| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 前言 | 第14-21页 |
| 1 基于串联质谱的鸟枪法蛋白质组学 | 第14-15页 |
| 2 串联质谱数据鉴定与质控 | 第15-19页 |
| 2.1 串联质谱数据定性分析流程与策略 | 第15-16页 |
| 2.2 基于蛋白质序列的数据库搜索策略 | 第16页 |
| 2.3 数据库搜索结果的质量控制研究 | 第16-17页 |
| 2.4 翻译后修饰鉴定与质控 | 第17-19页 |
| 3 研究内容与创新点 | 第19-21页 |
| 3.1 研究内容 | 第19-20页 |
| 3.2 主要创新点 | 第20-21页 |
| 第一章 基于串联质谱数据的多种搜索引擎肽段鉴定结果的质量控制算法研究 | 第21-28页 |
| 1 概述 | 第21-22页 |
| 1.1 基于正伪库搜索的多特征整合质控策略 | 第21页 |
| 1.2 Pep Distiller质控算法存在的问题 | 第21-22页 |
| 1.3 研究内容 | 第22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-25页 |
| 2.1 数据集 | 第22-23页 |
| 2.2 数据库搜索 | 第23页 |
| 2.3 质控特征计算 | 第23-24页 |
| 2.4 多种搜索引擎整合策略 | 第24-25页 |
| 3 结果分析 | 第25-26页 |
| 3.1 特征计算评估 | 第25-26页 |
| 3.2 多搜索引擎整合提升结果灵敏度 | 第26页 |
| 4 小结与讨论 | 第26-28页 |
| 第二章 磷酸化修饰肽段及其位点的质量控制算法研究 | 第28-44页 |
| 1 概述 | 第28-31页 |
| 1.1 磷酸化修饰肽段的鉴定与质控 | 第28页 |
| 1.2 磷酸化修饰位点质量控制算法 | 第28-29页 |
| 1.3 磷酸化修饰质控算法存在的问题 | 第29-30页 |
| 1.4 研究内容 | 第30-31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-35页 |
| 2.1 数据集 | 第31-32页 |
| 2.2 数据库搜索 | 第32页 |
| 2.3 标准数据集评估修饰肽段与修饰位点鉴定的错误发现率 | 第32页 |
| 2.4 肽段水平质量控制算法改进 | 第32-33页 |
| 2.5 位点概率打分计算 | 第33-34页 |
| 2.6 位点概率打分校正 | 第34-35页 |
| 3 结果分析 | 第35-42页 |
| 3.1 肽段层面鉴定准确性提升 | 第35-39页 |
| 3.2 位点概率打分校正提升鉴定准确性 | 第39-41页 |
| 3.3 位点概率打分校正算法准确性受修饰数据集规模影响 | 第41-42页 |
| 3.4 蛋白质水平修饰位点结果格式 | 第42页 |
| 4 小结与讨论 | 第42-44页 |
| 第三章 整合序列特征提升磷酸化修饰位点鉴定灵敏度 | 第44-57页 |
| 1 概述 | 第44-45页 |
| 1.1 基于串联质谱数据进行磷酸化位点判定存在的问题 | 第44页 |
| 1.2 利用序列特征判定磷酸化修饰位点 | 第44页 |
| 1.3 研究内容 | 第44-45页 |
| 2 材料与方法 | 第45-49页 |
| 2.1 数据集 | 第45页 |
| 2.2 数据库搜索与质量控制 | 第45页 |
| 2.3 针对磷酸化修饰同分异构体的混合谱分离算法 | 第45-47页 |
| 2.4 基于序列特征的修饰位点重打分 | 第47-49页 |
| 3 结果分析 | 第49-55页 |
| 3.1 Motif打分提升位点鉴定灵敏度 | 第49-53页 |
| 3.2 Motif打分辅助分析混合谱修饰位点 | 第53页 |
| 3.3 Motif打分实现多修饰长肽段的修饰位点判定 | 第53-54页 |
| 3.4 Motif重打分进行位点判定性能受数据集规模影响 | 第54页 |
| 3.5 磷酸化修饰质控流程整体性能评估 | 第54-55页 |
| 3.6 PhosphoDistiller运行硬件需求 | 第55页 |
| 4 小结与讨论 | 第55-57页 |
| 第四章 串联质谱数据质量控制流程在大规模蛋白质组数据分析中的应用 | 第57-82页 |
| 1 概述 | 第57-60页 |
| 1.1 人类染色体蛋白质组研究计划简介 | 第57-58页 |
| 1.2 蛋白质高覆盖鉴定研究进展 | 第58-59页 |
| 1.3 研究内容 | 第59-60页 |
| 2 材料与方法 | 第60-64页 |
| 2.1 人类染色体蛋白质组计划数据与分析方法 | 第60-62页 |
| 2.2 酵母大规模蛋白质组数据与分析方法 | 第62-64页 |
| 3 结果分析 | 第64-81页 |
| 3.1 串联质谱数据质量控制流程应用于C-HPP | 第64-66页 |
| 3.2 整合多特征注释一号染色体与未鉴定蛋白质系统分析 | 第66-69页 |
| 3.3 大规模蛋白质组数据集饱和性分析 | 第69-71页 |
| 3.4 酵母大规模蛋白质组数据分析与应用 | 第71-81页 |
| 4 小结与讨论 | 第81-82页 |
| 总结与讨论 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-94页 |
| 附录 | 第94-119页 |
| 附录 1 PhosphoDistiller位点判定算法核心源代码 | 第94-106页 |
| 附录 2 大规模磷酸化修饰标准数据集数据构成 | 第106-108页 |
| 附录 3 Motif分析使用的激酶与Motif对应关系 | 第108-119页 |
| 文献综述 | 第119-132页 |
| 参考文献 | 第127-132页 |
| 致谢 | 第132-134页 |
| 个人简介 | 第134-136页 |
