| 中文摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 符号说明 | 第15-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-23页 |
| 1.1 肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)研究综述 | 第16-20页 |
| 1.1.1 肺炎克雷伯氏菌概况 | 第16-17页 |
| 1.1.2 肺炎克雷伯氏菌菌毛与生物膜 | 第17-18页 |
| 1.1.3 肺炎克雷伯氏菌三型菌毛组装与调控 | 第18-20页 |
| 1.2 c-di-GMP与肺炎克雷伯氏菌的菌毛调控 | 第20-23页 |
| 1.2.1 c-di-GMP简介 | 第20-22页 |
| 1.2.2 肺炎克雷伯氏菌中c-di-GMP调控系统 | 第22-23页 |
| 第二章 蛋白和小分子的表达纯化 | 第23-44页 |
| 2.1 引言 | 第23-26页 |
| 2.1.1 MrkH蛋白分析和片段截取 | 第24-26页 |
| 2.1.2 c-di-GMP的制备纯化 | 第26页 |
| 2.2 材料和方法 | 第26-37页 |
| 2.2.1 菌株及载体 | 第26-27页 |
| 2.2.2 试剂及工具酶 | 第27页 |
| 2.2.3 仪器及服务 | 第27页 |
| 2.2.4 蛋白纯化常用缓冲液的配置 | 第27-29页 |
| 2.2.5 基因克隆 | 第29-33页 |
| 2.2.6 蛋白质的分离纯化 | 第33-36页 |
| 2.2.7 c-di-GMP的制备纯化 | 第36-37页 |
| 2.3 实验结果 | 第37-42页 |
| 2.3.1 MrkH纯化结果 | 第37-41页 |
| 2.3.2 c-di-GMP制备结果 | 第41-42页 |
| 2.4 本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 晶体的获得和结构的解析 | 第44-59页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 材料和方法 | 第44-45页 |
| 3.2.1 蛋白质结晶所需试剂和材料 | 第44-45页 |
| 3.2.2 晶体衍射数据收集所需材料和仪器 | 第45页 |
| 3.3 蛋白晶体的获得 | 第45-47页 |
| 3.3.1 蛋白质的结晶过程 | 第45-46页 |
| 3.3.2 蛋白质结晶条件的筛选 | 第46-47页 |
| 3.3.3 蛋白质晶体的优化 | 第47页 |
| 3.4 结构的解析 | 第47-52页 |
| 3.4.1 晶体衍射数据的测试和收集 | 第47-49页 |
| 3.4.2 衍射数据的处理 | 第49-50页 |
| 3.4.3 相角的求解 | 第50-51页 |
| 3.4.4 结构模型的建立 | 第51页 |
| 3.4.5 结构模型的修正 | 第51-52页 |
| 3.5 实验结果与分析 | 第52-57页 |
| 3.5.1 MrkH/c-di-GMP复合物的晶体 | 第52-54页 |
| 3.5.2 MrkH/c-di-GMP复合物的结构修正结果 | 第54-57页 |
| 3.6 本章小结 | 第57-59页 |
| 第四章 MrkH/c-di-GMP结构分析 | 第59-74页 |
| 4.1 引言 | 第59页 |
| 4.2 材料和方法 | 第59-62页 |
| 4.2.1 MrkH的突变体构建和蛋白表达纯化 | 第59-61页 |
| 4.2.2 蛋白与c-di-GMP作用检测 | 第61-62页 |
| 4.3 复合物结构描述 | 第62-67页 |
| 4.3.1 MrkH/c-di-GMP复合物的整体结构 | 第63-64页 |
| 4.3.2 复合物中的折叠方式和结构比较 | 第64-67页 |
| 4.4 MrkH与c-di-GMP的相互作用分析 | 第67-73页 |
| 4.4.1 复合物结构中MrkH与c-di-GMP的互作细节 | 第67-70页 |
| 4.4.2 MrkH与c-di-GMP的ITC分析 | 第70-73页 |
| 4.5 本章小结 | 第73-74页 |
| 第五章 MrkH与DNA结合机制的研究 | 第74-98页 |
| 5.1 引言 | 第74-75页 |
| 5.2 材料和方法 | 第75-82页 |
| 5.2.1 MrkH突变体的构建和蛋白表达纯化 | 第75-77页 |
| 5.2.2 蛋白和DNA的相互作用检测 | 第77-80页 |
| 5.2.3 MrkH蛋白与DNA片段的电镜观察 | 第80-81页 |
| 5.2.4 仪器及服务 | 第81-82页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第82-96页 |
| 5.3.1 MrkH_PilZ结构域在DNA结合中起主要作用 | 第82-83页 |
| 5.3.2 MrkH_PilZ是一个新颖的DNA结合结构域 | 第83-90页 |
| 5.3.3 MrkH全长蛋白DNA结合位点的EMSA与FP分析 | 第90-94页 |
| 5.3.4 电镜解析MrkH与DNA大分子的结构 | 第94-96页 |
| 5.4 本章小结 | 第96-98页 |
| 第六章 MrkHI体内调控三型菌毛机制的研究 | 第98-106页 |
| 6.1 引言 | 第98页 |
| 6.2 材料和方法 | 第98-100页 |
| 6.2.1 MrkI的克隆构建 | 第98-99页 |
| 6.2.2 MrkI与MrkH复合物的亲和检测 | 第99页 |
| 6.2.3 MrkI与DNA的相互作用 | 第99-100页 |
| 6.3 实验结果与分析 | 第100-104页 |
| 6.3.1 MrkI和MrkH的相互作用 | 第100-101页 |
| 6.3.2 MrkI结合DNA的特异性检测 | 第101-102页 |
| 6.3.3 MrkHI和DNA的相互作用分析 | 第102-104页 |
| 6.4 本章小结 | 第104-106页 |
| 全文总结 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
| 博士期间发表的学术论文 | 第124-125页 |
| 附件 | 第125-144页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第144页 |
