| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 引言 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-30页 |
| 1 生物信息学概述 | 第14页 |
| 2 生物学数据库 | 第14-17页 |
| ·核苷酸序列数据库 | 第14-15页 |
| ·蛋白质序列和结构数据库 | 第15-16页 |
| ·物种特异的数据库 | 第16页 |
| ·二次数据库 | 第16-17页 |
| 3 植物转录因子的结构域 | 第17-20页 |
| 4 植物转录因子数据库 | 第20页 |
| ·P1nTFDB | 第20页 |
| ·PlantTFDB | 第20页 |
| ·AGRIS | 第20页 |
| 5 植物SSR的开发 | 第20-21页 |
| ·从基因组文库中开发SSR | 第21页 |
| ·利用生物信息学的方法从DNA数据库中搜索SSR | 第21页 |
| 6 SSR数据库 | 第21-22页 |
| ·InSatDb | 第21-22页 |
| ·MICdb | 第22页 |
| ·UgMicroSatdb | 第22页 |
| ·CMD | 第22页 |
| 7 关于miRNA基因 | 第22-27页 |
| ·miRNA的发现 | 第22-23页 |
| ·miRNA的生物合成 | 第23-24页 |
| ·miRNA的作用机制 | 第24-25页 |
| ·miRNA的计算识别 | 第25-27页 |
| 8 本研究所用的软件 | 第27-30页 |
| ·本地BLAST | 第27-28页 |
| ·HMMER软件包 | 第28-29页 |
| ·Perl语言 | 第29-30页 |
| 第二章 欧亚种葡萄转录因子数据库的构建 | 第30-51页 |
| 摘要 | 第30-31页 |
| 1 材料和方法 | 第31-36页 |
| ·材料 | 第31-33页 |
| ·方法 | 第33-36页 |
| 2 结果与分析 | 第36-49页 |
| ·欧亚种葡萄转录因子分类规则的构建 | 第36-37页 |
| ·转录因子的提取和分类 | 第37-41页 |
| ·网页内容 | 第41-47页 |
| ·数据库的应用 | 第47-49页 |
| 3 讨论 | 第49-51页 |
| 第三章 欧亚种葡萄全基因组SSR的分析和数据库的构建 | 第51-60页 |
| 摘要 | 第51-52页 |
| 1 材料和方法 | 第52-53页 |
| ·材料 | 第52页 |
| ·方法 | 第52-53页 |
| 2 结果与分析 | 第53-59页 |
| ·葡萄基因组中的SSR | 第53页 |
| ·重复单元的类型和分布 | 第53-55页 |
| ·SSR在基因组上的分布 | 第55页 |
| ·SSR长度的分布 | 第55-56页 |
| ·SSR引物 | 第56页 |
| ·葡萄SSR数据库 | 第56-59页 |
| 3 讨论 | 第59-60页 |
| 第四章 欧亚种葡萄miRNA基因的计算识别 | 第60-80页 |
| 摘要 | 第60-61页 |
| 1 材料和方法 | 第61-67页 |
| ·材料 | 第61页 |
| ·方法 | 第61-67页 |
| 2 结果与分析 | 第67-78页 |
| ·葡萄中的miRNA | 第67-78页 |
| ·葡萄miRNA的靶基因 | 第78页 |
| 3 讨论 | 第78-80页 |
| 全文结论 | 第80-82页 |
| 本文创新点 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-94页 |
| 博士期间发表的文章 | 第94-96页 |
| 致谢 | 第96页 |