| 目录 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 序言 | 第10-18页 |
| ·论文选题背景 | 第10-11页 |
| ·卤代烃 | 第10页 |
| ·DNA 碱基——鸟嘌呤 | 第10-11页 |
| ·论文涉及的理论基础 | 第11-16页 |
| ·分子动力学与量子动力学 | 第11-12页 |
| ·耦合簇方法 | 第12-13页 |
| ·密度泛函理论 | 第13页 |
| ·NEB 方法 | 第13-14页 |
| ·过渡态理论 | 第14页 |
| ·SPC/E（extended simple point charge）水分子模型 | 第14-15页 |
| ·氢键对生物大分子的意义 | 第15-16页 |
| ·论文结构安排 | 第16-18页 |
| 第二章 CH_3Cl + F-→ CH3F + Cl-在液相下的反应机制 | 第18-32页 |
| ·研究背景 | 第18页 |
| ·液相下耦合簇理论水平模拟结果的实现（多表象的混合量子动力学/分子动力学方法） | 第18-20页 |
| ·模拟实现步骤 | 第20-21页 |
| ·优化的几何结构 | 第21-25页 |
| ·反应物 | 第21-22页 |
| ·过渡态 | 第22-23页 |
| ·产物 | 第23-24页 |
| ·NEB 路径的结构演变 | 第24-25页 |
| ·沿反应路径的电子云（有效电荷）分布变化 | 第25-26页 |
| ·NEB 路径上的能量变化 | 第26-30页 |
| ·液相下的 PMF | 第26-27页 |
| ·极化对势垒的影响 | 第27-29页 |
| ·实验预测的液相 PMF | 第29-30页 |
| ·总结 | 第30-32页 |
| 第三章 氯代乙烷与次氯酸根的反应机制 | 第32-44页 |
| ·研究背景 | 第32-33页 |
| ·创新点 | 第33页 |
| ·方法步骤 | 第33-34页 |
| ·模拟结果分析 | 第34-42页 |
| ·沿反应路径的自由能变化 | 第34-36页 |
| ·M08-SO/ccpVTZ 方法下的体系结构 | 第36-39页 |
| ·沿反应路径的分子构型变化 | 第39-41页 |
| ·电荷演变情况 | 第41页 |
| ·反应速率常数 | 第41-42页 |
| ·总结 | 第42-44页 |
| 第四章 8-羟基鸟嘌呤的开环反应 | 第44-58页 |
| ·研究背景 | 第44-45页 |
| ·创新点 | 第45-46页 |
| ·模型搭建及处理步骤 | 第46页 |
| ·结果讨论 | 第46-56页 |
| ·氢键作用下的反应物、过渡态和产物结构 | 第46-49页 |
| ·反应路径上结构变化及电荷变化 | 第49-52页 |
| ·NEB 路径上的 PMF | 第52-54页 |
| ·比较不同方法下的计算结果 | 第54-56页 |
| ·速率常数 | 第56页 |
| ·总结 | 第56-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 攻读硕士期间完成的论文 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
