原子电荷对分子间相互作用计算的影响
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第9-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-24页 |
| 1.1 计算生物学概述 | 第10页 |
| 1.2 计算方法介绍 | 第10-15页 |
| 1.2.1 分子对接和虚拟筛选 | 第10-13页 |
| 1.2.2 分子动力学模拟 | 第13-14页 |
| 1.2.3 量子化学在生物体系的应用 | 第14-15页 |
| 1.3 原子电荷模型简介 | 第15-21页 |
| 1.4 原子电荷在生物体系计算中的应用 | 第21-23页 |
| 1.5 本硕士论文研究内容 | 第23-24页 |
| 2 电荷对原子对接触距离和能量的影响 | 第24-33页 |
| 2.1 引言 | 第24页 |
| 2.2 计算参数和方法的设置 | 第24-25页 |
| 2.2.1 原子对计算参数和方法设置 | 第24-25页 |
| 2.2.2 两个甲基计算参数和方法设置 | 第25页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第25-32页 |
| 2.3.1 不同原子对范德华作用的研究 | 第25-26页 |
| 2.3.2 带同性电荷的原子对作用分析 | 第26-29页 |
| 2.3.3 带异性电荷的原子对作用分析 | 第29-30页 |
| 2.3.4 两组电荷数值下甲基迁移时能量变化分析 | 第30-32页 |
| 2.4 小结 | 第32-33页 |
| 3 不同原子电荷模型分子对接的比较和分析 | 第33-53页 |
| 3.1 引言 | 第33页 |
| 3.2 计算方法 | 第33-34页 |
| 3.2.1 电荷模型 | 第33页 |
| 3.2.2 测试体系结构文件准备 | 第33-34页 |
| 3.2.3 对接参数设置 | 第34页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第34-52页 |
| 3.3.1 对接姿势的评价 | 第34-37页 |
| 3.3.2 基于分子带电性不同的对接分析 | 第37-38页 |
| 3.3.3 对接结构下打分效果的评价 | 第38-40页 |
| 3.3.4 基于分子带电性不同的打分分析 | 第40-41页 |
| 3.3.5 晶体结构下打分效果评价 | 第41-44页 |
| 3.3.6 电荷与静电相互作用的分析 | 第44-47页 |
| 3.3.7 对接的特殊体系分析 | 第47-52页 |
| 3.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 4 不同电荷模型对活性分子富集效应的研究 | 第53-60页 |
| 4.1 前言 | 第53页 |
| 4.2 计算理论与方法 | 第53-55页 |
| 4.2.1 计算体系和对接参数准备 | 第53-54页 |
| 4.2.2 富集能力的评估方法 | 第54-55页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第55-58页 |
| 4.3.1 富集因子分析 | 第55-56页 |
| 4.3.2 ROC曲线分析 | 第56-58页 |
| 4.4 本章小结 | 第58-60页 |
| 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-69页 |
| 附录A 专业名词列表 | 第69-70页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
