| 致谢 | 第5-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-16页 |
| 绪论 | 第16-36页 |
| 1 HIV病毒特征 | 第16-26页 |
| 1.1 HIV-1基因组 | 第16-17页 |
| 1.2 HIV分型 | 第17-22页 |
| 1.3 全球的HIV分子流行病学 | 第22-23页 |
| 1.4 HIV-1 CRF01_AE | 第23-25页 |
| 1.5 CRF07_BC | 第25-26页 |
| 2 MSM人群的HI分子流行病学 | 第26-28页 |
| 3 分子系统进化研究 | 第28-36页 |
| 3.1 分子系统进化树 | 第28-31页 |
| 3.2 分子钟基本概念 | 第31-32页 |
| 3.3 适应性进化 | 第32-33页 |
| 3.4 群体遗传 | 第33-36页 |
| 第二章 浙江省某医院HIV感染者的分子流行病学调查 | 第36-56页 |
| 1 引言 | 第36-37页 |
| 2 材料与方法 | 第37-44页 |
| 2.1 研究对象 | 第37页 |
| 2.2 主要实验试剂 | 第37-38页 |
| 2.3 主要仪器与设备 | 第38页 |
| 2.4 实验方法 | 第38-44页 |
| 3 实验结果 | 第44-55页 |
| 3.1 浙江省某医院HIV感染者的临床特点 | 第44-46页 |
| 3.2 HIV的基因分型 | 第46-48页 |
| 3.3 新型重组株 | 第48-55页 |
| 4 讨论 | 第55-56页 |
| 第三章 CRF01_AE亚型的系统地理学研究 | 第56-75页 |
| 1 前言 | 第56-58页 |
| 2 实验方法 | 第58-66页 |
| 2.1 序列数据 | 第58-64页 |
| 2.2 贝叶斯马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)进化分析 | 第64-65页 |
| 2.3 贝叶斯系统地理学重建 | 第65页 |
| 2.4 地理传播的可视化 | 第65-66页 |
| 2.5 相关的统计学分析 | 第66页 |
| 3 实验结果 | 第66-72页 |
| 3.1 HIV-1 CRF01_AE系统重建 | 第66-68页 |
| 3.2 HIV-1CRF01_ AE传播的时空规律 | 第68-71页 |
| 3.3 HIV-1 CRF01_AE地理扩散过程中的种群动态 | 第71-72页 |
| 4 讨论 | 第72-75页 |
| 第四章 通过男男性行为传播的中国HIV-1 CRF01_AE的差异性演变 | 第75-87页 |
| 1 前言 | 第75-76页 |
| 2 材料与方法 | 第76-78页 |
| 2.1 序列数据 | 第76-77页 |
| 2.2 系统进化树分析 | 第77页 |
| 2.3 进化速率 | 第77页 |
| 2.4 选择压力分析 | 第77-78页 |
| 3 结果 | 第78-84页 |
| 3.1 系统发育分析 | 第78-80页 |
| 3.2 进化分析 | 第80-81页 |
| 3.3 位点分析 | 第81-84页 |
| 4 讨论 | 第84-87页 |
| 第五章 通过男男同性性行为传播的中国HIV-1 CRF07_BC的异源性进化 | 第87-93页 |
| 1 前言 | 第87-88页 |
| 2 材料与方法 | 第88-89页 |
| 2.1 序列数据和系统进化树分析 | 第88页 |
| 2.2 种群分化 | 第88页 |
| 2.3 种群的多样性 | 第88页 |
| 2.4 选择压力分析 | 第88-89页 |
| 3 结果 | 第89-92页 |
| 3.1 系统发育分析 | 第89-90页 |
| 3.2 种群分化 | 第90-91页 |
| 3.3 遗传多样性 | 第91-92页 |
| 3.4 选择压力分析 | 第92页 |
| 4 讨论 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-103页 |
| 综述 | 第103-122页 |
| 参考文献 | 第115-122页 |
| 作者简历 | 第122-124页 |
