| 摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-14页 |
| 前言 | 第15-24页 |
| 0.1 必需基因的概念及相关技术的发展现状 | 第15-17页 |
| 0.1.1 必需基因的概念和研究进展 | 第15-16页 |
| 0.1.2 必需基因研究的手段和技术方法 | 第16-17页 |
| 0.2 系统研究HEG的必要性 | 第17-18页 |
| 0.2.1 深入理解生命体复杂调控过程的研究需求 | 第17页 |
| 0.2.2 军事医学和重大疾病防治的应用需求 | 第17-18页 |
| 0.3 HEG的多组学大数据整合分析 | 第18-21页 |
| 0.3.1 必需基因相关数据库资源 | 第18-19页 |
| 0.3.2 ENCODE等大型科学计划的丰富数据资源与HEG相结合 | 第19-20页 |
| 0.3.3 Hi-C技术的发展及更为清晰的基因组三维结构与HEG相结合 | 第20页 |
| 0.3.4 早期胚胎发育表观图谱的最新进展与HEG相结合 | 第20-21页 |
| 0.3.5 TCGA等大型癌症计划与HEG相结合 | 第21页 |
| 0.4 本研究的主要内容 | 第21-23页 |
| 0.5 本研究的创新点 | 第23-24页 |
| 第一章 HEG特征的多维度解析 | 第24-61页 |
| 1.1 HEG的基因组基本性质 | 第24-32页 |
| 1.1.1 HEG的实验鉴定和来源 | 第24-26页 |
| 1.1.2 HEG的基因组序列特征 | 第26-30页 |
| 1.1.3 HEG的基因长度和位置分布 | 第30-32页 |
| 1.2 HEG的三维结构特征 | 第32-41页 |
| 1.2.1 数据来源及分析方法 | 第33-35页 |
| 1.2.2 TAD识别算法 | 第35页 |
| 1.2.3 HEG与TAD的关联分析 | 第35-40页 |
| 1.2.4 CTCF结合与HEG的关系 | 第40-41页 |
| 1.3 HEG的表观遗传调控特征 | 第41-48页 |
| 1.3.1 数据来源及分析方法 | 第42-43页 |
| 1.3.2 HEG染色质开放程度 | 第43-46页 |
| 1.3.3 HEG的表观遗传修饰 | 第46-48页 |
| 1.4 HEG的蛋白质组学特征 | 第48-59页 |
| 1.4.1 HEG编码蛋白质的表达水平及稳定性 | 第49-51页 |
| 1.4.2 HEG编码蛋白质的相互作用网络分析 | 第51-59页 |
| 1.5 小结 | 第59-61页 |
| 第二章 HEG的进化特性和在早期胚胎发育中的动态变化 | 第61-78页 |
| 2.1 HEG的进化特性 | 第61-67页 |
| 2.1.1 数据集及分析方法 | 第61-62页 |
| 2.1.2 HEG在进化中的特殊地位 | 第62-64页 |
| 2.1.3 不同物种必需基因比较 | 第64-67页 |
| 2.2 HEG在早期胚胎发育过程中的动态变化 | 第67-77页 |
| 2.2.1 数据集及分析方法 | 第67-69页 |
| 2.2.2 HEG在早期胚胎发育中基因表达的变化 | 第69-71页 |
| 2.2.3 HEG在早期胚胎发育中不同阶段的表观遗传调控 | 第71-76页 |
| 2.2.4 HEG在早期胚胎发育中的特殊地位 | 第76-77页 |
| 2.3 小结 | 第77-78页 |
| 第三章 基于知识的HEG与疾病的关联分析 | 第78-109页 |
| 3.1 癌症基因组图谱(TCGA)的在线分析资源 | 第78-93页 |
| 3.1.1 TCGA数据介绍 | 第78-81页 |
| 3.1.2 TCGA网络分析工具的分类调查 | 第81-86页 |
| 3.1.3 TCGA数据应用案例研究 | 第86-92页 |
| 3.1.4 TCGA数据在线分析工具的评估 | 第92-93页 |
| 3.2 HEG与癌症的关系 | 第93-99页 |
| 3.3 根据HEG筛选肿瘤标志物及候选药物 | 第99-101页 |
| 3.3.1 肿瘤标志物和候选药物的筛选流程 | 第99-100页 |
| 3.3.2 肿瘤标志物和候选药物的确定 | 第100-101页 |
| 3.4 HEGIAP：针对HEG的计算分析软件的设计与开发 | 第101-108页 |
| 3.4.1 HEGIAP设计框架 | 第101页 |
| 3.4.2 HEGIAP设计方法 | 第101-102页 |
| 3.4.3 HEGIAP分析功能和实例演示 | 第102-108页 |
| 3.5 小结 | 第108-109页 |
| 第四章 结论与展望 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-121页 |
| 附录A 计算筛选的肿瘤标志物 | 第121-124页 |
| 附录B 计算筛选的候选抗肿瘤药物 | 第124-129页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第129-130页 |
| 主要简历 | 第130-131页 |
| 致谢 | 第131页 |
