| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第11-22页 |
| 1.1 红树林区概况 | 第11页 |
| 1.2 红树林共附生微生物研究概况 | 第11-13页 |
| 1.2.1 红树林区药用活性微生物分类 | 第12页 |
| 1.2.2 红树林共附生微生物抑菌活性研究现状 | 第12-13页 |
| 1.3 团水虱概述 | 第13-15页 |
| 1.3.1 团水虱研究现状 | 第13-15页 |
| 1.3.2 红树林区团水虱肠道微生物研究价值 | 第15页 |
| 1.4 微生物多样性研究方法进展 | 第15-17页 |
| 1.4.1 培养法 | 第16页 |
| 1.4.2 免培养法 | 第16-17页 |
| 1.5 微生物多样性的生物信息学分析 | 第17-20页 |
| 1.5.1 几种生物信息学工具 | 第18-19页 |
| 1.5.2 微生物多样性的生物信息学分析流程 | 第19-20页 |
| 1.6 本论文研究的内容及意义 | 第20-22页 |
| 1.6.1 研究内容 | 第20页 |
| 1.6.2 研究意义 | 第20-21页 |
| 1.6.3 研究路线 | 第21-22页 |
| 第二章 团水虱肠道微生物多样性分析 | 第22-44页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1. 样品采集 | 第22页 |
| 2.1.2 仪器与试剂 | 第22-23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 肠道微生物总DNA的提取 | 第23页 |
| 2.2.2 总DNA的PCR扩增 | 第23-24页 |
| 2.2.3 PCR产物的质量检测及送检 | 第24页 |
| 2.2.4 Tags合成 | 第24-25页 |
| 2.2.5 OTU聚类和组成分析 | 第25页 |
| 2.2.6 微生物多样性指数 | 第25-26页 |
| 2.2.7 菌群结构的差异分析 | 第26页 |
| 2.2.8 物种系统发育进化树 | 第26页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第26-42页 |
| 2.3.1 肠道微生物总DNA提取及质量检测 | 第26-27页 |
| 2.3.2 Miseq测序结果处理 | 第27-28页 |
| 2.3.3 OTU及序列分析 | 第28-29页 |
| 2.3.4 Alpha多样性统计 | 第29页 |
| 2.3.5 稀释性曲线 | 第29-32页 |
| 2.3.6 肠道微生物菌群组成 | 第32-36页 |
| 2.3.7 菌群差异性分析 | 第36-41页 |
| 2.3.8 物种系统进化分析 | 第41-42页 |
| 2.3.9 药用微生物种类 | 第42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-44页 |
| 第三章 团水虱体内可培养共附生微生物的抑菌活性筛选及分离鉴定 | 第44-61页 |
| 3.1 实验材料 | 第44-46页 |
| 3.1.1 样品采集 | 第44页 |
| 3.1.2 实验仪器 | 第44-45页 |
| 3.1.3 试剂与培养基 | 第45-46页 |
| 3.1.4 抗菌活性指示菌株 | 第46页 |
| 3.2 实验方法 | 第46-48页 |
| 3.2.1 肠道菌群富集培养 | 第46页 |
| 3.2.2 菌株的初筛 | 第46页 |
| 3.2.3 菌株的复筛 | 第46-47页 |
| 3.2.4 抗菌供试液的制备 | 第47页 |
| 3.2.5 抗菌活性测定 | 第47页 |
| 3.2.6 生理生化测定 | 第47-48页 |
| 3.2.7 菌株形态学鉴定 | 第48页 |
| 3.2.8 分子生物学鉴定 | 第48页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第48-59页 |
| 3.3.1 抗菌活性菌株的初筛 | 第48-49页 |
| 3.3.2 抗菌活性菌株的复筛 | 第49-51页 |
| 3.3.3 抑菌圈直径记录 | 第51-52页 |
| 3.3.4 抑菌活性测定的标准曲线 | 第52-54页 |
| 3.3.5 抑菌活性结果 | 第54-56页 |
| 3.3.6 生理生化测定 | 第56-57页 |
| 3.3.7 菌株形态学鉴定结果 | 第57页 |
| 3.3.8 菌株的分子生物学鉴定 | 第57-59页 |
| 3.4 讨论 | 第59-61页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 攻读硕士学位期间发表及参与发表的学术论文、专利 | 第69页 |