基于蛋白质结构域预测磷酸化关系算法的研究与实现
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号对照表 | 第11-12页 |
| 缩略语对照表 | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-25页 |
| 1.1 生物背景知识 | 第15-17页 |
| 1.1.1 蛋白质翻译后修饰 | 第15-16页 |
| 1.1.2 蛋白质磷酸化过程及意义 | 第16-17页 |
| 1.2 研究现状 | 第17-22页 |
| 1.2.1 实验方法检测磷酸化蛋白 | 第18-19页 |
| 1.2.2 计算方法预测磷酸化关系 | 第19-22页 |
| 1.3 研究内容与组织安排 | 第22-25页 |
| 第二章 数据收集以及处理分析 | 第25-33页 |
| 2.1 磷酸化关系数据 | 第25-27页 |
| 2.2 其它辅助信息数据 | 第27-29页 |
| 2.2.1 蛋白质结构域数据 | 第27-28页 |
| 2.2.2 蛋白质相互作用数据 | 第28页 |
| 2.2.3 蛋白质表达数据 | 第28-29页 |
| 2.3 信号传导通路数据 | 第29-30页 |
| 2.4 激酶家族性数据分析 | 第30-33页 |
| 第三章 算法实现过程 | 第33-37页 |
| 3.1 概述 | 第33-34页 |
| 3.2 算法实现 | 第34-36页 |
| 3.2.1 识别激酶特异的蛋白质结构域 | 第34-35页 |
| 3.2.2 基于蛋白质结构域特征识别候选底物蛋白 | 第35页 |
| 3.2.3 基于限制因子的二次过滤 | 第35-36页 |
| 3.3 基于先验信息确定参数值 | 第36-37页 |
| 第四章 算法性能评估 | 第37-45页 |
| 4.1 性能评估方法 | 第37-38页 |
| 4.2 正负样本数据集的构建 | 第38-39页 |
| 4.2.1 正样本集合构建 | 第38页 |
| 4.2.2 负样本集合构建 | 第38-39页 |
| 4.2.3 类别不平衡问题 | 第39页 |
| 4.3 与其它方法的比较 | 第39-42页 |
| 4.3.1 与基于序列的方法比较 | 第40-41页 |
| 4.3.2 与基于结构域的方法比较 | 第41-42页 |
| 4.4 分析生物信号通路中的磷酸化关系 | 第42-45页 |
| 第五章 算法性能分析 | 第45-53页 |
| 5.1 模型构造模式分析 | 第46-47页 |
| 5.1.1 激酶和结构域之间的相互作用模式 | 第46页 |
| 5.1.2 限制因子对算法性能的影响 | 第46-47页 |
| 5.2 磷酸化关系的多样性分析 | 第47-49页 |
| 5.2.1 激酶已知底物个数特征分析 | 第47-48页 |
| 5.2.2 底物对应磷酸化蛋白个数特征分析 | 第48-49页 |
| 5.3 模型参数分析 | 第49-53页 |
| 5.3.1 参数相关的统计 | 第49-51页 |
| 5.3.2 参数鲁棒性分析 | 第51-53页 |
| 第六章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-65页 |
| 致谢 | 第65-67页 |
| 作者简介 | 第67-68页 |
