| 摘要 | 第8-9页 |
| 英文摘要 | 第9-10页 |
| 1 引言 | 第11-16页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第11-12页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第12-13页 |
| 1.3 研究现状 | 第13-14页 |
| 1.4 本文研究内容 | 第14-15页 |
| 1.5 论文组织 | 第15-16页 |
| 2 序列比对技术 | 第16-25页 |
| 2.1 测序平台与序列比对相关术语 | 第16-19页 |
| 2.1.1 Illumina测序平台 | 第16页 |
| 2.1.2 Roche 454 测序平台 | 第16-17页 |
| 2.1.3 SOLiD测序平台 | 第17-18页 |
| 2.1.4 序列比对相关术语 | 第18-19页 |
| 2.2 数据来源 | 第19-21页 |
| 2.2.1 参考基因组信息 | 第19-20页 |
| 2.2.2 测序序列信息 | 第20-21页 |
| 2.3 压缩的全文索引结构 | 第21-24页 |
| 2.3.1 后缀树 | 第22页 |
| 2.3.2 后缀数组（Suffix Array） | 第22-23页 |
| 2.3.3 哈希表 | 第23页 |
| 2.3.4 FM-index | 第23-24页 |
| 2.4 本章小结 | 第24-25页 |
| 3 BWT算法原理 | 第25-32页 |
| 3.1 Burrows-Wheeler Transform（BWT）技术 | 第25-29页 |
| 3.1.1 BWT技术的含义及性质 | 第25页 |
| 3.1.2 BWT算法的构造过程 | 第25-26页 |
| 3.1.3 BWT算法序列比对的实现过程 | 第26-29页 |
| 3.2 基于BWT技术的索引算法优化 | 第29-31页 |
| 3.2.1 减少内存消耗 | 第29-31页 |
| 3.2.2 降低时间消耗 | 第31页 |
| 3.3 本章小结 | 第31-32页 |
| 4 AVX指令技术 | 第32-37页 |
| 4.1 AVX指令集的发展 | 第32-34页 |
| 4.2 AVX指令集的硬件支持 | 第34-35页 |
| 4.3 AVX指令命名规则 | 第35-36页 |
| 4.4 本章小结 | 第36-37页 |
| 5 基于AVX指令技术的BWT算法设计 | 第37-43页 |
| 5.1 BWA软件平台搭建 | 第37页 |
| 5.2 Linux平台下AVX指令集的使用 | 第37-38页 |
| 5.3 函数耗时统计 | 第38-39页 |
| 5.4 基于AVX指令集的字符串匹配函数的算法优化 | 第39-40页 |
| 5.5 AVX指令优化BWT算法设计 | 第40-41页 |
| 5.6 本章小结 | 第41-43页 |
| 6 实验结果与分析 | 第43-47页 |
| 6.1 与BWA的对比实验 | 第43-45页 |
| 6.2 与其他主流算法对比实验 | 第45-46页 |
| 6.3 同类研究现状对比实验和分析 | 第46页 |
| 6.4 本章小结 | 第46-47页 |
| 7 总结与展望 | 第47-50页 |
| 7.1 本文所做工作 | 第47页 |
| 7.2 本研究存在的问题 | 第47-48页 |
| 7.3 研究成果 | 第48页 |
| 7.4 展望 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-54页 |
| 附录 | 第54-56页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第56页 |