| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略词 | 第15-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-26页 |
| 1.1 三七黑斑病研究现状 | 第16-17页 |
| 1.2 植物microRNA研究概况 | 第17-23页 |
| 1.2.1 植物microRNA的产生和作用机制 | 第17-18页 |
| 1.2.2 植物microRNA的生物学功能 | 第18-20页 |
| 1.2.3 植物microRNA的测序和生物信息分析方法概况 | 第20-23页 |
| 1.2.3.1 植物microRNA的建库测序方法 | 第21页 |
| 1.2.3.2 植物microRNA的生物信息分析方法概况 | 第21-22页 |
| 1.2.3.3 植物microRNA靶基因研究方法 | 第22-23页 |
| 1.3 三七microRNA研究进展 | 第23页 |
| 1.4 研究背景、目的、意义 | 第23-24页 |
| 1.5 本研究内容及创新点 | 第24页 |
| 1.6 本研究技术路线 | 第24-26页 |
| 第二章 黑斑病诱导的三七microRNA鉴定 | 第26-52页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-37页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第26-29页 |
| 2.1.1.1 菌种培养方法 | 第26-27页 |
| 2.1.1.2 三七黑斑病叶片侵染方法 | 第27页 |
| 2.1.1.3 黑斑病诱导的三七叶片总RNA提取 | 第27-29页 |
| 2.1.2 microRNA的建库测序及分析流程 | 第29-37页 |
| 2.1.2.1 microRNA文库构建与测序 | 第29-31页 |
| 2.1.2.2 黑斑病诱导的三七microRNA测序数据的质量过滤 | 第31-33页 |
| 2.1.2.3 黑斑病诱导的三七microRNA长度分布鉴定方法 | 第33-34页 |
| 2.1.2.4 黑斑病诱导的三七保守microRNA的鉴定方法 | 第34-35页 |
| 2.1.2.5 黑斑病诱导的三七保守microRNA的表达量计算方法 | 第35-36页 |
| 2.1.2.6 黑斑病诱导的三七非保守microRNA的鉴定方法 | 第36-37页 |
| 2.2 结果与分析 | 第37-50页 |
| 2.2.1 三七黑斑病致病菌人工接种结果 | 第37-38页 |
| 2.2.2 黑斑病诱导的三七microRNA测序数据质量 | 第38-41页 |
| 2.2.3 黑斑病诱导的三七microRNA长度分布统计结果 | 第41-44页 |
| 2.2.4 黑斑病诱导的三七sRNA数据比对到不同数据库的结果 | 第44-45页 |
| 2.2.5 黑斑病诱导的三七microRNA预测结果 | 第45-50页 |
| 2.2.5.1 黑斑病诱导的三七保守microRNA预测结果 | 第45-47页 |
| 2.2.5.2 黑斑病诱导的三七非保守microRNA预测结果 | 第47-50页 |
| 2.3 讨论 | 第50-52页 |
| 第三章 黑斑病诱导的三七microRNA靶基因预测及其功能分析 | 第52-92页 |
| 3.1 材料与方法 | 第52-62页 |
| 3.1.1 降解组测序 | 第52-54页 |
| 3.1.1.1 降解组文库构建与测序 | 第53-54页 |
| 3.1.2 转录组测序简介 | 第54-56页 |
| 3.1.2.1 转录组测序的建库测序方法 | 第54-56页 |
| 3.1.3 基于降解组的microRNA靶基因预测分析流程 | 第56-62页 |
| 3.1.3.1 基于CleaveLand预测靶基因分析流程 | 第57-59页 |
| 3.1.3.2 基于Seqtar预测靶基因分析流程 | 第59-60页 |
| 3.1.3.3 无参和有参转录组合并 | 第60-61页 |
| 3.1.3.4 保守microRNA与靶基因表达量相关性分析方法 | 第61-62页 |
| 3.2 结果与分析 | 第62-87页 |
| 3.2.1 降解组测序数据质量 | 第62-63页 |
| 3.2.2 转录组测序数据质量 | 第63-64页 |
| 3.2.3 SeqTar保守microRNA靶基因预测结果 | 第64-66页 |
| 3.2.4 CleaveLand保守microRNA靶基因预测结果 | 第66-68页 |
| 3.2.5 预测结果比较 | 第68-69页 |
| 3.2.6 保守microRNA靶基因功能分析 | 第69-84页 |
| 3.2.6.1 保守microRNA及其靶基因时序分析 | 第69-71页 |
| 3.2.6.2 保守microRNA靶基因GO分析结果 | 第71-76页 |
| 3.2.6.3 保守microRNA靶基因KEGG分析结果 | 第76-84页 |
| 3.2.7 非保守microRNA靶基因预测结果 | 第84-86页 |
| 3.2.8 保守microRNA与靶基因表达量相关性分析结果 | 第86-87页 |
| 3.3 讨论 | 第87-92页 |
| 第四章 黑斑病诱导的三七microRNA实验验证 | 第92-100页 |
| 4.1 材料与方法 | 第92-96页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第92-93页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第93-96页 |
| 4.1.2.1 cDNA第一链的合成 | 第93-95页 |
| 4.1.2.2 实时荧光定量分析方法 | 第95-96页 |
| 4.2 结果与分析 | 第96-98页 |
| 4.2.1 保守microRNA与靶基因RT-qPCR分析结果 | 第96-98页 |
| 4.3 讨论 | 第98-100页 |
| 第五章 结论与展望 | 第100-102页 |
| 5.1 结论 | 第100-101页 |
| 5.2 展望 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-112页 |
| 附录 A 攻读学位期间发表论文目录 | 第112-114页 |
| 附录 | 第114-122页 |
