| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 本文所用主要缩略词 | 第14-15页 |
| 第一部分 文献综述 | 第15-39页 |
| 第一章 棉属起源与进化及分子标记的研究进展 | 第15-27页 |
| 1 棉属起源和进化 | 第15-18页 |
| ·二倍体棉种起源与进化 | 第16-17页 |
| ·多倍体棉种起源与进化 | 第17-18页 |
| 2 遗传标记的发展及应用 | 第18-24页 |
| ·DNA分子标记 | 第19-20页 |
| ·主要的分子标记类型 | 第20-24页 |
| ·RFLP标记(限制性长度多态性,restriction fragment length ploymorphism) | 第20-21页 |
| ·RAPD标记(随机扩增多态性DNA,randomly amplified polymorphic DNA) | 第21页 |
| ·AFLP标记(扩增长度多态性,Amplified Fragment Length Polymorphism) | 第21-22页 |
| ·SSR标记(简单序列重复,Simple Sequence Repeat) | 第22页 |
| ·STS标记(序列标记位点,Sequence-Tagged Sites) | 第22-23页 |
| ·ISSR标记(间区简单序列重复,Inter-Simple Sequence Repeat) | 第23页 |
| ·SRAP标记(序列扩增多态性,Sequence-related amplified polymorphism) | 第23-24页 |
| ·TRAP标记(靶位区域扩增多态性,Target region amplified polymorphism) | 第24页 |
| ·SNP标记(单核苷酸多态性,Single nucleotide polymorphism) | 第24页 |
| 3 棉花分子标记的研究进展 | 第24-27页 |
| 第二章 棉花基因组学研究进展及资源 | 第27-39页 |
| 1 棉花遗传图谱 | 第27-29页 |
| 2 棉花物理图谱 | 第29页 |
| 3 棉花基因组测序计划 | 第29-30页 |
| 4 生物信息学在棉花中的应用 | 第30-37页 |
| ·生物信息学 | 第30-31页 |
| ·棉花生物信息学进展 | 第31-32页 |
| ·棉花常规生物信息学资源 | 第32-33页 |
| ·棉花NGS高通量测序研究 | 第33-35页 |
| 附表 | 第35-37页 |
| 本研究的目的与意义 | 第37-39页 |
| 第二部分 研究报告 | 第39-85页 |
| 第三章 基于海岛棉纤维发育EST序列的分子标记开发 | 第39-63页 |
| 1 材料与方法 | 第40-44页 |
| ·海陆ESTs序列数据 | 第40页 |
| ·棉花ESTs序列预处理 | 第40-41页 |
| ·海岛棉EST-SSRs标记开发 | 第41-42页 |
| ·海陆EST-InDels标记开发 | 第42页 |
| ·引物冗余性分析 | 第42页 |
| ·DNA提取、扩增、电泳和染色体定位分析 | 第42-43页 |
| ·基因功能注释 | 第43页 |
| ·基因本体学GO(Gene Ontology)分类 | 第43页 |
| ·K-EGG代谢途径分类 | 第43页 |
| ·序列同源性分析 | 第43-44页 |
| 2 结果 | 第44-58页 |
| ·海岛棉ESTs-SSRs标记开发 | 第44-48页 |
| ·海岛棉ESTs-SSRs信息挖掘 | 第44页 |
| ·海岛棉EST-SSRs的分布特征 | 第44-45页 |
| ·海岛棉SSR-ESTs功能注释 | 第45页 |
| ·海岛棉SSR-ESTs基因本体学GO(Gene Ontology)分析 | 第45-47页 |
| ·海岛棉SSR-ESTs KEGG代谢分析 | 第47-48页 |
| ·海岛棉EST-SSR新标记开发及染色体定位研究 | 第48页 |
| ·海陆ESTs-InDels标记开发 | 第48-58页 |
| ·海陆ESTs-InDels信息 | 第48-49页 |
| ·海陆InDel-ESTs基因功能注释 | 第49-50页 |
| ·海陆InDel-ESTs基因本体学GO(Gene Ontology)分析 | 第50-52页 |
| ·海陆InDel-ESTs代谢途径KEGG分析 | 第52-53页 |
| ·含InDels的海陆纤维发育相关基因功能分析 | 第53-56页 |
| ·海陆EST-InDels新标记开发及其多倍体中的复杂性 | 第56-58页 |
| 3 讨论 | 第58-63页 |
| ·ESTs数据处理 | 第58页 |
| ·海岛棉EST-SSRs分布 | 第58-59页 |
| ·同源序列造成的冗余性 | 第59-60页 |
| ·发掘海陆基因插入缺失变异意义 | 第60-63页 |
| 第四章 棉花遗传图谱与全基因组序列整合分析 | 第63-85页 |
| 1 材料与方法 | 第64-69页 |
| ·棉花ESTs数据资源 | 第64页 |
| ·棉花分子标记数据资源 | 第64-66页 |
| ·ESTs序列清理 | 第66页 |
| ·ESTs聚类组装 | 第66页 |
| ·同源基因的鉴定 | 第66-67页 |
| ·通用性引物开发 | 第67-68页 |
| ·同源引物聚类 | 第67页 |
| ·SSR基元分析 | 第67-68页 |
| ·通用性标记开发 | 第68页 |
| ·分子标记全基因组物理定位 | 第68-69页 |
| 2 结果 | 第69-82页 |
| ·ESTs组装结果 | 第69-70页 |
| ·重叠群的物种分布 | 第70-71页 |
| ·同源序列鉴定 | 第71-75页 |
| ·棉属分子标记冗余性分析 | 第75-76页 |
| ·棉属通用性分子标记开发 | 第76-77页 |
| ·棉属SSRs分子标记全基因组物理定位 | 第77-78页 |
| ·海陆遗传图谱与雷蒙德氏棉基因组整合 | 第78-82页 |
| 3 讨论 | 第82-85页 |
| ·棉属进化中的同源性 | 第82页 |
| ·分子标记的冗余性 | 第82-83页 |
| ·海陆遗传图谱与雷蒙德氏棉基因组的映射分析 | 第83-85页 |
| 全文结论 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-101页 |
| 附录 | 第101-158页 |
| 附表1：通过涉及InDels的ESTs与次生壁合成相关基因比对的同源性功能鉴定 | 第101-105页 |
| 附表2：蔗糖代谢涉及的基因信息 | 第105-107页 |
| 附表3：脂类代谢涉及的基因信息 | 第107-111页 |
| 附表4：氨基酸代谢涉及的基因信息 | 第111-117页 |
| 附表5：海陆遗传图谱与雷蒙德氏棉基因组共线性 | 第117-131页 |
| 附表6：SSRs引物冗余信息汇总 | 第131-158页 |
| 已发表和待发表论文 | 第158-159页 |
| 致谢 | 第159页 |
