青篱柴转录组高通量测序分析及SSR分子标记的开发
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-17页 |
| 1.1 青篱柴及其研究进展 | 第10页 |
| 1.2 高通量转录组测序相关背景介绍 | 第10-13页 |
| 1.2.1 转录组定义 | 第10-11页 |
| 1.2.2 测序技术的发展 | 第11-12页 |
| 1.2.3 转录组测序 | 第12-13页 |
| 1.3 遗传标记研究进展 | 第13-15页 |
| 1.3.1 遗传标记 | 第13-14页 |
| 1.3.2 SSR标记研究进展 | 第14-15页 |
| 1.4 研究背景、目的及意义 | 第15-17页 |
| 1.4.1 研究背景 | 第15页 |
| 1.4.2 研究目的和意义 | 第15-17页 |
| 第二章 青篱柴转录组生物信息学分析 | 第17-45页 |
| 2.1 研究材料 | 第17页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第17页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第17页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第17页 |
| 2.2 研究方法 | 第17-19页 |
| 2.2.1 青篱柴总RNA提取 | 第17页 |
| 2.2.2 总RNA检测 | 第17-18页 |
| 2.2.3 测序文库构建 | 第18页 |
| 2.2.4 转录组测序 | 第18页 |
| 2.2.5 转录组数据的组装 | 第18页 |
| 2.2.6 转录组数据的分析 | 第18-19页 |
| 2.3 结果与分析 | 第19-42页 |
| 2.3.1 RNA提取及质量检测 | 第19-20页 |
| 2.3.2 转录组测序与组装 | 第20-21页 |
| 2.3.3 转录组序列的功能注释 | 第21-22页 |
| 2.3.4 KOG分类 | 第22-23页 |
| 2.3.5 GO分类 | 第23-26页 |
| 2.3.6 KEGG代谢通路分析 | 第26-33页 |
| 2.3.7 编码蛋白框(CDS)预测 | 第33-36页 |
| 2.3.8 基因转录因子分析 | 第36-38页 |
| 2.3.9 基因表达水平分析 | 第38页 |
| 2.3.10 SSR分析 | 第38-42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-45页 |
| 第三章 青篱柴SSR分子标记的开发 | 第45-59页 |
| 3.1 研究材料 | 第45-46页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第45页 |
| 3.1.2 实验试剂 | 第45-46页 |
| 3.1.3 实验仪器 | 第46页 |
| 3.2 研究方法 | 第46-52页 |
| 3.2.1 青篱柴DNA提取 | 第46页 |
| 3.2.2 DNA质量的检测 | 第46页 |
| 3.2.3 青篱柴SSR引物合成 | 第46-50页 |
| 3.2.4 SSR引物筛选与PCR扩增反应 | 第50页 |
| 3.2.5 PCR产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 | 第50-52页 |
| 3.2.6 数据记录和统计分析 | 第52页 |
| 3.3 结果与分析 | 第52-58页 |
| 3.3.1 DNA提取结果 | 第52-53页 |
| 3.3.2 青篱柴SSR产物有效性检测 | 第53-56页 |
| 3.3.3 SSR多态性分析 | 第56-58页 |
| 3.4 讨论 | 第58-59页 |
| 第四章 全文结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 攻读硕士研究生期间发表论文 | 第70-71页 |
