全基因组关联分析筛选玉米籽粒黄曲霉菌抗性基因
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 1 文献综述 | 第12-27页 |
| 1.1 黄曲霉菌概述 | 第12-16页 |
| 1.1.1 黄曲霉菌的生物学特性 | 第12-13页 |
| 1.1.2 黄曲霉菌毒素的种类及其理化特性 | 第13-15页 |
| 1.1.3 黄曲霉菌毒素的危害 | 第15-16页 |
| 1.1.4 黄曲霉菌污染对玉米生产的危害 | 第16页 |
| 1.2 玉米黄曲霉菌抗性遗传的研究 | 第16-18页 |
| 1.2.1 玉米黄曲霉菌抗性鉴定 | 第16-17页 |
| 1.2.2 玉米黄曲霉菌抗性遗传的研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3 SNP标记发展及应用 | 第18-21页 |
| 1.3.1 SNP标记特征 | 第18-20页 |
| 1.3.2 SNP标记构建高密度遗传图谱 | 第20-21页 |
| 1.3.3 高通量SNP分型平台 | 第21页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第21-27页 |
| 1.4.1 关联分析的定义和优点 | 第21-22页 |
| 1.4.2 关联分析的基础 | 第22页 |
| 1.4.3 关联分析群体 | 第22-25页 |
| 1.4.3.1 基于自然群体 | 第22-23页 |
| 1.4.3.2 基于多亲本高世代群体 | 第23-25页 |
| 1.4.4 群体结构及亲缘关系评估 | 第25-27页 |
| 1.4.5 关联分析策略 | 第27页 |
| 1.4.5.1 关联分析和连锁分析联合作图 | 第27页 |
| 1.4.5.2 关联分析和转录组测序联合作图 | 第27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-31页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.2 田间实验设计 | 第28页 |
| 2.3 表型测定 | 第28-29页 |
| 2.3.1 黄曲霉菌种的恢复和培养 | 第28页 |
| 2.3.2 黄曲霉菌孢子悬浮液的制备 | 第28页 |
| 2.3.3 黄曲霉菌接种玉米籽粒 | 第28页 |
| 2.3.4 抗性鉴定 | 第28-29页 |
| 2.4 表型分析 | 第29页 |
| 2.4.1 描述性统计分析 | 第29页 |
| 2.4.2 联合方差分析 | 第29页 |
| 2.5 DNA提取和SNP芯片基因分型 | 第29-30页 |
| 2.6 连锁不平衡分析 | 第30页 |
| 2.7 群体结构分析 | 第30页 |
| 2.8 亲缘关系分析 | 第30页 |
| 2.9 全基因组关联分析 | 第30-31页 |
| 2.10 候选基因注释 | 第31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-50页 |
| 3.1 表型测定结果 | 第31-38页 |
| 3.2 表型分析结果 | 第38-40页 |
| 3.2.1 描述性统计分析 | 第38-39页 |
| 3.2.2 联合方差分析 | 第39-40页 |
| 3.3 连锁不平衡分析 | 第40-41页 |
| 3.4 群体结构分析 | 第41-42页 |
| 3.5 亲缘关系分析 | 第42页 |
| 3.6 全基因组关联分析 | 第42-49页 |
| 3.7 候选基因注释 | 第49-50页 |
| 4 讨论 | 第50-52页 |
| 4.1 玉米黄曲霉菌抗性鉴定方法的比较 | 第50页 |
| 4.2 影响结果的主要因素 | 第50-51页 |
| 4.3 玉米籽粒黄曲霉菌抗性候选基因功能 | 第51-52页 |
| 5 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 附录 | 第62-66页 |
