| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-28页 |
| 1.1 奶牛乳腺炎概述 | 第15-16页 |
| 1.1.1 奶牛乳腺炎的危害 | 第15页 |
| 1.1.2 奶牛乳腺炎的致病因素及治疗现状 | 第15-16页 |
| 1.2 乳腺组织与天然免疫 | 第16页 |
| 1.3 奶牛乳腺炎mRNA表达谱研究进展 | 第16-21页 |
| 1.3.1 基因表达谱研究方法 | 第16-17页 |
| 1.3.2 乳腺炎奶牛乳腺组织mRNA表达谱分析 | 第17-18页 |
| 1.3.3 乳腺炎奶牛血液mRNA表达谱分析 | 第18-19页 |
| 1.3.4 乳腺上皮细胞炎症反应中的mRNA表达谱分析 | 第19-20页 |
| 1.3.5 不同病原菌引起乳腺上皮细胞炎症反应和免疫应答的差异 | 第20-21页 |
| 1.3.6 存在的问题及本研究的必要性 | 第21页 |
| 1.4 乳腺炎症相关编码基因的研究进展 | 第21-25页 |
| 1.4.1 乳腺炎密切相关的SNP及QTL研究进展 | 第21-22页 |
| 1.4.2 TLR4信号通路与固有免疫 | 第22-23页 |
| 1.4.3 牛TLRs研究进展 | 第23-24页 |
| 1.4.4 炎症因子在乳腺炎中的作用 | 第24-25页 |
| 1.4.5 存在的问题 | 第25页 |
| 1.5 miRNA与动物免疫 | 第25页 |
| 1.5.1 miRNA发现 | 第25页 |
| 1.5.2 miRNA在免疫学中的作用 | 第25页 |
| 1.6 奶牛乳腺炎相关miRNA的研究进展 | 第25-27页 |
| 1.6.1 奶牛乳腺炎miRNA表达谱研究进展 | 第26页 |
| 1.6.2 特定miRNA在乳腺炎中的作用机制研究进展 | 第26-27页 |
| 1.6.3 存在问题、miRNA深度测序及功能研究的必要性 | 第27页 |
| 1.7 本研究的思路、目的与意义 | 第27-28页 |
| 第二章 奶牛乳腺炎的活体诱导 | 第28-36页 |
| 2.1 实验材料 | 第28页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第28页 |
| 2.1.2 菌种 | 第28页 |
| 2.1.3 试剂及仪器设备 | 第28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-29页 |
| 2.2.1 实验动物准备 | 第28页 |
| 2.2.2 病原菌培养 | 第28-29页 |
| 2.2.3 乳腺炎诱导及样品采集 | 第29页 |
| 2.2.4 乳腺炎模型鉴定 | 第29页 |
| 2.2.5 乳腺组织免疫相关蛋白质的表达检测 | 第29页 |
| 2.3 结果和分析 | 第29-33页 |
| 2.3.1 乳腺炎临床检查 | 第29-30页 |
| 2.3.2 乳腺组织病理鉴定 | 第30页 |
| 2.3.3 奶牛乳腺组织TLR4/NF-κB信号通路关键分子的表达量检测 | 第30-33页 |
| 2.4 讨论 | 第33-35页 |
| 2.5 小结 | 第35-36页 |
| 第三章 乳腺炎奶牛乳腺组织和血液的转录组测序分析 | 第36-65页 |
| 3.1 实验材料 | 第36页 |
| 3.1.1 实验样品 | 第36页 |
| 3.1.2 试剂及仪器设备 | 第36页 |
| 3.2 实验方法 | 第36-40页 |
| 3.2.1 RNA提取及完整性检测 | 第36页 |
| 3.2.2 转录组文库构建 | 第36-37页 |
| 3.2.3 转录组文库质量控制与测序 | 第37页 |
| 3.2.4 转录组测序数据分析 | 第37-39页 |
| 3.2.5 转录组测序结果的qPCR验证 | 第39-40页 |
| 3.3 结果和分析 | 第40-60页 |
| 3.3.1 转录组测序数据及其质量控制 | 第40-41页 |
| 3.3.2 转录组文库质量评估 | 第41页 |
| 3.3.3 可变剪切分析 | 第41-43页 |
| 3.3.4 SNP/InDel分析 | 第43-44页 |
| 3.3.5 新基因发掘及功能注释 | 第44-46页 |
| 3.3.6 基因表达量分析 | 第46-48页 |
| 3.3.7 乳腺组织差异表达mRNA分析 | 第48-55页 |
| 3.3.8 血液差异表达mRNA分析 | 第55-60页 |
| 3.3.9 乳腺组织和血液差异表达mRNA分析结果的qPCR验证 | 第60页 |
| 3.4 讨论 | 第60-63页 |
| 3.4.1 转录组测序结果及差异表达mRNA筛选的可靠性分析 | 第60-61页 |
| 3.4.2 乳腺组织差异表达mRNA的作用 | 第61-62页 |
| 3.4.3 血液差异表达mRNA的作用 | 第62-63页 |
| 3.5 小结 | 第63-65页 |
