肽调节蛋白质相互作用的结构、能量和动力学研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-12页 |
| 1.2 研究意义 | 第12-13页 |
| 1.3 研究现状 | 第13-14页 |
| 1.4 本论文的选题背景和意义 | 第14-16页 |
| 第二章 材料与方法 | 第16-22页 |
| 2.1 分子动力学模拟 | 第16-19页 |
| 2.1.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第16-18页 |
| 2.1.2 分子动力学模拟的基本步骤 | 第18-19页 |
| 2.2 分子对接 | 第19-20页 |
| 2.3 结合自由能计算方法 | 第20-22页 |
| 第三章 “肽调节蛋白质相互作用”结构与动力学研究 | 第22-28页 |
| 3.1 背景以及研究问题 | 第22-23页 |
| 3.2 模体截取 | 第23-24页 |
| 3.3 分子对接 | 第24-27页 |
| 3.3.1 分子对接准备 | 第24页 |
| 3.3.2 分子对接过程 | 第24-25页 |
| 3.3.3 对接后相关数据分析 | 第25-27页 |
| 3.4 本章小结 | 第27-28页 |
| 第四章 “肽调节蛋白质相互作用”轨迹及动力学研究 | 第28-47页 |
| 4.1 动力学模拟方法及策略 | 第28-29页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第29-45页 |
| 4.2.1 bond组轨迹比较分析 | 第30-37页 |
| 4.2.2 lig组RMSD曲线分析 | 第37-40页 |
| 4.2.3 二级结构变化对比 | 第40-45页 |
| 4.3 本章小结 | 第45-47页 |
| 第五章 “肽调节蛋白质相互作用”能量及动力学研究 | 第47-53页 |
| 5.1 计算策略 | 第47页 |
| 5.2 结合自由能计算 | 第47-48页 |
| 5.3 热力学分析 | 第48-50页 |
| 5.4 能量分解 | 第50-52页 |
| 5.5 本章小结 | 第52-53页 |
| 第六章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 6.1 总结 | 第53页 |
| 6.2 展望 | 第53-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 攻读硕士学位期间取得的成果 | 第61-62页 |
