| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-25页 |
| 1.1 Rho蛋白激酶(ROCK)及其抑制剂概述 | 第9-19页 |
| 1.1.1 ROCK的结构和亚型 | 第10-12页 |
| 1.1.2 ROCK的治疗作用 | 第12-14页 |
| 1.1.3 ROCK抑制剂的发展现状 | 第14-15页 |
| 1.1.4 ROCK抑制剂的结合机理 | 第15-18页 |
| 1.1.5 分子模拟方法在发现ROCK抑制剂上的应用 | 第18-19页 |
| 1.1.6 小结及展望 | 第19页 |
| 1.2 文中涉及到的方法简介 | 第19-23页 |
| 1.2.1 定量构效关系简介 | 第19-20页 |
| 1.2.2 分子对接 | 第20-21页 |
| 1.2.3 分子动力学模拟 | 第21-22页 |
| 1.2.4 结合自由能预测 | 第22-23页 |
| 1.3 SYBYL软件简介 | 第23-24页 |
| 1.4 研究目标、内容和研究意义 | 第24-25页 |
| 第二章 ROCK2/PKA选择性的研究 | 第25-43页 |
| 2.1 数据来源 | 第25-29页 |
| 2.2 方法步骤及材料 | 第29-32页 |
| 2.2.1 构象优化及分子叠合 | 第29-30页 |
| 2.2.2 CoMFA和CoMSIA模型 | 第30页 |
| 2.2.3 分子对接 | 第30页 |
| 2.2.4 分子动力学模拟 | 第30-31页 |
| 2.2.5 合成 | 第31-32页 |
| 2.2.6 生物测试 | 第32页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第32-42页 |
| 2.3.1 CoMFA和CoMSIA模型分析 | 第32-36页 |
| 2.3.2 3D-QSAR模型的等势图结果与分析 | 第36-39页 |
| 2.3.3 对接结果分析 | 第39-40页 |
| 2.3.4 动力学模拟结果分析 | 第40-41页 |
| 2.3.5 尿素ROCK抑制剂的设计 | 第41-42页 |
| 2.4 小结 | 第42-43页 |
| 第三章 ROCK2/ROCK1选择性的研究 | 第43-51页 |
| 3.1 实验方法 | 第46-48页 |
| 3.1.1 分子对接 | 第46页 |
| 3.1.2 分子动力学模拟 | 第46-47页 |
| 3.1.3 结合自由能计算 | 第47页 |
| 3.1.4 MM-PBSA结合自由能分解 | 第47-48页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第48-49页 |
| 3.2.1 分子对接 | 第48页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第48-49页 |
| 3.3 本章小结 | 第49-51页 |
| 第四章 全文总结 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 攻读学位期间所开展的科研项目和发表的学术论文 | 第61页 |