页 |
| 1.1.1 二代测序平台和技术原理 | 第16-20页 |
| 1.1.1.1 Illumina平台 | 第16-18页 |
| 1.1.1.2 Iontorrent平台 | 第18-20页 |
| 1.2 二代测序的建库方案及应用 | 第20-43页 |
| 1.2.1 全基因组建库 | 第20-25页 |
| 1.2.1.1 全基因组从头测序 | 第21页 |
| 1.2.1.2 全基因组重测序 | 第21-22页 |
| 1.2.1.3 单细胞基因组测序 | 第22-24页 |
| 1.2.1.4 简化基因组测序 | 第24-25页 |
| 1.2.1.5 全基因组甲基化测序 | 第25页 |
| 1.2.2 目标区段捕获建库 | 第25-39页 |
| 1.2.2.1 目标区段捕获建库方案 | 第26-35页 |
| 1.2.2.2 目标区段捕获测序的应用 | 第35-39页 |
| 1.2.3 转录组建库 | 第39-43页 |
| 1.2.3.1 mRNA建库 | 第40页 |
| 1.2.3.2 全转录组建库 | 第40-41页 |
| 1.2.3.3 小RNA建库 | 第41页 |
| 1.2.3.4 链特异性转录组建库 | 第41-42页 |
| 1.2.3.5 单细胞转录组建库 | 第42-43页 |
| 1.3 本课题研究背景、研究内容以及创新性 | 第43-46页 |
| 1.3.1 研究背景 | 第43-44页 |
| 1.3.2 研究内容 | 第44-45页 |
| 1.3.3 课题创新性 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-56页 |
| 第二章 三轮多重PCR结合二代测序技术进行SNP分型 | 第56-78页 |
| 2.1 引言 | 第56-59页 |
| 2.2 材料和方法 | 第59-62页 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 | 第59页 |
| 2.2.2 引物设计 | 第59页 |
| 2.2.3 最适引物浓度检测 | 第59-60页 |
| 2.2.4 三轮多重PCR灵敏度和稳定性评估 | 第60-61页 |
| 2.2.5 三轮多重PCR进行SNP基因分析 | 第61页 |
| 2.2.6 荧光定量PCR检测纯化产物 | 第61页 |
| 2.2.7 IontorrentPGM测序 | 第61-62页 |
| 2.2.8 PCR-LDR检测 | 第62页 |
| 2.2.9 数据分析 | 第62页 |
| 2.3 结果 | 第62-72页 |
| 2.3.1 最适引物浓度 | 第62-63页 |
| 2.3.2 三轮多重PCR灵敏度和稳定性评估 | 第63-64页 |
| 2.3.3 样本建库检测 | 第64页 |
| 2.3.4 荧光定量PCR结果 | 第64-65页 |
| 2.3.5 测序数据 | 第65-66页 |
| 2.3.6 所有扩增子总体均一性评估 | 第66-67页 |
| 2.3.7 757个样本间均一性评估 | 第67页 |
| 2.3.8 扩增子等位基因比率 | 第67-70页 |
| 2.3.9 聚类分析19个SNP位点等位基因比率 | 第70-72页 |
| 2.4 本章小结 | 第72-75页 |
| 参考文献 | 第75-78页 |
| 第三章 新型发夹引物进行目标区段捕获测序 | 第78-94页 |
| 3.1 引言 | 第78-80页 |
| 3.2 材料和方法 | 第80-84页 |
| 3.2.1 基因组DNA提取 | 第80页 |
| 3.2.2 引物设计 | 第80-82页 |
| 3.2.2.1 发夹引物配对序列长度评估 | 第81页 |
| 3.2.2.2 发夹引物设计 | 第81页 |
| 3.2.2.3 对照引物设计 | 第81页 |
| 3.2.2.4 辅助引物设计 | 第81-82页 |
| 3.2.2.5 接头引物设计 | 第82页 |
| 3.2.3 单重PCR | 第82页 |
| 3.2.4 多重PCR | 第82-83页 |
| 3.2.4.1 三种引物的多重PCR | 第82-83页 |
| 3.2.4.2 89个区段捕获建库 | 第83页 |
| 3.2.5 荧光定量PCR检测纯化产物 | 第83页 |
| 3.2.6 二代测序及数据处理 | 第83-84页 |
| 3.3 结果 | 第84-89页 |
| 3.3.1 发夹引物配对序列长度比较 | 第84-85页 |
| 3.3.2 三种引物的特异性比较 | 第85-87页 |
| 3.3.3 样本建库检测 | 第87-88页 |
| 3.3.4 荧光定量PCR结果 | 第88页 |
| 3.3.5 所有扩增子的测序深度 | 第88-89页 |
| 3.3.6 区段捕获成功率 | 第89页 |
| 3.4 本章小结 | 第89-92页 |
| 参考文献 | 第92-94页 |
| 第四章 新型发夹引物的延伸应用：拷贝数变异的检测 | 第94-110页 |
| 4.1 引言 | 第94-97页 |
| 4.2 材料和方法 | 第97-101页 |
| 4.2.1 基因组DNA提取 | 第97页 |
| 4.2.2 引物设计 | 第97-98页 |
| 4.2.3 多重荧光竞争性PCR | 第98-100页 |
| 4.2.3.1 文库构建 | 第98-99页 |
| 4.2.3.2 文库纯化 | 第99-100页 |
| 4.2.3.3 荧光标记 | 第100页 |
| 4.2.4 数据分析 | 第100-101页 |
| 4.2.5 aCGH检测 | 第101页 |
| 4.3 结果 | 第101-106页 |
| 4.3.1 荧光引物的产物质控 | 第101-102页 |
| 4.3.2 校正系数计算 | 第102-103页 |
| 4.3.3 CNV判断阈值 | 第103页 |
| 4.3.4 检测基因拷贝数判断 | 第103-105页 |
| 4.3.5 aCGH检测 | 第105-106页 |
| 4.4 本章小结 | 第106-109页 |
| 参考文献 | 第109-110页 |
| 第五章 总结与展望 | 第110-114页 |
| 5.1 结论 | 第110-113页 |
| 5.2 展望 | 第113-114页 |
| 附表 | 第114-134页 |
| 附表1 37个SNP位点引物序列 | 第114-116页 |
| 附表2 40对接头引物序列 | 第116-118页 |
| 附表3 部分样本接头组合 | 第118-121页 |
| 附表4 不同配对长度发夹引物表 | 第121-122页 |
| 附表5 发夹引物表 | 第122-126页 |
| 附表6 未完全封闭发夹引物表 | 第126-127页 |
| 附表7 线性引物表 | 第127-128页 |
| 附表8 接头引物表 | 第128-129页 |
| 附表9 接头引物与样本对应表 | 第129-130页 |
| 附表10 89个区段捕获成功率 | 第130-131页 |
| 附表11 CNV检测上游引物 | 第131-132页 |
| 附表12 CNV检测下游引物 | 第132页 |
| 附表13 荧光通用引物 | 第132-133页 |
| 附表14 样本信息表 | 第133-134页 |
| 课题来源 | 第134-135页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第135-136页 |
| 致谢 | 第136页 |