| 摘要 | 第7-8页 |
| ABSTRACT | 第8页 |
| 1 绪论 | 第11-18页 |
| 1.1 论文选题的理由与意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状及趋势 | 第12-14页 |
| 1.3 本文主要研究内容 | 第14-18页 |
| 2 分子动力学模拟与构建马尔科夫状态模型的方法 | 第18-35页 |
| 2.1 分子动力学模拟 | 第18-26页 |
| 2.1.1 PPi基团的力场参数的生成 | 第20-22页 |
| 2.1.2 分子动力学模拟生成平衡的初始结构 | 第22-23页 |
| 2.1.3 使用引导分子动力学模拟(SMD)生成初始的PPi释放路径 | 第23-25页 |
| 2.1.4 在扩展空间的分子动力学模拟用于构建马尔可夫状态模型(MSM) | 第25-26页 |
| 2.1.5 微秒时间长度的分子动力学模拟 | 第26页 |
| 2.2 PPi释放的马尔可夫状态模型(MSM)构建 | 第26-35页 |
| 2.2.1 将MD构象聚类到不同数量的微观状态 | 第28-30页 |
| 2.2.2 通过将微观态归类到宏观状态得到可视化关键中间体 | 第30页 |
| 2.2.3 计算平均首次通过时间(MFPT) | 第30-33页 |
| 2.2.4 使用轨迹映射(TM)方法识别慢变模态和隐含的时间尺度 | 第33-35页 |
| 3 产物释放研究的数据分析结果 | 第35-52页 |
| 3.1 马尔科夫态模型提供从活性位点跳跃而出的ppi释放的物理机制 | 第36-42页 |
| 3.1.1 选取相应坐标采样追踪PPi的位置 | 第36-41页 |
| 3.1.2 构建MSM提供从活性位点跳出的PPi释放的物理机制 | 第41-42页 |
| 3.2 微秒模拟表明PPi释放的重要慢反应 | 第42-52页 |
| 3.2.1 Ohelix的打开不与PPi释放耦合 | 第43-46页 |
| 3.2.2 几个关键中性残基与PPi-MgB基团的相互作用 | 第46-50页 |
| 3.2.3 残基Lys472侧链摆动帮助PPi释放 | 第50-52页 |
| 4 产物释放机制的讨论与总结 | 第52-58页 |
| 4.1 讨论 | 第52-57页 |
| 4.2 结论 | 第57-58页 |
| 5 研究T7 RNA聚合酶的易位并理解不能发生后退的原因 | 第58-69页 |
| 5.1 利用MD和MSM方法研究T7 RNA聚合酶的易位机制 | 第58-61页 |
| 5.1.1 易位机制研究的方法流程 | 第58-60页 |
| 5.1.2 易位过程的物理机制的初步结果简介 | 第60-61页 |
| 5.2 理解T7 RNA聚合酶不能后退(back-tracking)的原因 | 第61-68页 |
| 5.2.1 生成初始的frayed state结构 | 第62-63页 |
| 5.2.2 进行包含不同突变的Frayed state结构的一系列分子动力学模拟 | 第63-68页 |
| 5.3 本章小结 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-76页 |
| 攻读硕士学位期间科研项目及科研成果 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