| 3.5.1 乳腺组织转录组测序 | 第63-64页 |
| 3.5.2 血液转录组测序 | 第64-65页 |
| 第四章 乳腺炎奶牛血液和乳腺组织的miRNA测序分析 | 第65-98页 |
| 4.1 实验材料 | 第65页 |
| 4.1.1 实验样品 | 第65页 |
| 4.1.2 试剂与仪器设备 | 第65页 |
| 4.2 实验方法 | 第65-70页 |
| 4.2.1 RNA提取及完整性检测 | 第65页 |
| 4.2.2 小RNA文库构建及高通量测序 | 第65-66页 |
| 4.2.3 小RNA测序数据分析 | 第66-70页 |
| 4.2.4 miRNA组和转录组的联合分析 | 第70页 |
| 4.3 结果和分析 | 第70-91页 |
| 4.3.1 miRNA测序数据及质量控制 | 第70-71页 |
| 4.3.2 sRNA分类注释 | 第71页 |
| 4.3.3 miRNA的鉴定 | 第71-74页 |
| 4.3.4 miRNA表达量总体分布 | 第74-75页 |
| 4.3.5 血液miRNA的差异表达分析 | 第75-81页 |
| 4.3.6 乳腺组织miRNA的差异表达分析 | 第81-85页 |
| 4.3.7 乳腺组织miRNA和转录组的联合分析 | 第85-91页 |
| 4.4 讨论 | 第91-96页 |
| 4.4.1 血液miRNA的差异表达分析 | 第91-93页 |
| 4.4.2 乳腺组织miRNA的差异表达分析 | 第93-94页 |
| 4.4.3 乳腺组织miRNA-mRNA联合分析 | 第94-96页 |
| 4.5 小结 | 第96-98页 |
| 4.5.1 血液miRNA测序及DIE-miRNA筛选 | 第96页 |
| 4.5.2 乳腺组织miRNA测序 | 第96-97页 |
| 4.5.3 乳腺组织miRNA-mRNA联合分析 | 第97-98页 |
| 第五章 差异表达bta-miR-146a在奶牛乳腺上皮细胞炎症反应中的分子机制 | 第98-116页 |
| 5.1 实验材料 | 第98页 |
| 5.1.1 细胞来源 | 第98页 |
| 5.1.2 试剂及仪器设备 | 第98页 |
| 5.2 实验方法 | 第98-102页 |
| 5.2.1 bta-miR-146a的表达量检测 | 第98页 |
| 5.2.2 bta-miR-146a的靶基因预测 | 第98页 |
| 5.2.3 靶基因3′-UTR双荧光素酶报告基因载体构建 | 第98-99页 |
| 5.2.4 bta-miR-146a靶基因鉴定 | 第99-100页 |
| 5.2.5 bta-miR-146a在bMEC炎症反应中的作用机制 | 第100-102页 |
| 5.2.6 bta-miR-146a对细胞凋亡的影响 | 第102页 |
| 5.3 结果和分析 | 第102-112页 |
| 5.3.1 bta-miR-146a的表达量检测结果 | 第102页 |
| 5.3.2 bta-miR-146a的靶基因预测结果 | 第102页 |
| 5.3.3 bta-miR-146a的靶基因鉴定结果 | 第102-105页 |
| 5.3.4 bMEC内bta-miR-146a超表达和沉默的效果检测 | 第105-107页 |
| 5.3.5 bta-miR-146a对靶基因TLR4、TRAF6及NF-κB的mRNA表达水平的影响 | 第107-108页 |
| 5.3.6 bta-miR-146a对靶基因TLR4、TRAF6及NF-κB的蛋白质表达水平的影响. | 第108-109页 |
| 5.3.7 bta-miR-146a对bMEC炎症因子分泌的影响 | 第109-111页 |
| 5.3.8 bta-miR-146a对bMEC凋亡的影响 | 第111-112页 |
| 5.4 讨论 | 第112-115页 |
| 5.4.1 bta-miR-146a靶向调节TLR4、TRAF6和NF-κB基因的表达 | 第112页 |
| 5.4.2 关于bta-miR-146a、TLR4和TRAF6基因表达水平的探讨 | 第112-113页 |
| 5.4.3 bta-miR-146a调节bMEC炎症反应 | 第113-114页 |
| 5.4.4 bta-miR-146a促进bMEC凋亡 | 第114-115页 |
| 5.5 小结 | 第115-116页 |
| 结论 | 第116-118页 |
| 创新点 | 第118页 |
| 下一步工作 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-136页 |
| 附录 | 第136-145页 |
| 附录1 主要实验试剂 | 第136-138页 |
| 附录2 主要仪器设备 | 第138页 |
| 附录3 主要实验步骤 | 第138-145页 |
| 缩略词 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 作者简介 | 第147页 |
