| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 肝再生的研究进展 | 第12-19页 |
| 1.1.1 肝再生 | 第12-13页 |
| 1.1.2 肝再生模型 | 第13-14页 |
| 1.1.3 肝再生过程的调控 | 第14-17页 |
| 1.1.4 肝再生的基因组学研究进展 | 第17-18页 |
| 1.1.5 肝再生的蛋白质组学研究进展 | 第18-19页 |
| 1.2 肝再生的网络系统生物学研究进展 | 第19-24页 |
| 1.2.1 生物网络和系统生物学 | 第19-20页 |
| 1.2.2 生物网络的基本特征 | 第20-23页 |
| 1.2.3 肝再生的生物网络分析研究进展 | 第23-24页 |
| 1.3 本文的研究目的、意义和内容安排 | 第24-28页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第24页 |
| 1.3.2 研究意义 | 第24-25页 |
| 1.3.3 内容安排 | 第25-28页 |
| 第二章 大鼠再生肝细胞基因表达谱及功能注释 | 第28-44页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-31页 |
| 2.1.1 材料 | 第28页 |
| 2.1.2 大鼠 2/3 肝切除模型 | 第28页 |
| 2.1.3 肝细胞分离 | 第28-29页 |
| 2.1.4 Rat Genomic 2302.0 芯片检测 | 第29-31页 |
| 2.2 芯片检测数据预处理 | 第31-35页 |
| 2.2.1 芯片检测数据分析 | 第31-32页 |
| 2.2.2 芯片数据可靠性验证 | 第32-33页 |
| 2.2.3 差异表达基因的识别 | 第33-35页 |
| 2.3 再生肝的肝细胞中有意义表达基因的功能注释 | 第35-42页 |
| 2.3.1 基因本体数据库 | 第35页 |
| 2.3.2 Pathway Studio | 第35-36页 |
| 2.3.3 差异表达基因功能注释 | 第36-42页 |
| 2.4 本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 大鼠再生肝细胞基因表达谱聚类算法 | 第44-58页 |
| 3.1 引言 | 第44-45页 |
| 3.2 常用聚类方法 | 第45-47页 |
| 3.2.1 K-means | 第45-46页 |
| 3.2.2 K-centres | 第46-47页 |
| 3.2.3 近邻传播算法 | 第47页 |
| 3.3 大鼠再生肝细胞基因表达谱的形式化表示 | 第47页 |
| 3.4 时间序列基因表达谱相似性度量方法 | 第47-50页 |
| 3.5 基于AP算法的时间序列基因表达谱聚类 | 第50-52页 |
| 3.6 实验结果分析 | 第52-57页 |
| 3.6.1 实验数据及参数设置 | 第52-53页 |
| 3.6.2 聚类结果分析 | 第53-57页 |
| 3.7 本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 大鼠再生肝细胞基因表达谱的基因共表达网络分析 | 第58-82页 |
| 4.1 引言 | 第58-59页 |
| 4.2 基因相关性网络分析的一般框架 | 第59-60页 |
| 4.3 基因相关性网络的构建 | 第60-65页 |
| 4.3.1 基因表达谱相似性度量 | 第60-61页 |
| 4.3.2 邻接函数定义 | 第61页 |
| 4.3.3 邻接函数参数的确定 | 第61-64页 |
| 4.3.4 节点间的拓扑重叠 | 第64-65页 |
| 4.4 肝再生相关基因模块识别 | 第65-70页 |
| 4.4.1 基因模块的识别 | 第66-68页 |
| 4.4.2 肝再生关键基因模块识别 | 第68-70页 |
| 4.5 肝再生关键基因的识别 | 第70-74页 |
| 4.5.1 基因显著性与模块成员定义 | 第70-71页 |
| 4.5.2 Hub基因识别 | 第71-74页 |
| 4.6 肝再生关键基因模块富集分析 | 第74-79页 |
| 4.7 肝再生各阶段网络模块的动态变化分析 | 第79-80页 |
| 4.8 本章小结 | 第80-82页 |
| 第五章 大鼠再生肝细胞蛋白质互作网络分析 | 第82-98页 |
| 5.1 引言 | 第82-83页 |
| 5.2 数据与方法 | 第83-84页 |
| 5.2.1 蛋白质互作关系数据库 | 第83页 |
| 5.2.2 蛋白质互作网络分析方法 | 第83-84页 |
| 5.3 再生肝细胞蛋白质相互作用网络构建 | 第84-86页 |
| 5.4 关键蛋白分析 | 第86-92页 |
| 5.4.1 度 | 第87页 |
| 5.4.2 介数中心性 | 第87-88页 |
| 5.4.3 最短路径长度 | 第88页 |
| 5.4.4 打分函数 | 第88-92页 |
| 5.5 关键蛋白的经典生物学通路分析 | 第92-94页 |
| 5.6 新蛋白在肝再生过程中的互作关系预测 | 第94-96页 |
| 5.7 本章小结 | 第96-98页 |
| 总结与展望 | 第98-100页 |
| 一、本文工作总结 | 第98页 |
| 二、下一步工作展望 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-112页 |
| 致谢 | 第112-114页 |
| 攻读博士学位期间参加的科研项目和发表的论文 | 第114-117页 |