应用DNA复合条形码技术研究蝗虫肠道微生物多样性
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第10-24页 |
| 1.1 蝗虫简介 | 第10页 |
| 1.2 昆虫肠道微生物 | 第10-13页 |
| 1.2.1 昆虫肠道微生物的概况 | 第10-11页 |
| 1.2.2 昆虫肠道微生物的功能 | 第11页 |
| 1.2.3 昆虫肠道微生物的研究 | 第11-13页 |
| 1.3 复合条形码技术 | 第13-22页 |
| 1.3.1 复合条形码技术简介 | 第13-14页 |
| 1.3.2 复合条形码的原理以及条形码选择 | 第14-16页 |
| 1.3.3 复合条形码的引物选择以及应用软件 | 第16-18页 |
| 1.3.4 DNA复合条形码的应用 | 第18-22页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第22-24页 |
| 第2章 实验方法 | 第24-38页 |
| 2.1 样本的采集 | 第24页 |
| 2.2 提取总DNA | 第24-25页 |
| 2.3 PCR扩增 | 第25-27页 |
| 2.4 数据处理 | 第27-34页 |
| 2.4.1 原始数据 | 第27-28页 |
| 2.4.2 软件以及数据库 | 第28页 |
| 2.4.3 数据的质量控制 | 第28-29页 |
| 2.4.4 双末端序列的拼接 | 第29页 |
| 2.4.5 调整序列方向 | 第29-30页 |
| 2.4.6 将fastq格式转换为fasta格式 | 第30页 |
| 2.4.7 区分样本序列 | 第30-32页 |
| 2.4.8 OTU的聚类 | 第32页 |
| 2.4.9 代表序列的选取以及注释 | 第32-33页 |
| 2.4.10 生成OTU列表 | 第33-34页 |
| 2.5 生态学分析 | 第34-38页 |
| 2.5.1 生成稀释曲线 | 第34页 |
| 2.5.2 群落组成分析 | 第34页 |
| 2.5.3 构建系统发育树 | 第34-35页 |
| 2.5.4 α多样性分析 | 第35页 |
| 2.5.5 β多样性分析 | 第35-36页 |
| 2.5.6 NMDS分析 | 第36页 |
| 2.5.7 PCA分析 | 第36页 |
| 2.5.8 Venn图分析 | 第36页 |
| 2.5.9 样本聚类分析 | 第36-37页 |
| 2.5.10 基因预测分析 | 第37页 |
| 2.5.11 ANOVA方差分析和单因素方差分析 | 第37-38页 |
| 第3章 实验结果 | 第38-54页 |
| 3.1 总DNA质量检测 | 第38页 |
| 3.2 16S rRNA基因分析 | 第38-45页 |
| 3.2.1 PCR扩增 | 第38-39页 |
| 3.2.2 序列分析 | 第39-40页 |
| 3.2.3 稀释曲线 | 第40页 |
| 3.2.4 Venn图分析 | 第40-41页 |
| 3.2.5 群落组成分析 | 第41页 |
| 3.2.6 多样性分析 | 第41-42页 |
| 3.2.7 NMDS分析 | 第42-43页 |
| 3.2.8 PCA分析 | 第43页 |
| 3.2.9 聚类分析 | 第43-44页 |
| 3.2.10 基因预测 | 第44-45页 |
| 3.3 ITS分析结果 | 第45-54页 |
| 3.3.1 PCR扩增 | 第45页 |
| 3.3.2 序列分析 | 第45-46页 |
| 3.3.3 稀释曲线 | 第46-47页 |
| 3.3.4 Venn图分析 | 第47页 |
| 3.3.5 群落组成分析 | 第47-48页 |
| 3.3.6 a多样性分析 | 第48-49页 |
| 3.3.7 NMDS分析 | 第49-50页 |
| 3.3.8 PCA分析 | 第50页 |
| 3.3.9 聚类分析 | 第50-51页 |
| 3.3.10 ANOVA分析 | 第51-52页 |
| 3.3.11 单变量方差分析 | 第52-54页 |
| 第4章 讨论 | 第54-62页 |
| 4.1 蝗虫肠道微生物菌群分析 | 第54-55页 |
| 4.2 食性因素与蝗虫肠道微生物多样性 | 第55-56页 |
| 4.3 定量问题 | 第56-58页 |
| 4.4 数据库问题 | 第58-59页 |
| 4.5 阈值问题 | 第59页 |
| 4.6 实验流程中的偏差问题 | 第59-62页 |
| 参考文献 | 第62-70页 |
| 附录 | 第70-88页 |
| 致谢 | 第88-90页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第90页 |
