| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-17页 |
| 1.1 课题的来源 | 第8页 |
| 1.2 课题研究的目的和意义 | 第8-9页 |
| 1.3 国内外研究现状与分析 | 第9-14页 |
| 1.3.1 传统 DNA 双序列比对 | 第9-13页 |
| 1.3.2 系统进化树构建方法现状 | 第13-14页 |
| 1.4 当前研究的缺点和不足 | 第14-15页 |
| 1.5 论文主要内容 | 第15-17页 |
| 第2章 基于向量空间模型的 DNA 词序列比对 | 第17-27页 |
| 2.1 DNA 序列数据的获取与预处理 | 第17-20页 |
| 2.1.1 全基因组序列数据获取 | 第17-19页 |
| 2.1.2 全基因组序列分词 | 第19-20页 |
| 2.2 基于单词的 DNA 序列的向量空间模型比对算法设计 | 第20-24页 |
| 2.2.1 向量空间模型 | 第20-21页 |
| 2.2.2 特征选择 | 第21-23页 |
| 2.2.3 算法设计 | 第23-24页 |
| 2.3 比对结果评测 | 第24-26页 |
| 2.3.1 全基因组比对结果分析 | 第24-25页 |
| 2.3.2 算法复杂度分析 | 第25-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 基于模糊匹配的 DNA 词序列比对 | 第27-35页 |
| 3.1 基于上下文的单词相似度计算方法 | 第27-29页 |
| 3.2 DNA 词序列的模糊匹配算法 | 第29-33页 |
| 3.2.1 模糊比对算法设计 | 第30-32页 |
| 3.2.2 实验结果分析 | 第32-33页 |
| 3.2.3 算法复杂度分析 | 第33页 |
| 3.3 本章小结 | 第33-35页 |
| 第4章 基于偏序集的 DNA 词序列比对 | 第35-48页 |
| 4.1 基于偏序集的词序列比对 | 第35-42页 |
| 4.1.1 基于偏序集的词序列比对算法 | 第35-37页 |
| 4.1.2 对偏序集 DNA 词序列比对算法的改进 | 第37-38页 |
| 4.1.3 基于偏序集的词序列比对算法设计 | 第38-41页 |
| 4.1.4 实验结果分析 | 第41页 |
| 4.1.5 算法复杂度分析 | 第41-42页 |
| 4.2 多种序列比对算法的融合 | 第42-43页 |
| 4.3 多种序列比对与传统序列比对的比较分析 | 第43-47页 |
| 4.3.1 比对规模测试比较 | 第43-45页 |
| 4.3.2 比对精度测试比较 | 第45-47页 |
| 4.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 第5章 词序列比对算法在系统进化树构建中的应用 | 第48-54页 |
| 5.1 多序列的距离矩阵构建 | 第48-49页 |
| 5.2 系统进化树构建算法设计 | 第49-51页 |
| 5.3 结果分析 | 第51-53页 |
| 5.4 本章小结 | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 致谢 | 第60页 |