| 摘要 | 第5-6页 |
| 英文摘要 | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-16页 |
| 1.1 泛素–蛋白酶体系统（Ubiquitin–Proteasome System，UPS） | 第10-12页 |
| 1.1.1 泛素化过程 | 第10页 |
| 1.1.2 不同类型的泛素连接酶 | 第10-11页 |
| 1.1.3 F-box蛋白的结构和分布 | 第11页 |
| 1.1.4 F-box蛋白在酵母中的作用 | 第11-12页 |
| 1.2 基因家族 | 第12-14页 |
| 1.2.1 基因家族的概念和识别 | 第12页 |
| 1.2.2 基因家族序列的应用 | 第12-14页 |
| 1.2.2.1 估算物种分歧的时间 | 第12-13页 |
| 1.2.2.2 探索重复基因的进化机制 | 第13-14页 |
| 1.2.2.3 检测自然选择作用 | 第14页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第14-16页 |
| 第二章 材料和方法 | 第16-19页 |
| 2.1 酵母科10个基因组中F-box基因的识别 | 第16页 |
| 2.2 系统发育分析 | 第16页 |
| 2.3 基因获得和基因丢失事件及其潜在机制的推断 | 第16-17页 |
| 2.4 选择压力分析 | 第17页 |
| 2.5 分子内共进化的鉴定 | 第17-19页 |
| 第三章 结果和分析 | 第19-26页 |
| 3.1 F-box基因及其蛋白结构域的确定 | 第19-20页 |
| 3.2 直系同源组的划分 | 第20页 |
| 3.3 F-box基因数目的进化机制 | 第20-22页 |
| 3.4 正选择位点的推断 | 第22-25页 |
| 3.5 分子内共进化的鉴定 | 第25-26页 |
| 第四章 讨论 | 第26-29页 |
| 4.1 酵母基因组中F-box基因识别方法的评估 | 第26页 |
| 4.2 F-box基因数目的进化机制 | 第26-27页 |
| 4.3 F-box蛋白的正选择位点 | 第27-29页 |
| 第五章 结论 | 第29-30页 |
| 参考文献 | 第30-35页 |
| 附录 | 第35-47页 |
| 致谢 | 第47-48页 |
| 作者简介 | 第48页 |
| 发表论文情况 | 第48页 |