| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 对泡核桃(Juglanssigillata)的基因组和转录组资源的重新组装和遗传标记资源开发 | 第11-37页 |
| 1.1 前言 | 第11-12页 |
| 1.2 材料和方法 | 第12-22页 |
| 1.2.1 取样,DNA及RNA提取 | 第12-13页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组测序,组装和基因注释 | 第13页 |
| 1.2.3 RNA-seq建库为转录组数据测序和基因注释做准备 | 第13-14页 |
| 1.2.4 SSRs的发掘及引物设计 | 第14页 |
| 1.2.5 扩增条件和引物验证 | 第14页 |
| 1.2.6 微卫星数据分析 | 第14-15页 |
| 1.2.7 叶绿体测序分析 | 第15-22页 |
| 1.3 结果分析 | 第22-33页 |
| 1.3.1 全叶绿体基因组分析特性 | 第22页 |
| 1.3.2 二代测序和从头组装结果 | 第22-27页 |
| 1.3.3 微卫星位点富集 | 第27页 |
| 1.3.4 泡核桃转录组基因注释 | 第27-28页 |
| 1.3.5 直系同源分组数据库的功能分类 | 第28-30页 |
| 1.3.6 EST-SSR引物的筛选和验证 | 第30-31页 |
| 1.3.7 叶绿体多态性位点筛选和验证 | 第31-32页 |
| 1.3.8 基于EST-SSR和cp-SSR位点的分子方差分析 | 第32-33页 |
| 1.4 讨论 | 第33-37页 |
| 第二章 基于微卫星和叶绿体遗传标记的中国核桃(Juglansregia)谱系地理历史研究 | 第37-80页 |
| 2.1 前言 | 第37-40页 |
| 2.1.1 谱系地理学研究概述 | 第37页 |
| 2.1.2 核桃(JuglansregiaL.)基本概述 | 第37-38页 |
| 2.1.3 核桃的有关遗传学研究 | 第38页 |
| 2.1.4 核桃有关化石及历史研究 | 第38-40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-57页 |
| 2.2.1 野外调查及采样 | 第40-44页 |
| 2.2.2 样本DNA的提取及检测 | 第44页 |
| 2.2.3 样本扩增 | 第44-52页 |
| 2.2.4 样本数据校正 | 第52页 |
| 2.2.5 数据分析 | 第52页 |
| 2.2.6 群体遗传多样性 | 第52页 |
| 2.2.7 群体遗传结构 | 第52-57页 |
| 2.3 实验结果 | 第57-74页 |
| 2.3.1 数据分析结果 | 第57页 |
| 2.3.2 遗传多样性结果 | 第57-59页 |
| 2.3.3 遗传结构分析结果 | 第59-64页 |
| 2.3.4 群体遗传分化及动态历史分析结果 | 第64-67页 |
| 2.3.5 基因流结果 | 第67-68页 |
| 2.3.6 IBD结果 | 第68页 |
| 2.3.7 隔离分析结果 | 第68-69页 |
| 2.3.8 核桃分布区重建 | 第69-71页 |
| 2.3.9 适应性进化结果 | 第71页 |
| 2.3.10 叶绿体全基因组分析结果 | 第71-74页 |
| 2.4 讨论 | 第74-80页 |
| 2.4.1 中国范围内核桃的遗传多样性 | 第74-75页 |
| 2.4.2 普通核桃在中国的起源 | 第75-76页 |
| 2.4.3 普通核桃的多个避难所 | 第76-78页 |
| 2.4.4 空间遗传结构和距离隔离 | 第78-80页 |
| 第三章 总结及展望 | 第80-82页 |
| 3.1 总结 | 第80页 |
| 3.2 未来工作展望 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-91页 |
| 附录 | 第91-109页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
