| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第11-12页 |
| 缩略语对照表 | 第12-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-21页 |
| 1.1 选题背景 | 第15-16页 |
| 1.2 研究现状 | 第16-18页 |
| 1.2.1 序列比对方法 | 第16-17页 |
| 1.2.2 最小自由能模型 | 第17-18页 |
| 1.3 论文结构 | 第18-21页 |
| 第二章 RNA二级结构预测相关基础知识 | 第21-37页 |
| 2.1 RNA组成 | 第21-23页 |
| 2.2 RNA功能 | 第23-24页 |
| 2.3 RNA二级结构 | 第24页 |
| 2.4 RNA二级结构的相关定义 | 第24-26页 |
| 2.5 RNA二级结构的表示方法 | 第26-28页 |
| 2.6 RNA二级结构自由能的计算 | 第28-37页 |
| 2.6.1 茎区自由能的计算 | 第29-31页 |
| 2.6.2 内环、凸环和发夹环自由能的计算 | 第31-32页 |
| 2.6.3 多分支环自由能的计算 | 第32页 |
| 2.6.4 RNA二级结构的茎区树表示 | 第32-37页 |
| 第三章 基于遗传算法的RNA二级结构预测 | 第37-51页 |
| 3.1 RNA二级结构的二进制表示 | 第38-43页 |
| 3.2 种群的初始化 | 第43-44页 |
| 3.3 选择操作 | 第44-45页 |
| 3.4 交叉操作 | 第45-47页 |
| 3.5 变异操作 | 第47页 |
| 3.6 精英模式 | 第47-48页 |
| 3.7 停止准则 | 第48-49页 |
| 3.8 遗传算法预测RNA二级结构的计算步骤 | 第49-51页 |
| 第四章 基于量子遗传算法的RNA二级结构预测 | 第51-63页 |
| 4.1 量子遗传算法相关基础知识 | 第51-55页 |
| 4.1.1 量子计算 | 第51页 |
| 4.1.2 量子比特 | 第51-53页 |
| 4.1.3 量子门 | 第53-55页 |
| 4.2 基于量子遗传算法的RNA二级结构预测实现原理 | 第55-58页 |
| 4.2.1 初始化种群 | 第56-57页 |
| 4.2.2 种群更新 | 第57-58页 |
| 4.2.3 量子遗传算法计算RNA二级结构的步骤 | 第58页 |
| 4.3 增强型量子遗传算 | 第58-63页 |
| 4.3.1 添加交叉算子 | 第59-60页 |
| 4.3.2 添加变异算子 | 第60页 |
| 4.3.3 旋转角的优化 | 第60-61页 |
| 4.3.4 增强型量子遗传算法计算RNA二级结构步骤 | 第61-63页 |
| 第五章 实验数据及结果分析 | 第63-77页 |
| 5.1 实验仿真平台 | 第63-65页 |
| 5.2 检验标准 | 第65页 |
| 5.3 实验数据 | 第65-75页 |
| 5.4 实验结果讨论 | 第75-77页 |
| 第六章 结论与展望 | 第77-81页 |
| 6.1 结论 | 第77页 |
| 6.2 展望 | 第77-81页 |
| 6.2.1 包含非典型配对的RNA二级结构预测 | 第78页 |
| 6.2.2 包含非标准碱基的RNA二级结构预测 | 第78页 |
| 6.2.3 包含假结的RNA二级结构预测 | 第78-81页 |
| 参考文献 | 第81-85页 |
| 致谢 | 第85-87页 |
| 作者简介 | 第87-88页 |