猪不同年龄段骨骼肌的差异甲基化组分析
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 高频词对照表 | 第9-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-38页 |
| 1 骨骼肌生长发育及其及其影响因素 | 第15-24页 |
| ·骨骼肌生长发育的规律 | 第16-17页 |
| ·影响肌纤维数量和大小的因素 | 第17-21页 |
| ·研究肌纤维数量和直径对动物生产的意义 | 第21-22页 |
| ·年龄对骨骼肌发育的影响 | 第22页 |
| ·调控肌肉生长发育的基因 | 第22-24页 |
| 2 DNA甲基化对骨骼肌生长发育的影响 | 第24-33页 |
| ·DNA甲基化的定义 | 第24-25页 |
| ·DNA甲基化的类型 | 第25-26页 |
| ·DNA甲基化的检测方法 | 第26-30页 |
| ·DNA甲基化改变基因表达的机制 | 第30-31页 |
| ·甲基化与年龄的关系 | 第31-33页 |
| 3 基因芯片技术 | 第33-38页 |
| ·生物芯片 | 第33页 |
| ·基因芯片的定义 | 第33-34页 |
| ·基因芯片的分类 | 第34页 |
| ·基因芯片的应用 | 第34-36页 |
| ·基因芯片存在的问题 | 第36页 |
| ·基因芯片在研究猪肌纤维表达谱的情况 | 第36-38页 |
| 第二章 研究内容与目的意义 | 第38-40页 |
| 1 选题背景和研究内容 | 第38-39页 |
| 2 研究日的与意义 | 第39-40页 |
| 第三章 不同年龄段的骨骼肌肌纤维表型指标测定 | 第40-48页 |
| 1 前言 | 第40页 |
| 2 材料与方法 | 第40-44页 |
| ·试验群体 | 第40-41页 |
| ·样本采集 | 第41页 |
| ·主要仪器及试剂 | 第41-42页 |
| ·实验方法 | 第42-44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-45页 |
| ·骨骼肌肌纤维的表型指标 | 第44-45页 |
| ·代谢相关的生化指标差异 | 第45页 |
| 4 讨论 | 第45-47页 |
| ·肌纤维表型指标差异 | 第45-46页 |
| ·血清指标差异 | 第46-47页 |
| 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 不同年龄段猪骨骼肌的DNA甲基化图谱 | 第48-72页 |
| 1 前言 | 第48页 |
| 2 材料与方法 | 第48-58页 |
| ·试验材料 | 第48页 |
| ·主要实验仪器设备 | 第48-49页 |
| ·试验所需试剂 | 第49-50页 |
| ·实验方法 | 第50-57页 |
| ·基因组元件的定义 | 第57-58页 |
| 3 结果与分析 | 第58-67页 |
| ·测序数据分析 | 第58-60页 |
| ·基因组CpG%的分布 | 第60页 |
| ·染色体甲基化分布特点 | 第60-64页 |
| ·亚端粒区和非亚端粒区的甲基化程度差异 | 第64-65页 |
| ·24个基因元件的甲基化分析 | 第65-67页 |
| 4 讨论 | 第67-71页 |
| ·X染色体与常染色体的甲基化差异 | 第67页 |
| ·甲基化程度与染色体特征 | 第67-69页 |
| ·亚端粒区和非亚端粒区的甲基化差异 | 第69-70页 |
| ·24个元件的甲基化差异 | 第70-71页 |
| 本章小结 | 第71-72页 |
| 第五章 不同年龄段猪骨骼肌的甲基化差异 | 第72-83页 |
| 1 前言 | 第72页 |
| 2 材料与方法 | 第72-74页 |
| ·差异甲基化区域(DMRs)的鉴定 | 第72-73页 |
| ·启动子区的DMRs功能富集分析 | 第73-74页 |
| 3 结果 | 第74-77页 |
| ·DMRs的汇总情况 | 第74页 |
| ·24个基因元件的DMRs分布差异 | 第74-76页 |
| ·启动子区域差异甲基化基因功能富集分析 | 第76-77页 |
| 4 讨论 | 第77-81页 |
| ·24个基因元件的DMR富集差异 | 第77-80页 |
| ·基因功能富集分析 | 第80-81页 |
| 本章小结 | 第81-83页 |
| 第六章 不同年龄段的猪骨骼肌mRNA表达谱差异 | 第83-103页 |
| 1 前言 | 第83-84页 |
| 2 材料与方法 | 第84-90页 |
| ·实验中所用主要仪器 | 第84页 |
| ·主要试剂 | 第84页 |
| ·Total RNA的提取 | 第84-85页 |
| ·RNA的凝胶电泳检测 | 第85-86页 |
| ·基因芯片的操作过程 | 第86-90页 |
| 3 数据分析 | 第90-92页 |
| ·数据预处理及标准化 | 第90页 |
| ·芯片实验自身的质控 | 第90-91页 |
| ·猪基因组芯片探针注释文件的重注解 | 第91页 |
| ·差异基因分析 | 第91页 |
| ·GO和Pathway分析 | 第91-92页 |
| 4 结果与分析 | 第92-97页 |
| ·RNA质量检测 | 第92-93页 |
| ·芯片的扫描结果 | 第93页 |
| ·芯片标准化的结果 | 第93-94页 |
| ·差异基因的聚类分析 | 第94-96页 |
| ·GO和Pathway的富集分析 | 第96-97页 |
| 5 讨论 | 第97-101页 |
| ·重复芯片的必要性 | 第97页 |
| ·单通道基因芯片的选择 | 第97页 |
| ·基因芯片数据的标准化处理 | 第97-98页 |
| ·聚类分析 | 第98页 |
| ·GO和Pathway分析 | 第98-101页 |
| 本章小结 | 第101-103页 |
| 第七章 甲基化介导的基因表达差异分析 | 第103-120页 |
| 1 前言 | 第103页 |
| 2 材料与方法 | 第103-107页 |
| ·设备和主要试剂盒 | 第103-104页 |
| ·检测DMRs | 第104页 |
| ·重亚硫酸盐测序 | 第104-107页 |
| 3 结果与分析 | 第107-112页 |
| ·基因功能富集分析 | 第107-108页 |
| ·基因表达和差异甲基化的联合分析 | 第108-109页 |
| ·启动子区域甲基化负调控基因的表达量 | 第109-111页 |
| ·BSP验证结果 | 第111-112页 |
| 4 讨论 | 第112-119页 |
| ·基因富集分析 | 第112-115页 |
| ·21个基因参与肌肉发育的调控 | 第115-119页 |
| 本章小结 | 第119-120页 |
| 第八章 结论与展望 | 第120-123页 |
| 1 主要结论 | 第120-121页 |
| 2 论文创新点 | 第121-122页 |
| 3 下一步要进行的工作 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
| 博士在读期间发表的论文 | 第132-133页 |
| 附录 | 第133-148页 |
