| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-26页 |
| 1.1 鸡冠性状研究进展 | 第14-19页 |
| 1.1.1 鸡冠组织学结构 | 第15-16页 |
| 1.1.2 鸡冠化学构成及化学成分的生物学作用 | 第16-17页 |
| 1.1.3 鸡冠型的分子遗传机理研究进展 | 第17页 |
| 1.1.4 鸡冠性状与生产性能的关系 | 第17-18页 |
| 1.1.5 鸡冠性状与疾病以及鸡行为学的关系 | 第18页 |
| 1.1.6 鸡冠直立与倒伏性状的发现 | 第18-19页 |
| 1.2 RNA-Seq技术 | 第19-22页 |
| 1.2.1 RNA-Seq简介 | 第19-20页 |
| 1.2.2 RNA-Seq原理与步骤 | 第20-21页 |
| 1.2.3 RNA-Seq优势 | 第21-22页 |
| 1.2.4 RNA-Seq在动物功能基因筛选应用 | 第22页 |
| 1.3 全基因组重测序技术 | 第22-25页 |
| 1.3.1 全基因组重测序技术原理与步骤 | 第22-23页 |
| 1.3.2 基于全基因组重测序变异检测 | 第23页 |
| 1.3.3 基于全基因组重测序BSA与GWAS法基因定位 | 第23-24页 |
| 1.3.4 基于全基因组重测序遗传图谱构建 | 第24页 |
| 1.3.5 基于全基因组重测序功能基因挖掘与群体进化 | 第24-25页 |
| 1.4 研究的目的和意义 | 第25-26页 |
| 第二章 鸡冠直立/倒伏对生产性能的影响 | 第26-33页 |
| 引言 | 第26页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-27页 |
| 2.1.1 不同品种鸡直立/倒伏冠表型频率分布 | 第26-27页 |
| 2.1.2 不同冠表型鸡生长性能及鸡冠发育规律 | 第27页 |
| 2.1.3 不同冠表型鸡产蛋性能 | 第27页 |
| 2.1.4 交配组合试验探索鸡冠直立/倒伏性状的遗传规律 | 第27页 |
| 2.1.5 数据分析 | 第27页 |
| 2.2 结果与分析 | 第27-31页 |
| 2.2.1 直立/倒伏冠表型频率分布 | 第27-28页 |
| 2.2.2 不同冠表型鸡生长速率与鸡冠发育规律 | 第28-30页 |
| 2.2.3 不同冠表型母鸡300天产蛋量 | 第30-31页 |
| 2.2.4 四种交配试验子代冠表型分布频率 | 第31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-32页 |
| 2.4 小结 | 第32-33页 |
| 第三章 直立/倒伏冠组织学观察 | 第33-39页 |
| 引言 | 第33页 |
| 3.1 材料与方法 | 第33-36页 |
| 3.1.1 试验动物 | 第33页 |
| 3.1.2 主要仪器和试剂 | 第33-34页 |
| 3.1.3 组织石蜡包埋切片 | 第34页 |
| 3.1.4 HE染色 | 第34-35页 |
| 3.1.5 Gomri染色 | 第35页 |
| 3.1.6 番红-固绿染色 | 第35-36页 |
| 3.2 结果与分析 | 第36-38页 |
| 3.3 讨论 | 第38页 |
| 3.4 小结 | 第38-39页 |
| 第四章 利用RNA-Seq技术挖掘影响鸡冠直立/倒伏性状的功能基因 | 第39-57页 |
| 引言 | 第39页 |
| 4.1 材料与方法 | 第39-44页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第39页 |
| 4.1.2 主要仪器和试剂 | 第39-40页 |
| 4.1.3 总RNA提取 | 第40页 |
| 4.1.4 总RNA检测 | 第40-41页 |
| 4.1.5 文库构建 | 第41页 |
| 4.1.6 测序及数据处理 | 第41页 |
| 4.1.7 差异表达转录本筛选 | 第41页 |
| 4.1.8 差异基因QPCR验证 | 第41-44页 |
| 4.2 结果与分析 | 第44-54页 |
| 4.2.1 RNA质量检测 | 第44-45页 |
| 4.2.2 测序数据质量情况 | 第45页 |
| 4.2.3 与参考基因组比对情况统计 | 第45-47页 |
| 4.2.4 差异表达基因筛选 | 第47-54页 |
| 4.3 讨论 | 第54-56页 |
| 4.4 小结 | 第56-57页 |
| 第五章 利用全基因组重测序技术挖掘影响鸡冠直立/倒伏性状的候选基因 | 第57-72页 |
| 引言 | 第57页 |
| 5.1 材料与方法 | 第57-60页 |
| 5.1.1 试验动物 | 第57页 |
| 5.1.2 样品采集 | 第57页 |
| 5.1.3 主要仪器与试剂 | 第57-58页 |
| 5.1.4 鸡基因组提取 | 第58页 |
| 5.1.5 DNA检测 | 第58-59页 |
| 5.1.6 文库构建及测序 | 第59页 |
| 5.1.7 数据处理 | 第59页 |
| 5.1.8 选择清除分析 | 第59-60页 |
| 5.2 结果与分析 | 第60-69页 |
| 5.2.1 DNA质量检测 | 第60页 |
| 5.2.2 测序数据质量情况 | 第60页 |
| 5.2.3 与参考基因组比对情况统计 | 第60-61页 |
| 5.2.4 SNP检测及注释结果统计 | 第61-63页 |
| 5.2.5 InDel检测及注释结果统计 | 第63-66页 |
| 5.2.6 选择清除分析 | 第66-69页 |
| 5.3 讨论 | 第69-70页 |
| 5.4 小结 | 第70-72页 |
| 结论 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-86页 |
| 附录A Z1VD1下调基因 | 第86-90页 |
| 附表B Z1VD1上调基因 | 第90-92页 |
| 附表C Z2VD2下调基因 | 第92-95页 |
| 附表D Z2VD2上调基因 | 第95-101页 |
| 附表E Z3VD3下调基因 | 第101-106页 |
| 附表F Z3VD3上调基因 | 第106-109页 |
| 附表G Z1VD1和Z2VD2上调基因交集 | 第109页 |
| 附表H Z1VD1和Z3VD3上调基因交集 | 第109页 |
| 附表I Z1VD1,Z2VD2和Z3VD3上调基因交集 | 第109页 |
| 附表J Z2VD2和Z3VD3上调基因交集 | 第109-110页 |
| 附表K Z1VD1和Z2VD2下调基因交集 | 第110页 |
| 附表L Z1VD1和Z3VD3下调基因交集 | 第110-112页 |
| 附表M Z1VD1,Z2VD2和Z3VD3下调基因交集 | 第112页 |
| 附表N Z2VD2和Z3VD3下调基因交集 | 第112页 |
| 附表O Z1VD1,Z2VD2和Z3VD3上调基因通路交集 | 第112页 |
| 附表P Z1VD1和Z2VD2上调基因通路交集 | 第112页 |
| 附表Q Z2VD2和Z3VD3上调基因通路交集 | 第112-116页 |
| 附表R Z1VD1和Z2VD2下调基因通路交集 | 第116页 |
| 附表S Z1VD1和Z3VD3下调基因通路交集 | 第116-117页 |
| 附表T Z1VD1,Z2VD2和Z3VD3下调基因通路交集 | 第117页 |
| 附表U 完全倒伏冠受选择基因 | 第117-120页 |
| 附表V 直立冠受选择基因 | 第120-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 个人简介 | 第123页 |
