| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-31页 |
| 1.1 贵州地方猪种研究现状 | 第14-17页 |
| 1.1.1 香猪 | 第15-16页 |
| 1.1.2 柯乐猪 | 第16页 |
| 1.1.3 江口萝卜猪 | 第16页 |
| 1.1.4 黔北黑猪 | 第16-17页 |
| 1.1.5 关岭猪 | 第17页 |
| 1.2 结构变异 | 第17-31页 |
| 1.2.1 结构变异研究现状 | 第17-18页 |
| 1.2.2 结构变异分类 | 第18-19页 |
| 1.2.3 结构变异形成机制 | 第19-21页 |
| 1.2.4 结构变异的研究技术 | 第21-25页 |
| 1.2.5 结构变异对基因功能的影响 | 第25-28页 |
| 1.2.6 猪基因组的研究进展 | 第28-30页 |
| 1.2.7 研究目的与意义 | 第30-31页 |
| 第二章 材料与方法 | 第31-55页 |
| 2.1 试验材料和仪器 | 第31-39页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第31-32页 |
| 2.1.2 试验试剂与仪器 | 第32-38页 |
| 2.1.3 主要数据库及分析软件 | 第38-39页 |
| 2.1.4 已知猪种重测序数据的下载 | 第39页 |
| 2.2 基因组DNA的提取 | 第39-42页 |
| 2.2.1 血液基因组提取 | 第39-40页 |
| 2.2.2 耳组织基因组提取 | 第40-41页 |
| 2.2.3 样本纯合度检测 | 第41-42页 |
| 2.2.4 基因组DNA质量检测 | 第42页 |
| 2.3 基因组文库的构建及高通量测序 | 第42-43页 |
| 2.4 重测序数据分析 | 第43-45页 |
| 2.4.1 原始数据质控 | 第43页 |
| 2.4.2 序列比对 | 第43-45页 |
| 2.4.3 结构变异的检测 | 第45页 |
| 2.5 生物信息学分析 | 第45-46页 |
| 2.6 结构变异验证 | 第46页 |
| 2.7 结构变异群体分布频率检测 | 第46-47页 |
| 2.8 PDIA4基因表达水平检测 | 第47-55页 |
| 2.8.1 PDIA4基因mRNA表达检测 | 第47-52页 |
| 2.8.2 PDIA4蛋白表达量检测 | 第52-55页 |
| 第三章 结果与分析 | 第55-105页 |
| 3.1 基因组DNA质量检测 | 第55-56页 |
| 3.2 不同猪品种特有结构变异及相关基因功能分析 | 第56-77页 |
| 3.2.1 测序数据 | 第56-58页 |
| 3.2.2 结构变异种类和分布统计 | 第58-63页 |
| 3.2.3 结构变异的群体遗传学分析 | 第63-67页 |
| 3.2.4 结构变异功能元件分析 | 第67页 |
| 3.2.5 结构变异在基因组中的定位和功能注释 | 第67-69页 |
| 3.2.6 不同猪种特有结构变异分析 | 第69-70页 |
| 3.2.7 结构变异影响基因的GO功能富集和KEGG通路分析 | 第70-77页 |
| 3.3 贵州地方猪种之间相比结构变异变化规律分析 | 第77-87页 |
| 3.3.1 五个贵州地方猪种结构变异的检测 | 第77-78页 |
| 3.3.2 贵州地方猪种品种间特有结构变异的分类统计 | 第78-83页 |
| 3.3.3 贵州地方猪种品种间特有结构变异GO和KEGG功能富集分析 | 第83-85页 |
| 3.3.4 香猪生长性状相关基因的鉴定 | 第85-87页 |
| 3.3.5 贵州地方猪种结构变异主成分分析 | 第87页 |
| 3.4 基于重测序鉴定香猪产仔数性状的候选基因 | 第87-100页 |
| 3.4.1 重测序香猪样品信息 | 第87-88页 |
| 3.4.2 香猪测序数据及其质量控制 | 第88页 |
| 3.4.3 香猪基因组结构变异的检测 | 第88-89页 |
| 3.4.4 香猪组间差异结构变异分析 | 第89-91页 |
| 3.4.5 组间差异SV的基因功能注释 | 第91-92页 |
| 3.4.6 组间差异SV的基因功能富集分析 | 第92-95页 |
| 3.4.7 特有结构变异区域与繁殖相关基因的关系 | 第95-96页 |
| 3.4.8 产仔数相关结构变异的鉴定 | 第96-99页 |
| 3.4.9 产仔数相关结构变异与QTL的重叠分析 | 第99页 |
| 3.4.10 产仔数相关结构变异区间的重复元件分析 | 第99页 |
| 3.4.11 产仔数相关结构变异区间的转录调控元件预测 | 第99-100页 |
| 3.5 结构变异对香猪PDIA4基因表达的影响 | 第100-105页 |
| 3.5.1 基因PDIA4中275bp变异的序列特征 | 第100-102页 |
| 3.5.2 基因PDIA4中SINE元件的群体分布频率分析 | 第102-103页 |
| 3.5.3 基因PDIA4中SINE元件与香猪产仔数的关联分析 | 第103页 |
| 3.5.4 结构变异对香猪卵巢PDIA4基因的mRNA表达影响 | 第103-104页 |
| 3.5.5 结构变异对香猪卵巢PDIA4基因的蛋白表达影响 | 第104-105页 |
| 第四章 讨论 | 第105-115页 |
| 4.1 不同猪种特有结构变异及相关基因功能分析 | 第105-108页 |
| 4.2 贵州地方猪种特有结构变异差异分析 | 第108-110页 |
| 4.3 香猪高产仔数性状候选基因位点的鉴定 | 第110-112页 |
| 4.4 结构变异对香猪产仔数性状的候选基因PDIA4功能的影响 | 第112-115页 |
| 第五章 结论 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-140页 |
| 致谢 | 第140-142页 |
| 附录 | 第142-144页 |
| 附表 | 第144-192页 |
| 附图1 | 第192-193页 |
| 附图2 | 第193-202页 |
| 附图3 | 第202-204页 |
