| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 1 绪论 | 第11-19页 |
| 1.1 引言 | 第11页 |
| 1.2 蛋白质结构与功能的关系 | 第11-12页 |
| 1.3 蛋白质-蛋白质的相互作用 | 第12-13页 |
| 1.4 研究蛋白质体系的常用方法 | 第13-14页 |
| 1.4.1 实验测定方法 | 第13页 |
| 1.4.2 分子动力学模拟 | 第13页 |
| 1.4.3 定点突变方法 | 第13-14页 |
| 1.4.4 加速蛋白质解折叠的理论方法 | 第14页 |
| 1.5 本文的研究工作 | 第14-16页 |
| 1.5.1 单点丙氨酸突变方法研究突变效应对 IGF-I 与 IGFBPs 之间的相互作用的影响 | 第14-15页 |
| 1.5.2 单点和多点突变扫描研究 IGFBP4 与 IGF-I 之间相互作用机理 | 第15页 |
| 1.5.3 温度诱导动物朊蛋白解折叠的分子动力学研究 | 第15-16页 |
| 参考文献 | 第16-19页 |
| 2 分子动力学模拟计算方法 | 第19-29页 |
| 2.1 引言 | 第19页 |
| 2.2 分子动力学基础 | 第19-23页 |
| 2.2.1 基本原理 | 第19-20页 |
| 2.2.2 运动方程求解 | 第20-21页 |
| 2.2.3 周期性边界条件 | 第21页 |
| 2.2.4 各种系综的分子动力计算方法 | 第21-22页 |
| 2.2.5 分子动力学模拟的基本流程 | 第22-23页 |
| 2.3 SMD 模拟方法 | 第23-26页 |
| 2.3.1 SMD 模拟简介 | 第23-24页 |
| 2.3.2 SMD 模拟原理 | 第24-26页 |
| 参考文献 | 第26-29页 |
| 3 单点丙氨酸突变方法研究突变效应对 IGF-I 与 IGFBPs 之间的相互作用影响 | 第29-47页 |
| 3.1 引言 | 第29-30页 |
| 3.2 模型和方法 | 第30-32页 |
| 3.2.1 体系的构建 | 第30-31页 |
| 3.2.2 MD 模拟 | 第31页 |
| 3.2.3 SMD 模拟 | 第31页 |
| 3.2.4 分析方法 | 第31-32页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第32-42页 |
| 3.3.1 平衡态的获取 | 第32-33页 |
| 3.3.2 相互作用能分析 | 第33页 |
| 3.3.3 动态和静态结构的比较 | 第33-35页 |
| 3.3.4 突变位点的选择 | 第35页 |
| 3.3.5 突变体系的平衡模拟 | 第35-37页 |
| 3.3.6 突变体系的结合位点分析 | 第37-39页 |
| 3.3.7 定点突变对构象和构型的影响 | 第39-40页 |
| 3.3.8 IGF-I 突变体系的描述 | 第40-41页 |
| 3.3.9 相互作用网络 | 第41-42页 |
| 3.4 结论 | 第42-44页 |
| 参考文献 | 第44-47页 |
| 4 单点和多点突变扫描研究 IGFBP4 与 IGF-I 之间相互作用机理 | 第47-61页 |
| 4.1 引言 | 第47-48页 |
| 4.2 模型和方法 | 第48-50页 |
| 4.2.1 体系的构建 | 第48页 |
| 4.2.2 突变体系的准备 | 第48-49页 |
| 4.2.3 MD 模拟 | 第49页 |
| 4.2.4 SMD 模拟 | 第49-50页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第50-57页 |
| 4.3.1 未突变体系平衡态 | 第50页 |
| 4.3.2 SMD 模拟及突变位点的筛选 | 第50-53页 |
| 4.3.3 单点突变体系的脱附动力学 | 第53-54页 |
| 4.3.4 多点连续突变体系的脱附动力学 | 第54-56页 |
| 4.3.5 突变效应图 | 第56-57页 |
| 4.4 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-61页 |
| 5 温度诱导动物朊蛋白解折叠的分子动力学研究 | 第61-78页 |
| 5.1 引言 | 第61-62页 |
| 5.2 模型和方法 | 第62-63页 |
| 5.2.1 体系的构建 | 第62-63页 |
| 5.2.2 模拟准备 | 第63页 |
| 5.2.3 初始温度 | 第63页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第63-73页 |
| 5.3.1 不同温度下结构的稳定性 | 第63-64页 |
| 5.3.2 不同温度下结构的柔性 | 第64-65页 |
| 5.3.3 二级结构的演变 | 第65-70页 |
| 5.3.4 表面积 | 第70-71页 |
| 5.3.5 残基-残基接触 | 第71-72页 |
| 5.3.6 523 K 时蛋白质解折叠的对比 | 第72-73页 |
| 5.4 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
