| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 1 理论基础知识 | 第11-16页 |
| 1.1 构象简介 | 第11-13页 |
| 1.2 肽的简介 | 第13-16页 |
| 2 计算方法和理论模型 | 第16-26页 |
| 2.1 分子力学(MM)理论方法 | 第16-17页 |
| 2.2 原子-键电负性均衡理论方法(ABEEMσπ方法) | 第17-18页 |
| 2.3 ABEEMσπ/MM方法 | 第18-19页 |
| 2.4 拉氏图介绍 | 第19页 |
| 2.5 力场参数 | 第19-26页 |
| 2.5.1 参数的添加及调节 | 第19-23页 |
| 2.5.2 参数可转移性的验证 | 第23-26页 |
| 3 应用不同方法搜寻有机小分子稳定构象 | 第26-46页 |
| 3.1 从头算方法的结果 | 第26-34页 |
| 3.1.1 搜寻十七个有机小分子稳定构象 | 第26-31页 |
| 3.1.2 十七个有机小分子不同构象结构优化 | 第31-34页 |
| 3.2 ABEEMσπ/MM、OPLS/AA、AMBER99sb、AMOEBA力场方法的结果 | 第34-45页 |
| 3.2.1 己烷 | 第34-37页 |
| 3.2.1.1 构象能 | 第34-36页 |
| 3.2.1.2 稳定构象 | 第36-37页 |
| 3.2.2 己二酰二胺 | 第37-38页 |
| 3.2.3 电中性与负电性羧酸 | 第38-40页 |
| 3.2.4 醚 | 第40-41页 |
| 3.2.5 胺 | 第41-44页 |
| 3.2.6 戊醇、己醛 | 第44-45页 |
| 3.3 小结 | 第45-46页 |
| 4 应用不同方法搜寻苏氨酸二肽稳定构象 | 第46-68页 |
| 4.1 ABEEMσπ/MM模型中苏氨酸二肽分子二面角参数确定 | 第46-47页 |
| 4.2 从头算方法 | 第47-51页 |
| 4.2.1 高斯扫描苏氨酸二肽寻找稳定构象 | 第47-48页 |
| 4.2.2 优化苏氨酸二肽稳定构象 | 第48-51页 |
| 4.3 分子力场下搜寻苏氨酸二肽稳定构象 | 第51-66页 |
| 4.3.1 应用ABEEMσπ/MM方法寻找二肽稳定构象 | 第51-54页 |
| 4.3.2 应用OPLS/AA方法寻找二肽稳定构象 | 第54-57页 |
| 4.3.3 应用AMBER99sb方法寻找二肽稳定构象 | 第57-60页 |
| 4.3.4 应用CHARMM27方法寻找二肽稳定构象 | 第60-63页 |
| 4.3.5 应用AMOEBA方法寻找二肽稳定构象 | 第63-66页 |
| 4.4 小结 | 第66-68页 |
| 结论 | 第68-70页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
